1.中華民國99年3月25日交通部交航字第0990085018號令訂定發布。
2.中華民國102年3月27日交通部交航字第 10250028061號、財政部台財稅字第10204536000號令會銜修正發布。
3.中華民國106年3月21日交通部交航字第10650016712號、財政部台財稅字第10604539610號令會銜修正第7條條文。
4.中華民國108年10月9日交通部交航字第10850121952號、財政部台財稅字第10804638890號令會銜修正發布，名稱並修正為「營利事業於自由貿易港區從事貨物採購輸入儲存或運送免徵營利事業所得稅辦法」(原名稱：外國大陸地區香港或澳門營利事業於自由貿易港區從事貨物儲存或簡易加工免徵營利事業所得稅辦)。