1.中華民國88年12月20日財政部關稅總局台總局徵字第88108446號公告訂定
2.中華民國91年4月30日財政部關稅總局（91）台總局徵字第 91102848 號公告修正，名稱並修正為「貨棧及貨櫃集散站業者實施自主管理作業手冊」（原名稱：貨櫃集散站及站內保稅倉庫、進出口貨棧自主管理作業手冊）
3.中華民國94年8月25日財政部關稅總局台總局徵字第 09410170501號令修正
4.中華民國97年4月23日財政部關稅總局台總局徵字第 09710079511號令修正部分規定
5.中華民國108年8月2日財政部關務署台關業字第1081016199號令修正部分規定
6.中華民國108年12月13日財政部關務署台關業字第1081019415號令修正部分規定
7.中華民國114年12月17日財政部關務署台關業字第1141033661號令修正，名稱並修正為「貨棧及貨櫃集散站業者自主管理及應辦事項作業手冊」（原名稱：貨棧及貨櫃集散站業者實施自主管理作業手冊）