壹、進、出口及轉口共同作業項目
項目：一、巡視貨櫃集散站或進出口貨棧
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法(以下簡稱自主管理辦法)第六條；海關管理進出口貨棧辦法(以下簡稱貨棧辦法)第十三條之二；海關管理貨櫃集散站辦法(以下簡稱集散站辦法)第七條之二、第十條
作業要點：
一、警衛部門應負責執行貨櫃(物)進出站(棧)之查對、門禁管制、貨站(棧)巡邏，作成紀錄備查。
二、警衛人員應將每日巡邏路線、時間、人員姓名、地點完整記錄於巡邏紀錄表(檔)。
三、櫃場管理員應將每日巡視櫃場情況，記錄於紀錄簿(檔)。
四、倉間管理主管應將每日巡視倉間情況，記錄於紀錄簿(檔)。
五、巡視人員發現有任何異常狀況，除通知公司主管外，應通知海關處理，或告知專責人員並轉知海關處理。
協調單位：海關
項目：二、啟閉進出口貨棧門鎖
作業單位：進出口貨棧、貨櫃集散站倉庫
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第一目；貨棧辦法第三十五條；集散站辦法第十條
作業要點：
一、貨棧(站)業者應設登記簿以供啟閉貨棧(倉庫)門鎖之專責人員於領取及交回鑰匙時登記時間並簽名，該鑰匙應於開鎖後立即交回。
二、貨物進出棧(倉)作業時，開啟各貨棧(倉庫)門鎖，下班或貨物進出棧(倉)工作完畢立即加鎖，並登錄作業起訖時間。
三、貨棧(倉庫)應由貨棧(站)業者與海關共同聯鎖。但經海關核准實施自主管理之貨棧(站)，得免之。
協調單位：海關
項目：三、檢查空貨櫃(含航空貨櫃)進站(棧)儲存
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧(航空貨物集散站內)
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第二目；集散站辦法第七條、第二十三條；海關管理保稅運貨工具辦法(以下簡稱保稅運貨工具辦法)第十四條、第十五條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、海運：
(一)未經簽發提單(裝貨單)之空貨櫃由船上卸岸進儲貨櫃集散站，貨櫃集散站業者應接收貨櫃清單訊息，若查無訊息時，得依海關書面核准之卸貨准單、特別准單及進口空貨櫃清單，派員開櫃檢查確係空貨櫃後進儲。
(二)貨主拆櫃提貨後繳回進儲貨站之空貨櫃，亦應派員開櫃檢查確係空貨櫃後進儲。
(三)空貨櫃進站後，置放於空櫃區，惟其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。
(四)貨主進口空貨櫃(SOC)應與一般空貨櫃分區存放，並依進口貨物處理，非經報關放行，不得提領出站。
二、空運：航空空貨櫃由保稅卡車運至航空貨物集散站內進出口貨棧或機場交接區時，應由貨棧專責人員核對「貨櫃(物)運送單(兼出進站放行准單)」(以下簡稱貨櫃〔物〕運送單)無訛及檢查確係空貨櫃後進儲，並於貨櫃(物)運送單二聯簽章，一聯按序歸檔備核，另一聯退回起運地銷案。
協調單位：運輸業者、海關
項目：四、檢查空貨櫃(含航空貨櫃)放行出站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧(航空貨物集散站內)
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第二目；集散站辦法第七條、第二十條、第二十一條、第二十三條、第二十四條；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條
作業要點：
一、海運：
(一)提領空貨櫃出站裝船，由運輸業者向海關監管單位申請核發特別准單，交由貨櫃集散站業者憑以簽發裝船用出口空貨櫃清單。
(二)空貨櫃出站裝船時，列印貨櫃(物)運送單交專責人員簽章放行，海關可由線上查核、閱覽空貨櫃出站資料。
(三)貨櫃集散站門口警衛室設電腦連線控管，大門警衛應核對貨櫃之標誌、號碼與貨櫃(物)運送單相符並檢查確係空貨櫃後始准放行出站，並於貨櫃(物)運送單出站聯簽證備查。
(四)外銷國產空貨櫃須向海關辦理通關放行手續方可提領出站。
(五)貨主進口空貨櫃應依規定列入艙單並向海關辦理通關放行手續後，方可提領出站。
(六)一般空貨櫃提領出站(貨主領櫃裝貨)，列印空貨櫃之貨櫃(物)運送單由專責人員簽章後，交大門警衛開櫃檢查確係空櫃無訛放行出站。
二、空運(航空貨櫃)：
(一)航空貨物集散站內之進出口貨棧業者，於航空貨運專用空貨櫃以保稅卡車運出空運貨棧交接區(裝車)前，應先填具出棧空貨櫃清單(應編列序號)，填列空貨櫃標誌、號碼、數量交專責人員。
(二)專責人員憑出棧空貨櫃清單，核對空貨櫃標誌、號碼、數量無訛及檢查確係空貨櫃後簽章(免加封海關封條)；另填具貨櫃(物)運送單一式三聯並簽章，一聯連同出棧空貨櫃清單按序存查，另二聯交司機送目的地貨棧。俟目的地貨棧簽章退回一聯，核銷留存聯後按序歸檔備核，如未退回應聯繫追蹤。
協調單位：運輸業者、報關業者
項目：五、配合辦理貨櫃(物)查驗及檢驗(疫)
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：貨棧辦法第二十一條；集散站辦法第七條第九款；進出口貨物查驗準則第二十六條
作業要點：
一、負責進口貨櫃集中查驗區之管理員，每日憑「進口貨櫃集中查驗清表」在驗關前核對貨櫃標誌、號碼及封條無訛後，陪同驗貨關員與報關業者查驗。驗畢後由驗貨關員與報關業者簽署，查驗清表註記新封條號碼，查驗紀錄及封條異動資料鍵入電腦檔備查。
二、進口貨櫃(物)檢驗(疫)，貨站(棧)業者應依政府機關核發之文件辦理，派員依該文件核對貨櫃之標誌、號碼、封條號碼或貨物之標記、箱號或航空標籤號碼無訛後，由貨主或報關(驗)業者陪同查驗或取樣及拆動之包件恢復包封原狀，貨站(棧)業者亦應派員陪同並確認貨物恢復包封原狀情形；櫃裝貨物作業完成後，應確認已加封海關封條，並將新封條號碼填入政府機關核發之文件或驗關卡內及輸入電腦，相關文件依序歸檔備查。
三、出口貨櫃櫃場管理員驗憑驗貨關員簽章之驗關卡，核對貨櫃標誌、號碼、封條無誤後，陪同查驗後即將新封條號碼填入驗關卡上並輸入電腦，驗關卡依序歸檔備查；拆動之包件應責由貨主恢復包封原狀。
四、進口貨物逾期未申請查驗或未申請展延查驗期限者，倉庫管理人應憑海關進口單位書面通知會同查驗，並配合辦理代辦貨物之搬移、拆包或開箱及恢復原狀等事項及在報單背面簽署有關破損或數量、重量不符或有其他虛報情事等查驗結果。
五、進出口倉間貨物查驗與檢驗(疫)作業，比照前述規定辦理。
協調單位：報關(驗)業者、經濟部標準檢驗局、農業部動植物防疫檢疫署、衛生福利部食品藥物管理署、海關
項目：六、貨櫃(物)借道通行
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧(不含空運進出口貨棧)
法令依據：自主管理辦法第六條；集散站辦法第七條
作業要點：
一、貨櫃過境：貨櫃拖車、載運兩只貨櫃卸存不同貨櫃集散站，另只實貨櫃或空貨櫃借道通行時依下列方式辦理：
(一)貨櫃拖車司機向貨櫃集散站警衛人員辦理登記貨櫃(物)過境證明單(以下簡稱過境單)一式二聯，其借道實貨櫃上無封條者，應加封封條並於過境單註記存檔備查。
(二)實貨櫃出站時，應核對貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後，剪下借道加封之封條放行出站。
(三)空貨櫃出站時，應核對貨櫃標誌、號碼並開櫃檢查確為空貨櫃方准出站。
二、貨物過境：貨車載運二筆以上貨物卸存不同貨站(棧)，或載運其他貨物至貨站(棧)提領進出口貨物借道通行時，依下列方式辦理：
(一)貨車司機於進站(棧)時向貨站(棧)警衛人員辦理登記過境單一式二聯，一聯交司機於卸裝貨後送倉庫管理員簽證持交警衛人員核對出站(棧)，一聯存檔備查。
(二)出站(棧)時警衛人員須核對標記、箱號、件數、單號無訛後，方准出站(棧)。
三、過境單應註記借道通行貨櫃(物)進、出站(棧)時間。
協調單位：運輸業者
項目：七、修復、更換實貨櫃及加封
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第三目；進口船舶卸貨准單與特別准單核發程序第五點；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、修復實貨櫃作業：已驗封出口貨櫃、進口或轉運、轉口貨櫃(含冷藏(凍)貨櫃)申請修復依下列方式辦理：
(一)貨櫃損壞或有不合規定情形者，如加封把手處之櫃門內螺釘未焊牢、扣環未扣入或損壞、螺絲外露、櫃門損壞或冷藏(凍)設備損壞等情形時，應由運輸業者向海關監管單位申請核准修理，交專責人員憑以監視修復後另以封條加封始准出站，無法修復者應向海關申請押運。
(二)經修理後另行加封之封條號碼，即時在電腦檔上更正，作業文件簽章依序存檔備查。
二、更換實貨櫃作業：
(一)進口冷藏、冷凍櫃申請換櫃：運輸業者持貨櫃集散站業者簽證該櫃尚存站中及註記損壞狀況文件，向海關監管單位申請核准後，交專責人員憑以監視辦理。上班時間外，可逕向海關值勤主管或關員申請。
(二)復運出口貨櫃(物)因故須更換貨櫃(整裝進口櫃換裝整裝出口櫃)由貨主或報關業者繕具申請書並經運輸業者簽證同意，向海關監管單位申請核准後，交專責人員憑以監視換櫃。
(三)轉口實貨櫃因故須更換貨櫃，由運輸業者向海關監管單位申請核准，交專責人員憑以監視換櫃。
(四)專責人員監視換櫃後應予加封，將新櫃號通知海關監管單位並傳輸貨櫃動態訊息(FY重櫃場內換櫃及AB更改封條)。
協調單位：運輸業者、報關業者、海關
項目：八、貨物加作或更正標記、箱號或航空標籤號碼
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第四目；貨棧辦法第二十一條
作業要點：
一、海運：
(一)存站(棧)貨物加作或更正標記、箱號，由貨主或報關業者向海關監管單位申請核准，交專責人員憑以監視辦理。
(二)抽中人工查驗之進口貨物向海關驗貨單位申請加作或更正標記、箱號案件，貨主或報關業者應先填具加作更正標記通知單，經海關驗貨關員簽證，交專責人員憑以監視辦理，作業完成即可辦理通關放行，免再辦理艙單更正手續。
(三)三角貿易因故申請更改標記，貨主或報關業者應於報關投單時一併向海關進口單位申請核准後，交專責人員憑以監視辦理，作業完成即可辦理通關放行，免再辦理艙單更正手續。
二、空運：
(一)存棧貨物加作或更正標記、箱號或航空標籤號碼，由貨主或報關業者向海關監管單位申請核准，交專責人員憑以監視辦理。
(二)抽中人工查驗之進口貨物申請加作或更正標記、箱號或航空標籤號碼，貨主或報關業者應向海關驗貨單位申請核准，交專責人員憑以監視辦理，作業完成即可辦理通關放行，免再辦理艙單更正手續。
(三)出口貨物申請於原倉更改航空標籤號碼出口：
1.已進倉未報關之出口貨物，其不提領出棧而申請於原倉更改航空標籤號碼出口者，應由貨主或報關業者繕具申請書並檢具未出倉證明文件(或由貨棧業者於申請書簽證貨物未出倉)，向海關監管單位申請核准，交專責人員憑以監視辦理。
2.已報關之出口貨物，於原倉辦理更改航空標籤號碼者，應由貨主或報關業者繕具申請書，向海關出口單位申請核准，交專責人員憑以監視辦理。
三、專責人員應於作業文件簽證及註記作業時間並依序歸檔備查。
協調單位：報關業者、海關
項目：九、貨主辦理貨物公證、抽取貨樣、看樣或進行必要之維護
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第五目；貨棧辦法第二十一條；
集散站辦法第七條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、存站(棧)貨物，如須公證、抽取貨樣、看樣、或進行必要之維護，由貨主向海關請領特別准單，在專責人員監視下辦理，其拆動之包件應責由貨主恢復包封原狀，辦理完畢於電腦檔(登記簿)註記。
二、本項目所稱「進行必要之維護」係指各類貨物為防止受到損害所為之必要措施，例如：生鮮貨物為保持新鮮，採用真空包裝，易燃貨物，應為必要防火處置等。
三、整裝貨櫃公證、抽取貨樣或看樣作業完成後，專責人員應立即加封，並於電腦檔(登記簿)註記備查及傳輸貨櫃動態訊息(AB更改封條)。
四、作業完成後，應於核准文件簽證及註記作業時間，核准文件依序列管備查。
協調單位：海關
項目：十、更正貨櫃標誌、號碼
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第六目；集散站辦法第七條
作業要點：
一、存站貨櫃經發現貨櫃標誌、號碼錯誤或二櫃以上貨櫃號碼相同，專責人員應向海關報告，由運輸業者或貨櫃所有人檢具申請書並述明理由，向海關監管單位申請更正。
二、專責人員憑海關核准之特別准單或申請書監視辦理，核准文件簽註後資料鍵入電腦檔。
三、作業文件依序列管備查。
協調單位：運輸業者、海關
項目：十一、報告違章、異常案件
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第十一條第一款；貨棧辦法第二十三條；集散站辦法第七條
作業要點：
一、貨站(棧)業者發現違章案件，應立即以書面通知海關監管單位處理，如時間緊迫得以電話通知再補送書面資料。
二、專責人員發現或遇有下列情形之一，應即向海關報告：
(一)進(轉)口貨櫃(物)屆時未進站(棧)或逾時進站(棧)者。
(二)貨櫃(物)有失竊或調包者。
(三)封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃
(物)運送單不符或電子封條讀取比對異常者。
(四)貨櫃(物)運送單經塗改者。
(五)貨櫃(物)有夾藏或夾層者。
(六)放行進口貨物與提單貨名不符者。
(七)進(轉)口貨櫃(物)進錯站(棧)者。
(八)其他異常情形。
三、其他法規另有規定者應從其規定。
協調單位：運輸業者、海關
項目：十二、查核、登記扣存或沒入貨物
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第七目；貨棧辦法第二十五條；集散站辦法第七條
作業要點：
一、因案扣存或沒入之貨物，海關查扣單位知會監管單位後核轉貨站(棧)業者，專責人員應予查對、登錄並加強看管，涉案貨物不得擅自搬移或出倉。
二、專責人員依海關核發之對貨報告表查對無訛後簽章，退還海關監管單位。
三、電腦檔或登記簿應予註記備查。
協調單位：海關
項目：十三、編製貨櫃堆放動態表
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：集散站辦法第七條、第九條
作業要點：
一、進、出口、轉運貨櫃以層疊方式堆放者，實貨櫃與空貨櫃應分區堆放。實貨櫃並應按進、出口、轉運櫃別堆放；以車架方式置放者，空貨櫃、實貨櫃得不分別分區排放，惟應以不同顏色之卡片標示進口櫃、轉運櫃、出口櫃及空貨櫃以利識別。但存站之進、出口、轉運實貨櫃、空貨櫃其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。裝有危險物品之實貨櫃應有特別標誌並將其貨櫃號碼及儲位通知海關。
二、貨櫃集散站業者應於每日向海關監管單位提供貨櫃堆放動態表以資稽查。但其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，得以電腦資料取代書面貨櫃堆放動態表。
三、貨櫃集散站應劃定特別區域，用以堆置轉口之實貨櫃，且不得與裝運進出口貨物之貨櫃相混雜，必要時，海關得要求加設隔離設施。
但其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。
協調單位：海關
項目：十四、登載存貨簿冊及製作存倉貨物日報表
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：貨棧辦法第二十四條；集散站辦法第八條
作業要點：
一、貨櫃集散站業者應依海關規定格式，備具貨櫃及貨物存站紀錄簿冊或建置電腦進倉總簿檔，對於貨櫃及貨物之存入、提出、抽取貨樣或其他海關規定之事項，均須分別詳細立即登載，海關得隨時派員檢查貨物及簿冊或要求查閱或印取有關資料，並得要求貨櫃集散站業者將貨櫃及貨物之存入、提出資料傳送海關查核，貨櫃集散站業者應指派相關業務人員配合辦理。
二、貨棧業者應依海關認可之格式，具備存貨簿冊或電腦進倉總簿檔，對於存貨之倉位及貨物存入、提出、抽取貨樣或其他海關規定之事項等，均須分別即時詳實登載，並依海關放行文件(訊息)予以核銷按日製作或電腦列印報表備查。必要時海關得派員查核，貨棧業者應指派相關業務人員配合辦理。
協調單位：海關
項目：十五、海上走廊轉運貨櫃裝卸船
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：集散站辦法第九條、第十四條；臺灣本島固定航線船舶運送海關監管貨櫃(物)作業規定；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、出口貨櫃：
(一)貨櫃集散站專責人員憑貨物放行通知(N5204)核簽貨櫃(物)運送單(於目的站欄位註明海上走廊(非實際出口船)停靠碼頭代號)，准予出站裝船，並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)；運輸業者憑貨物放行通知(N5204)裝船，並傳輸貨櫃動態訊息(AC海上走廊裝船)。
(二)運輸業者依海上走廊出口貨櫃清單監視卸船，並傳送貨櫃動態訊息(AD海上走廊卸船)。進儲碼頭貨櫃集散站者，由貨櫃集散站業者傳輸貨櫃動態訊息(FG重櫃進站)；直接裝出口船舶出口者，運輸業者傳輸貨櫃動態訊息(AL直接裝船結案)。
(三)貨櫃卸存目的地碼頭後，如須再移至內陸貨櫃集散站或其他碼頭候船出口者，比照一般出口貨櫃出進站作業方式辦理。如有全部退關及退關轉船之情形者，均依有關規定辦理。
二、進口貨櫃：
(一)貨櫃集散站專責人員應憑T1轉運准單(N5302)或書面轉運准單，或符合免申報T1轉運申請書之卸貨准單(N5158)，核簽貨櫃(物)運送單，准予出站裝船，並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)；若有放行附帶條件(如押運、加封等)，應依規定辦理。
(二)海上走廊貨櫃裝船後，由運輸業者傳輸貨櫃動態訊息(AC海上走廊裝船)；海上走廊貨櫃卸船時，由運輸業者傳輸貨櫃動態訊息(AD海上走廊卸船)，進儲碼頭貨櫃集散站時，貨櫃集散站業者應傳輸貨櫃動態訊息(FG重櫃進站)。
(三)貨櫃於目的港卸船後如須再運出站或進站者，其出入站作業及傳輸出入站訊息比照轉運櫃出進站方式辦理。
三、轉口貨櫃：
(一)移儲本關區碼頭裝船轉口：
1.轉口貨櫃以海上走廊船移儲本關區其他碼頭等候裝船轉口者，專責人員憑特別准單及轉口貨櫃清單(訊息)，核對貨櫃標誌、號碼無訛後監視裝船並傳輸貨櫃動態訊息(AC海上走廊裝船)；卸船時，由運輸業者傳輸貨櫃動態訊息(AD海上走廊卸船)。
2.移儲碼頭專區之轉口貨櫃須再裝船轉口時，仍須依規定辦理轉運申請作業，及裝船後傳輸貨櫃動態訊息(AY裝船結案)。
(二)移儲他關區碼頭裝船出口：
1.貨櫃集散站專責人員應憑T2轉運准單(N5302)或書面轉運准單，核簽貨櫃(物)運送單，准予出站裝船並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)；若有放行附帶條件(如押運、加封等)，應依規定辦理。
2.海上走廊貨櫃裝船後由運輸業者傳輸貨櫃動態訊息(AC海上走廊裝船)；海上走廊貨櫃卸船時，由運輸業者傳輸貨櫃動態訊息(AD海上走廊卸船)，監視貨櫃暫存轉口區，俟出口船到港後憑原T2轉運准單監視裝船，並傳輸貨櫃動態訊息(AY裝船結案)。
四、下列貨櫃可利用海上走廊同船裝載轉運：
(一)經海關查驗或免驗核准轉運之進口實貨櫃。
(二)已報關並經海關查驗或免驗放行准予裝船之出口實貨櫃。
(三)經海關核准轉運之轉口實貨櫃。
(四)載運調度國內各港口間之空貨櫃。
五、海上走廊船舶載運前點所列之貨櫃時，不得同時載運非海關監管之貨櫃。
協調單位：運輸業者、海關
項目：十六、使用海關封條(含電子封條)加封、解封及核銷規費證
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第八目；貨棧辦法第十八條、第十九條；集散站辦法第十二條、第十四條；海關徵收規費規則第五條、第三十二條；規費證管理作業要點第八點、第十三點
作業要點：
一、專責人員向海關監管單位領取海關封條(含電子封條)備用，領用封條時應即清點無訛簽收，並依規定辦理加封作業。使用海關封條(含電子封條)之貨櫃(物)進站(棧)時，專責人員應依規定辦理封條讀取等解封作業。
二、使用之封條應按徵收加封費及免徵加封費類別，分別設置封條使用紀錄簿，記錄各封條之使用情形，其欄位應包括日期、封條號碼、貨櫃標誌號碼、使用單位人員簽名、規費證號、用途或備註等。專責人員應負責催繳加封費，並按規定核銷，按月填報「封條使用及加封費」統計表，次月五日前送海關複核無訛後，文件依序歸檔備查。
三、封條如有故障應註記並繳還海關，遺失時應立即繕具理由書報請海關處理。
四、加封費規費證貼證銷證時，注意規費證應完全貼牢於有關文件上，不得浮貼、重疊或使用大頭針、訂書機、別針；並由專責人員使用統一製頒之銷證專用鋼(銅)印或核銷章予以核銷。每一張規費證均應加蓋一個章戳，且須攔腰蓋銷，三分之二在規費證上，三分之一在文件上；銷證之印色，使用黑墨或紅色打印油，銷印應力求清晰，不得模糊或重複印蓋。銷證後於貼證處旁應加蓋專責人員章，並註記加封費金額、規費證號及核銷日期。
五、規費證經貼用後，應即核銷，並應注意有無明顯使用假證(偽造或變造)或重複使用情事。
六、經海關核准實施自主管理之貨站(棧)業者，依海關規定領用封條自行加封者，其加封費依海關徵收規費規則第五條規定減徵。加封規費並得按月累計，自海關填發國庫專戶存款收款書送達之翌日起十四日內一次繳納。
七、業經海關加封或經海關核准使用自備封條並依規定自行加封之貨櫃(物)，經海關開櫃檢視或查驗後再由海關加封者，免徵加封費。
協調單位：運輸業者、報關業者、海關
項目：十七、貨櫃動態電子資料傳輸
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：貨棧辦法第十五條；集散站辦法第十二條；進口船舶卸貨准單與特別准單核發程序；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、貨站(棧)業者應擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單及卸貨准單、特別准單(含貨櫃清單)訊息，憑以卸櫃進儲。
二、貨櫃集散站業者於貨櫃卸船、裝船、出站、進站、存站等各階段作業完畢及貨櫃拖車進站領櫃時，應即以電子資料傳輸至海關核可平臺辦理登錄作業。
三、應依「貨櫃(物)動態傳輸作業規定」辦理貨櫃動態訊息傳輸作業。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：十八、辦理海關准單、核准文件或放行附帶條件所指示及關務法規有關規定應辦理事項
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第一款第九目；貨棧辦法第二十三條；集散站辦法第七條
作業要點：
一、貨站(棧)業者應依海關核發之准單、核准文件或放行附帶條件所指示及關務法規有關規定辦理因通關業務需要所指示辦理之事項。如須押運，應確認海關已辦妥押運手續後，方准予放行出站(棧)。
二、依海關准單或核准文件辦理監視作業完成後，應於准單或核准文件上簽證並註記作業時間；作業文件依序存檔備查。
三、貨櫃(物)運送單作廢或重複列印之管理：
(一)貨櫃(物)運送單作廢或重複列印，應經主管(或授權代理人)核准，並於電腦系統內記錄作廢或重印原因供海關查核，若發現有異常或違章案件，應立即通報海關。
(二)作廢之貨櫃(物)運送單一式三聯應加蓋「作廢」字樣，並造冊留存歸檔備查。
協調單位：海關
項目：十九、製作稽核報告
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第十二條；優質企業認證及管理辦法第二十條作業要點：
一、海關應於每年二月前通知實施自主管理業者該年度稽核要項。
二、實施自主管理業者應將海關稽核要項納入內部管理查核機制，每年製作稽核報告並於次年二月底前送海關備查。但符合優質企業認證及管理辦法第二十條第二項第二款規定者，不在此限。
協調單位：海關
貳、進口作業項目
項目：一、進口貨櫃進站儲存
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第一目、第十一條；集散站辦法第七條、第十二條；進口船舶卸貨准單與特別准單核發程序；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、裝運貨物進口或轉運、轉口之貨櫃進站儲存，貨櫃集散站業者應擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單訊息及卸貨准單、特別准單(含貨櫃清單)訊息辦理存站手續。
二、貨櫃集散站業者應於貨櫃卸船、出站、進站及存站等各階段作業完畢，傳輸貨櫃動態訊息，辦理方式如下：
(一)進口貨櫃卸船後，直接進儲原碼頭或同區段碼頭貨櫃集散站者，貨櫃集散站業者應驗明貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後點收進站，並傳輸貨櫃動態訊息(FI卸運入站「封條確認」)。
(二)進口貨櫃卸船後，進儲其他碼頭或內陸貨櫃集散站須出碼頭管制站者，卸存地之貨櫃集散站業者，應憑運輸業者提供之貨櫃(物)運送單驗明貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後點收進站，並於貨櫃(物)運送單上註明進站時間及傳輸貨櫃動態訊息(FG重櫃進站)，採定時批次傳輸者，應每隔十五或二十分鐘自動傳送一次貨櫃動態訊息。
三、貨櫃(物)運送單上註明之運送時間，於查核時如發現逾越海關公告之貨櫃運送路線及時間限制表之合理在途運送時間者，專責人員應即通知海關處理；貨櫃號碼、標記、封條號碼等不符或有偽造、變造等異常情形者，貨櫃暫勿吊卸進儲。
四、貨櫃(物)運送單交專責人員複核簽證留存備查。
五、貨櫃進儲後，應即將船名、航次、櫃號、儲存位置等相關資料輸入電腦。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：二、進口貨櫃轉運出進站
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第一目；集散站辦法第十二條；進口船舶卸貨准單與特別准單核發程序；貨櫃(物)動態傳輸
作業規定
作業要點：
一、貨櫃集散站業者應接收卸貨准單(N5158)或T1轉運准單(N5302)或特別准單，於電腦銷艙並核對相關船名、航次、貨櫃標誌號碼等資料無訛始予轉運，若有放行附帶條件(如押運、加封等)，應依規定辦理。
二、貨櫃集散站業者應派員憑卸貨准單(N5158)或T1轉運准單(N5302)或特別准單逐櫃核對貨櫃標誌號碼及封條號碼無訛後，列印貨櫃(物)運送單經專責人員簽證後出站，並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)。
三、轉運貨櫃進站，貨櫃集散站業者應憑卸貨准單(N5158)或轉運准單(N5302)或特別准單及貨櫃(物)運送單，核對運往站名、貨櫃標誌號碼、封條號碼及是否逾越海關規定之合理在途運送時間無訛後，准予入站進儲，並傳輸貨櫃動態訊息(FG重櫃進站);貨櫃(物)運送單送專責人員簽證存查。
協調單位：運輸業者、海關
項目：三、點收進口貨物進倉
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：貨棧辦法第十五條、第十七條、第二十六條；集散站辦法第七條、第二十四條；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條；海關徵收規費規則第五條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、海運：
(一)海運進口或轉運、轉口貨物之卸存貨棧，貨棧業者應擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單訊息及卸貨准單、特別准單訊息，核對進口貨物標記、件數，卸存內陸貨棧者並應核對貨櫃(物)運送單無訛後，卸存貨棧。
(二)進口合裝貨櫃拆櫃進倉：
1.裝運進口或轉運貨物之合裝貨櫃應於進入貨櫃集散站之翌日起十日內拆櫃進倉，拆櫃時應核對貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛始予拆櫃，拆櫃進倉完畢，應即傳輸貨櫃動態訊息(AZ拆櫃結案)；逾期未拆櫃進倉者，應列表敘明原因交專責人員簽註後向海關報備。貨櫃集散站業者應提供拆櫃預報表供海關線上查核。
2.進口倉庫管理員憑拆櫃清單、進口艙單核對貨物標記，清點件數無訛後監視進倉，並在每一筆貨物貼上進口貨物紀錄卡或進倉資料表。
二、空運：
(一)空運進口或轉運、轉口貨物之卸存貨棧，貨棧業者應憑進口艙單(N5101)(空運進口轉運至科學園區及科技產業園區，或空運進口轉運至其他空運關區者憑轉運准單)，核對進口貨物空運提單號碼、件數無訛後，卸存貨棧。進倉後應傳輸進倉資料(N5102)至海關。
(二)空運進口或轉運、轉口貨物卸存機場管制區以外地區之貨棧者，應由運輸業者或承攬業者檢具其與貨棧業者共同簽章具結之空運貨物特別准單申請書(應列明盤、櫃號碼、件數、重量並附艙單，散裝貨物並應附分艙單)，向海關監管單位申請核發空運貨物特別准單。貨棧專責人員應憑空運貨物特別准單於機場交接區監視裝入貨棧自備之保稅卡車(貨箱)，並加封海關封條及簽證貨櫃(物)運送單，如係超大件無法封車之貨物，貨棧業者應向海關監管單位申請以一般卡車裝載，得免押運，貨物應依規定時限運達目的。逾時者，目的地貨棧業者應通知海關監管單位。
(三)貨櫃(物)運送單一式三聯應註記起運時間，二聯隨車送目的地，貨物運達目的地貨棧時，司機應於貨櫃(物)運送單註記抵達時間，交專責人員核對保稅卡車車號(貨箱號碼)及封條號碼無訛後啟封，並核對盤、櫃號碼無訛後始准存入貨棧；另於貨櫃(物)運送單二聯簽證，一聯回傳起運地貨棧，供專責人員核銷，另一聯按序歸檔。起運地專責人員如未收到貨櫃(物)運送單，應聯繫追蹤。
(四)前項貨物，除軍政機關進口及無法拆盤、櫃進倉經向海關申請核准者外，應於運入貨棧之翌日起三日內拆盤、櫃。逾期未拆盤、櫃進倉者，應列表敘明原因交專責人員簽證後向海關報備。
三、貨物之包件過重或體積過大或有其他特殊情形者，得經海關核准，存儲於貨櫃集散站空地或貨棧露天處所。
四、貨物進儲後將船名、航次(航機班次)、艙號(提單號碼)、件數、儲存位置、短溢卸、破損情形等相關資料輸入「電腦進倉總簿檔」存檔或登錄於進倉總簿。
五、進倉貨物發現有異常狀況，立即通知海關處理。
協調單位：運輸業者、承攬業者、報關業者、海關
項目：四、進口貨櫃(物)放行提領出站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第二目；貨棧辦法第十三條之
二、第十八條；集散站辦法第七條、第七條之二；貨櫃(物)
動態傳輸作業規定
作業要點：
一、進口貨櫃：存站之進口貨櫃，貨櫃集散站業者應憑進口貨物放行通知(N5116)、提貨單、轉運准單(N5302)或其他經海關核准之文件核對收貨人、貨櫃標誌、號碼及封條號碼等無訛後，核銷艙單，並列印貨櫃(物)運送單，交專責人員簽證，由大門保全或倉管人員核對貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後簽證放行出站，並傳輸貨櫃動態訊息(AX提領結案)。
二、進口貨物：
(一)存站(棧)之進口或轉運貨物，貨站(棧)業者應驗憑進口貨物放行通知(N5116)、提貨單、轉運准單(N5302)或其他海關核准文件，核對船名、航次或航機班次、貨物標記、箱號或航空標籤號碼、件數無訛後列印貨櫃(物)運送單或放行憑單送專責人員簽證放行。
(二)進口貨物提領時，保全或倉管人員憑經專責人員簽證之貨櫃(物)運送單或放行憑單(註記提領人全名、車行、車號)，核對貨物船名、航次(航機班次)、艙號、標記、箱號(航空標籤號碼)、件數無訛後，監視放行出棧(倉)。
三、海關系統故障時，貨站(棧)業者應依海關分估人員於提貨文件簽放註記替代進口貨物放行通知(N5116)辦理；貨站(棧)業者因故無法接收海關進口貨物放行通知(N5116)時，得憑海關列印簽證之書面進口貨物放行通知放行貨櫃(物)出站(棧)。
四、進儲保稅倉庫及倉庫驗放、整裝貨櫃驗放案件，應憑海關核發之准單或書面放行通知辦理。
五、進口貨物放行通知(N5116)具放行附帶條件者，專責人員應確認放行附帶條件事項辦理完成(如押運或部分貨物暫留置原倉等)後始准予放行。
六、貨櫃集散站大門警衛人員憑貨櫃(物)運送單，核對貨櫃之標誌、號碼、封條號碼(或標記、箱號、件數)及電腦檔資料無訛後，准予出站。
七、貨站(棧)業者對提貨出站(棧)之單據、文件，應於貨物提領完畢時即予收回，於提貨單上加蓋「貨物已全部出倉，本提貨單註銷」戳記，並妥為保管，如為部分提貨者亦應加蓋「本提貨單○○部分出倉」戳記，俟貨物全部提清時予以收回，並加蓋「貨物已全部出倉，本提貨單註銷」戳記後，裝訂保管，如與貨主合意以其他書面或電子文件取代提貨單辦理提貨者，應將合意結果通知海關並留存提貨紀錄備查；應於轉運准單上加蓋「本批貨物已辦妥轉運」戳記後，裝訂保管，或於海關核准文件上加蓋「本批貨物已辦妥出倉」戳記後裝訂保管。
八、提貨單或提貨紀錄、轉運准單及其他海關核准文件，應自提貨或轉運作業完成翌日起保存二年。
協調單位：海關
項目：五、退運進口貨櫃(物)放行出站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第二目；貨棧辦法第十八條；集散站辦法第七條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、進口貨櫃退運：貨櫃集散站業者憑海關進口貨物放行通知進口貨櫃退運：貨櫃集散站業者憑進口貨物放行通知(N5116)核銷艙單，列印貨櫃(物)運送單核對貨櫃標誌、號碼、封條號碼無訛後，交專責人員複核簽證放行，並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)，如有放行附帶條件，應依其規定辦理。
二、進口貨物退運：
(一)進口貨物申請退運經海關放行後，報關業者持憑提貨單辦理手續，貨站(棧)業者憑進口貨物放行通知(N5116)核對相關船名、航次(航機班次)、標記、箱號(航空標籤號碼)、件數等資料無訛後，列印貨櫃(物)運送單或放行憑單，交專責人員複核簽證放行；如有放行附帶條件，應依規定辦理。
(二)進口貨物退運時，貨站(棧)業者應記錄退運貨物及辦理退運人身分證件資料，憑經專責人員簽證放行之貨櫃(物)運送單或放行憑單核對貨物船名、航次(航機班次)、艙號、標記、箱號(航空標籤號碼)、件數無訛後，監視放行出棧(倉)，如以其他書面或電子文件取代提貨單辦理提貨者，應留存提貨紀錄備查。
協調單位：海關
項目：六、加封保稅貨櫃(物)放行出站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第三目；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條；海關徵收規費規則第五條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、海運保稅貨物出站以貨櫃裝運者，貨櫃集散站業者依進口貨物放行通知(N5116)(類別2.保稅貨物進儲准單)核對艙單無訛後，列印貨櫃(物)運送單，經專責人員核對貨櫃標誌、號碼、封條號碼無訛簽證放行出站，並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)。
二、海運保稅貨物出站(棧)以保稅卡車(貨箱)裝運者，專責人員應核對貨物標記、箱號、件數無訛後，會同司機監視裝車(箱)加封海關封條，列印貨櫃(物)運送單簽證放行出站(棧)，該運送單二聯隨車送交目的地保稅倉庫。
三、空運保稅貨物出棧，貨棧業者應憑海關放行通知列印放行憑單，交倉庫管理員核對航機班次、航空標籤號碼、件數無訛後放行出棧，專責人員應會同司機監視貨物裝入保稅卡車(貨箱)及加封海關封條，並列印貨櫃(物)運送單一式三聯簽證放行出棧，留存聯按序存
查，另二聯隨車送交目的地保稅倉庫。如欲進儲之保稅倉庫與進口貨棧同屬一業者，且兩倉庫緊鄰者，由專責人員會同欲進儲之保稅倉庫監視關員，監視點交已放行之保稅貨物。
四、保稅貨物以貨櫃裝運出站者，專責人員應追蹤查詢目的地貨櫃集散站傳輸之貨櫃動態訊息(FG重櫃進站)；保稅貨物以保稅卡車(貨箱)裝運出倉(棧)者，專責人員依目的地貨站(棧)回傳之貨櫃(物)運送單核銷結案，如未傳輸、未回傳，應聯繫追蹤。
五、專責人員會同司機監視裝車前，應查核保稅運貨工具執照，如發現有違規使用情事(如執照逾有效期限)，應通知海關監管單位處理。
六、如須押運，應俟海關押運人員辦妥相關押運手續後，方准放行出站(棧)。
協調單位：保稅運貨工具所有人、海關項目：七、進口貨櫃(物)移站(棧)轉儲
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第一目；貨棧辦法第二十條；集散站辦法第七條、第七條之二、第十二條；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條；海關徵收規費規則第五條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、存站(棧)之進口貨櫃(物)如須移存另一貨站(棧)者，應由貨主、運輸業者、承攬業者申請並檢附貨站(棧)業者之轉站(棧)理由書及移存貨物清單連同移入貨站(棧)業者簽具之進站(棧)同意書及聯保單，經海關監管單位核准後，始得憑以移運。
二、海運貨櫃(物)憑海關核准之特別准單，列印移站(棧)貨櫃(物)運送單經專責人員簽證後，由大門警衛憑以核對貨櫃標誌、號碼、封條號碼(合裝貨物應核對標記、號碼、件數)無訛後准予出站(棧)。
三、空運貨物憑海關核發之特別准單，列印「放行憑單」經專責人員簽證後，倉庫管理員應核對航機班次、航空標籤號碼、件數無訛後准予出棧；專責人員應會同司機監視貨物裝入保稅卡車(貨箱)及加封海關封條，並於裝車後簽證貨櫃(物)運送單，二聯隨車送交目的地貨站(棧)。
四、非以貨櫃裝運之移站(棧)轉儲貨物，專責人員憑目的地貨站(棧)回傳之貨櫃(物)運送單核銷結案，如未回傳，應聯繫追蹤。
五、依海關規定予以加封之移站(棧)貨櫃(物)，因故無法加封時應退由海關處理。如須押運，應俟海關押運人員辦妥相關押運手續後，方准放行出站(棧)。作業文件簽章後依序歸檔存查。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：八、進口貨物轉運出站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第一目、第四目；貨棧辦法第十八條、第二十條；集散站辦法第七條；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條；海關徵收規費規則第五條；運輸工具進出口通關管理辦法第三十條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、海運：
(一)合裝貨物以保稅卡車裝運時，專責人員應憑轉運准單(N5302)簽證貨櫃(物)運送單，並註明保稅卡車車號及封條號碼，連同轉運准單二份一併隨車送至目的地貨站(棧)。
(二)合裝貨物轉運出站後，起運地專責人員憑目的地回傳之貨櫃(物)運送單核銷留存聯結案。
(三)押運案件由海關艙單單位列印轉運准單供業者辦理押運，貨櫃集散站業者接獲海關通知押運後，應於貨櫃(物)運送單上註記「押運」字樣。
(四)作業文件簽章後依序歸檔存查。
二、空運：
(一)轉運其他關區之進口貨物， 貨棧業者應憑海關轉運准單(N5302)，核對航機班次、航空標籤號碼、件數無訛後列印放行憑單；由保全或倉管人員依放行憑單核對航機班次、航空標籤號碼、件數無訛後出棧。
(二)貨棧專責人員憑轉運准單會同司機監視貨物裝入保稅卡車(貨箱)及加封海關封條，並於貨櫃(物)運送單上簽證，加註保稅卡車車號(貨箱號碼)及封條號碼；貨櫃(物)運送單及轉運准單留存聯各一份按序存查，其餘各二聯交司機隨車送交目的地貨站(棧)。
(三)貨棧專責人員應憑目的地貨站(棧)回傳之貨櫃(物)運送單核銷留存聯結案。
(四)桃園機場轉運新竹科學園區、中部科學園區，或高雄機場轉運台南科學園區、高雄(楠梓)科技產業園區者，其作業要點同第一款至第三款。
(五)桃園機場轉運科學園區及科技產業園區無法加封之超大件、超重進口貨物，如經海關監管單位檢視無訛後，得免押運。
協調單位：海關
項目：九、進口貨物轉運進站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第一目、第五目；集散站辦法第十二條、第二十四條；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、轉運貨物以保稅卡車(貨箱)加封後運送進站(棧)時，專責人員依轉運准單及貨櫃(物)運送單核對保稅卡車(貨箱)車號(貨箱號碼)及封條號碼無訛後啟封，由倉庫管理員核對貨物之標記、箱號(航空標籤號碼)、件數，卸貨點收進儲。
二、以押運方式進儲貨物進站(棧)時，專責人員應即點收貨物並予簽證。
三、轉運貨物以保稅卡車(貨箱)加封後運送進站(棧)時，專責人員應將貨櫃(物)運送單回傳起運地銷案。
四、由桃園國際機場轉運新竹科學園區、中部科學園區，或高雄機場轉運臺南科學園區、高雄(楠梓)科技產業園區之作業，與第一點至第三點相同。
五、由目的地以保稅卡車或由關員押運退回起運地之空運轉運進口貨物，應由進口人填具申請書檢附提單影本先向目的地進口艙單單位申請核准，貨棧業者憑海關核准之申請書辦理點收進棧並於申請書正本簽證貨已進棧後，併同轉運准單及提單影本各一份送原目的地進口艙單單位，另將申請書、提單、轉運准單影本各一份及貨櫃(物)運送單存查聯按序歸檔備查。
協調單位：運輸業者、保稅運貨工具所有人、海關
項目：十、簽證進口貨物破損報告
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第六目；關稅法施行細則第三十九條；貨棧辦法第二十二條；集散站辦法第七條
作業要點：
一、以貨櫃裝運之進口貨物，如有破損情事，貨櫃集散站業者應於貨櫃拆櫃進倉之翌日起三日內檢具運輸業或承攬業者事故證明單一式二份，由專責人員複核簽證，並詳細註明損失、變質或損壞情形。
二、存棧進口貨物，如有破損情事，貨棧業者應立即繕具損失、變質或損壞貨物清單(進口貨物破損報告)一式二份，由專責人員複核簽證，並詳細註明損失、變質或損壞情形，送載運該貨物進口之運輸工具管理貨物人員或承攬業者副署。
三、事故證明單及進口貨物破損報告一份留存，一份送海關監管單位查核，並於進倉資料檔註記。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：十一、簽證短卸、溢卸報告
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：貨棧辦法第二十二條；集散站辦法第七條；進口貨物短卸溢卸作業要點第三點
作業要點：
一、存站(棧)之進口、轉運(口)貨櫃(物)，如有短卸、溢卸情事，貨站(棧)業者應於下列期限內繕具短卸或溢卸報告並經運輸工具負責人、運輸工具所屬運輸業者或承攬業者共同簽章後送達海關。
(一)海運：
1.櫃裝貨物：拆櫃完畢之翌日起三日內。
2.整櫃、貨主自備空櫃：卸船完畢之翌日起一日內。
3.非櫃裝貨物：全部進儲完畢之翌日起七日內。
4.快遞貨物：進倉完畢之翌日起一日內。
(二)空運：
1.一般貨物：進倉完畢之翌日起三日內。
2.快遞貨物：進倉完畢之翌日起一日內。
3.機邊驗放貨物：進倉完畢時。
二、短卸或溢卸報告如須註銷或更正者，應於報告送達海關翌日起三日內為之。但有特殊情形經海關核准者，不在此限。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：十二、進口貨物銷毀、破壞
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第七目
作業要點：
進口貨物依海關核准文件由貨主銷毀或破壞者，貨站(棧)業者派員負責監視破壞工作，完成後專責人員於核准文件簽證並通知海關監管單位派員複核。
協調單位：報關業者、海關
項目：十三、進口食品加貼中文標示
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第八目；食品安全衛生管理法第二十二條、第二十四條及其施行細則第十九條；食品及相關產品輸入查驗辦法第二十四條
作業要點：
已報驗但未貼中文標示之進口食品，貨主得填具申請書並檢附檢驗主管機關核發之查驗不合格通知書(載明向海關申請於倉間辦理中文標示補正)向海關申請核准後，由專責人員憑以於貨櫃集散站倉庫或進口貨棧辦理監視加貼作業。
協調單位：衛生福利部食品藥物管理署、海關
項目：十四、查對、登記逾期貨物或聲明放棄貨物
作業單位：貨櫃集散站、進口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第九目；貨棧辦法第七條
作業要點：
一、依海關開立之逾期貨物對貨報告表及逾期貨物或聲明放棄貨物處理紀錄，填報進口貨櫃(物)存站(棧)情形，並登記於存倉逾期貨物及私貨登記簿(檔)，內容應包括案號、報(提)單號碼，交專責人員簽章後送由海關監管單位退回簽發單位核辦。
二、存儲逾期未報關、逾期未提領貨物之場所應有明顯之區隔。
協調單位：海關
項目：十五、查對存站(棧)已列拍賣或變賣清單貨物
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第十目；貨棧辦法第七條
作業要點：
一、經海關通知列入拍賣或變賣清單之貨物，貨站(棧)業者應憑清單上資料核對存站(棧)貨物無誤後，交專責人員於清單上簽章確認後退回海關緝案處理單位，以便辦理拍賣事宜。
二、列入拍賣或變賣清單貨物應與一般存倉貨物有明顯區隔。
協調單位：海關
項目：十六、核對扣押或逾期貨物放行通知單並簽證放行
作業單位：貨櫃集散站、進出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第二款第十一目；貨棧辦法第十八條；集散站辦法第七條；海關變賣貨物及運輸工具處理程序；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、海關已繕逾期貨物處理紀錄表之貨物，經再報關後放行案件，憑進(轉)口貨物放行通知(N5116)，核對相關船名、航次(航機班次)、標記、箱號、件數、貨櫃標誌、號碼(航空標籤號碼)及艙單(進倉資料檔)、提貨單之收貨人等資料無訛後，列印貨櫃(物)運送單或放行憑單，經專責人員複核無訛簽章放行出站。以貨櫃裝運方式提領出站者，應傳輸貨櫃動態訊息(AX提領出站)。
二、海關拍賣貨物，專責人員應憑海關簽發之扣押、逾期貨物放行通知核對標售貨物清單，如組別、得標人等無訛後，列印貨櫃(物)運送單或放行憑單簽章放行貨物，作業文件簽章依序歸檔備查。
三、對高稅率之電器品、菸酒類貨物等，得依標售貨物清單所列電話資料向海關或得標人查證，以防被冒領。
四、扣押或逾期貨物放行後，應於存倉逾期貨物及私貨登記簿(檔)登記、核銷。
五、經海關扣押之進口貨物或逾期貨物以貨櫃裝運方式提領出站者，應傳輸貨櫃動態訊息(AO其他)。
協調單位：得標人、報關業者、海關
項目：十七、機場管制區內存棧進口貨物移棧
作業單位：機場管制區內進口貨棧
法令依據：貨棧辦法第二十條
作業要點：
進儲機場管制區內進口貨棧之進口貨物，因故須移存另一貨棧者，應由貨主、運輸業者或承攬業者申請，並檢附貨棧業者繕具之轉棧理由書及移存貨物清單連同移入貨棧業者簽具之進棧同意書及聯保單，經海關核准後，始得憑以移運(得採線上申辦)。貨物辦妥移交後，移出貨棧應於進倉資料檔註記；移入貨棧應於點收後傳送進倉訊息。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
參、出口作業項目
項目：一、出口貨櫃(物)進站(棧)儲存
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第一目；貨棧辦法第十九條；集散站辦法第十四條；保稅運貨工具辦法第十四條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、出口整裝貨櫃：
(一)凡出口貨物未經海關核准，出口人即行以整裝方式裝櫃者，貨櫃進站時，貨櫃集散站業者應過磅，並將重量詳載於進倉證明，由檢查人員憑貨櫃交替驗收單(EIR)、貨櫃裝貨清表(CLP)，檢查貨櫃標誌、號碼及封條號碼無誤後，准予卸櫃儲存，資料輸入電腦並傳輸貨櫃動態訊息(EL出口重櫃回場交櫃)。
(二)由其他關區轉來已報關放行之出口貨櫃進站，憑貨櫃(物)運送單核對船名、航次、貨櫃標誌、號碼、封條號碼等無訛後進站儲存，並傳輸貨櫃動態訊息(FG重櫃進站)。貨櫃(物)運送單交專責人員簽證備查。
(三)貨櫃進儲後將儲存位置相關資料輸入電腦檔。
二、出口合裝貨物：
(一)海運：
1.未報關出口合裝貨物進站(棧)，貨站(棧)業者憑貨主或代理人繕具之出口貨物進倉證明書核對船名、航次、裝貨單(S/O)、件數、標記、箱號無訛，點收貨物進儲。
2.他關區轉運進儲已報關放行之出口貨物，憑貨櫃(物)運送單核對保稅卡車車號(箱號)及海關封條號碼無訛後啟封，核對船名、航次、裝貨單(S/O)、件數、標記、箱號無訛點收貨物進儲。貨櫃(物)運送單交專責人員簽證後回傳起運地銷案。
(二)空運：
1.一般出口貨物進儲貨棧時，貨棧業者應憑出口託運單核對貨物上之航空標籤號碼、件數及目的地無訛後，方得進儲貨棧。
2.科學園區、科技產業園區或自他關區以保稅卡車加封轉運進儲之出口貨物，由運達地貨棧專責人員核對貨櫃(物)運送單及封條號碼無訛後予以啟封，並於貨櫃(物)運送單二聯簽章及加註到達時間，貨物交由運送人會同貨棧管理員點收進儲，貨櫃(物)運送單一聯按序歸檔備核，一聯回傳起運地貨棧。
三、倉庫管理員應確實清點核對貨物件數、標記、箱號並置放於指定儲位。
四、貨物如有包裝不良、雨濕、油污等異常情形，應在出口貨物進倉證明內註明，通知貨主更換包裝。
協調單位：運輸業者、保稅運貨工具所有人、海關
項目：二、出具出口貨物進倉證明及傳送進倉資料
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：貨棧辦法第十九條；集散站辦法第十四條
作業要點：
一、貨站(棧)業者於貨物完成進倉後，應出具進倉證明，並立即傳送出口貨物進倉資料(N5201)至海關，經電腦邏輯檢查後，海關以倉儲、承攬或運輸業申報訊息回覆通知(N5108)通知貨站(棧)業者受理結果。
二、貨站(棧)業者無法連線時或未連線者，報關業者持貨站(棧)業者簽發之出口貨物進倉證明向海關報關，由關員據以鍵入進倉資料。
協調單位：報關業者、海關
項目：三、簽證保稅貨櫃(物)退運出口進站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第二目；保稅倉庫設立及管理辦法第三十條、第三十一條；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條
作業要點：
存儲保稅倉庫之外貨，申請出倉退運出口者，由貨物所有人或倉單持有人填具保稅貨物退運出口申請書，向監管海關申請核發出倉准單並向出口地海關報關，倉庫業者憑准單會同監視關員核對標記及數量相符後，准予提貨出倉，由海關派員押運或監視加封運送至出口地海關辦理通關放行手續，其作業如下：
一、貨櫃(物)在同一關區出口者：出口時應填具D5報單(保稅倉貨物出口)向原海關監管保稅倉庫業務單位辦理銷帳核發准單手續後，先由海關稽查單位將貨物自保稅倉庫加封或押運至出口貨棧(自用保稅倉庫貨物免加封或押運)；貨站(棧)專責人員簽收保稅貨物並監視進倉後，於報單上簽證貨已進站(棧)，貨站(棧)業者傳輸進倉訊息至海關並將D5報單(保稅倉貨物出口)及准單封送海關出口單位辦理通關放行作業後，再封送貨站(棧)專責人員辦理監視裝櫃(打盤)加封或由關員押運裝船(機)出口。
二、貨櫃(物)自不同關區出口者：
(一)出口時應以D5報單(保稅倉貨物出口)向原海關監管保稅倉庫業務單位辦理銷帳及核發准單手續，有關貨物由稽查或倉棧單位監視裝入保稅卡車加封或押運至出口地海關出口貨棧(自用保稅倉庫貨物免加封或押運)；出口地貨站(棧)專責人員簽收保稅貨物進站(棧)並於報單上簽證貨已進站(棧)，將報單封送出口地海關辦理通關放行作業後，再封送出口地貨站(棧)專責人員辦理監視裝櫃(打盤)、加封或押運裝船(機)出口。
(二)未能立即裝船(機)出口，而暫存出口地海關監管之保稅倉庫俟船(機)期出口者，則向原進口地海關先行辦理進儲保稅倉庫手續後，再填具D7報單(保稅倉相互轉儲)向原進口地海關進口保稅單位辦理銷帳及驗放手續後，由專責人員監視貨物裝入保稅卡車並加封或由關員押運至出口地海關監管保稅倉庫存放，俟貨物出口時，再向出口地海關以D5報單(保稅倉貨物出口)申報出口，並於完成出口通關手續後辦理裝船(機)作業，完成貨物出口。
協調單位：運輸業者、報關業者、保稅運貨工具所有人、海關
項目：四、簽證退運進口或三角貿易貨櫃(物)進站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第三目；保稅運貨工具辦法第十四條
作業要點：
一、貨櫃(物)在同一關區出口者：待退運之進口貨物及儲存在原進口倉之三角貿易貨物，經海關進口單位放行後，由海關稽查單位將貨物押送出口倉(屬同一進出口貨棧業者或同一管制區域內不同進出口貨棧業者，由貨棧專責人員監視辦理)；屬整裝貨櫃且進、出口存放於同一貨櫃集散站者，得按原儲位傳輸出口進倉資料。廠商俟出口報單放行後，將進、出口報單封送出口貨站(棧)，交專責人員辦理監視裝櫃(打盤)、加封或由海關稽查單位辦理押運裝船(機)出口。
二、貨櫃(物)自不同關區出口者：進口地海關進口單位核准自他關區退運或三角貿易出口時，應請稽查單位派員押運，或由專責人員監視裝入保稅卡車轉運至出口地關區。
協調單位：運輸業者、報關業者、保稅運貨工具所有人、海關
項目：五、出口貨物裝櫃打盤出倉
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第四目；貨棧辦法第十九條；集散站辦法第十四條；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條；海關徵收規費規則第五條
作業要點：
一、海運合裝及空運出口貨物憑海關出口貨物放行通知(N5204)，派員監視出倉裝櫃或併櫃(打盤)。但已報關未放行之空運出口貨物經航空公司列入申打貨單且具急迫性者，貨棧業者得於海關放行前，移至倉內打盤區先行打盤，並列印出口貨物已列入申打貨單尚未放行清表及於倉儲作業系統即時詳實登載，供海關查核；如該貨物通關方式經核定為C3應驗或海關認有查驗必要者，仍應依規定拆盤供海關查驗。
二、出口貨物放行通知(N5204)具放行附帶條件或以人工作業放行者，
專責人員應憑放行文件辦妥應辦事項後始准予出倉裝櫃(打盤)。
三、接收出口貨物放行通知(N5204)，如發現資料異常(如放行時間、放行件數為0)時，應向通關網路業者查詢異常原因，或向海關出口通關單位查證。
四、電腦發生故障時，貨站(棧)業者應憑海關分估人員列印之書面出口貨物放行通知(N5204)辦理出倉裝櫃(打盤)作業。
五、進儲機場管制區外貨棧之出口貨物放行出倉裝櫃(盤)後，由貨棧專責人員監視裝入保稅卡車(貨箱)並加封海關封條，始准運送至機場交接區，並由交接區貨棧業者將貨物交運輸業者裝機。如係超大件無法加封者，貨棧業者應向海關請准以一般卡車裝載，得免押運。
協調單位：運輸業者、保稅運貨工具所有人、海關
項目：六、加封出口實貨櫃
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：集散站辦法第十四條；業者使用自備封條許可及管理辦法第十七條；海關徵收規費規則
作業要點：
一、出口貨櫃以自備封條加封者，應由運輸業者或承攬業者自行將封條與出口貨櫃號碼配對，依海關規定之方式及位置固封，並製作出口放行貨櫃清單；貨櫃裝船時，應由運輸業者派專人負責查對櫃號與封條號碼是否與貨櫃(物)運送單所載相符。自備封條如有損壞、未固封、號碼與貨櫃(物)運送單所載不符者，應報請海關查明後監視加封，並依海關徵收規費規則規定徵收加封費。
二、經核准使用自備封條加封之貨櫃，海關於必要時得隨時抽核或改以海關封條加封或另加封海關封條。
三、未使用自備封條之貨櫃，運輸業者或承攬業者應向海關申請核發封條，由貨櫃集散站業者辦理加封作業，特殊貨櫃或超大物件無法加封時，應通知海關及運輸業者或承攬業者處理。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：七、出口實貨櫃加裝、分裝、改裝出口貨物
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第五目；集散站辦法第十六條
作業要點：
一、業經海關查驗裝貨後之出口貨櫃，如須重行開櫃加裝、分裝或改裝者，應由運輸業者、承攬業者或原貨櫃貨物輸出人向海關申領特別准單或核准文件，由專責人員在站內出口倉或站內指定專區監視辦理，作業完成後於特別准單或核准文件及出口貨櫃清單(文件或資料)上加列或註記。
二、已放行出口整裝貨櫃之加裝、分裝或改裝，由報關業者申請時，須經原櫃貨物輸出人及運輸業者同意；由運輸業者或承攬業者申請時，須經原櫃貨物輸出人同意，始可辦理。
三、作業完成立即加封，並在電腦檔鍵入新封條號碼及異動資料，作業文件依序列管備查。
協調單位：運輸業者、承攬業者、報關業者、海關
項目：八、合裝出口貨物先行裝櫃
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：集散站辦法第十四條
作業要點：
一、出口貨物運存碼頭貨棧或貨櫃集散站出口倉庫，須於貨棧臨近空地或貨櫃集散站裝入貨櫃者，貨站(棧)業者得憑海關出口貨物放行通知(N5204)派員監視裝櫃，裝櫃完畢，應即加封。
二、出口貨物以併裝方式裝櫃者，在海關放行前不得先行裝櫃。但貨櫃集散站業者具有正當理由，經事先申請並經海關核准者，不在此限。
三、大宗散裝出口貨物分批運達貨櫃集散站，屬同一裝貨單(S/O)者，准其先行裝櫃，比照整裝貨櫃待驗。
協調單位：海關
項目：九、出口貨物重新包裝、加裝或打件
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第六目；貨棧辦法第二十一條
作業要點：
一、存站(棧)出口貨物須重新包裝、加裝，貨站(棧)業者須憑海關簽發特別准單或核准文件監視辦理。
二、已放行出口貨物打件，憑向海關申請核准之打件申請書或特別准單、出口貨物放行通知(N5204)及裝貨單，由貨站(棧)業者派員監視打件。
三、作業完成立即加封，於電腦檔鍵入新封條號碼及異動資料，作業文件依序列管以供備核。
協調單位：海關
項目：十、出口貨櫃放行出站
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第一目；集散站辦法第七條之二、第十四條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、出口貨櫃出站，貨櫃集散站業者應憑出口貨物放行通知(N5204，應注意放行附帶條件)，列印貨櫃(物)運送單由專責人員簽證後，交予司機於出站時交大門警衛核對貨櫃標誌、號碼及封條號碼等資料相符後，於貨櫃(物)運送單核章及註記出站時間，放行貨櫃出站並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)，作業文件應存檔備查。
二、大門警衛室電腦應連線控管，出口貨櫃放行出站後自動核銷出口貨櫃清單並記錄管制室管理員姓名，大門警衛姓名、出站時間等資料。
協調單位：海關
項目：十一、查核出口退關(倉)貨物及註銷報關貨物
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第七目；貨棧辦法第十九條；集散站辦法第七條
作業要點：
一、已申報報單且已進倉之出口貨物，因故取消出口作業者，謂之退關貨物；未申報報單，但已進倉之出口貨物，因故取消出口作業者，謂之退倉貨物；已申報報單，但未進倉之出口貨物，因故取消出口作業者，謂之註銷報關貨物。
二、專責人員查核出口退關(倉)貨物後，應將其隔離堆置集中存放，並作明顯之標示。
三、貨站(棧)業者應依貨物輸出人填具之出口貨物退關/註銷/轉船(機)報告單(簡5258)，查對出口貨物無訛後簽證，以供其辦理退關手續。
四、貨站(棧)業者應依貨物輸出人填具之出口貨物退關/註銷/轉船(機)報告單(簡5258)，查核註銷報關出口貨物確未進站(棧)後簽證，以供其辦理註銷報關作業。
協調單位：報關業者、海關
項目：十二、出口退關(倉)貨物提領出站(棧)
作業單位：貨櫃集散站、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第八目；貨棧辦法第十三條之二、第十九條；集散站辦法第七條、第七條之二；保稅運貨工具辦法第十四條、第十五條；海關徵收規費規則第五條；進出口貨物查驗準則第三十一條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定；保稅貨物進出保稅倉庫押運加封作業要點
作業要點：
一、海運：
(一)退關貨物申請提領出站(棧)：
1.業經海關查驗者，如驗明貨櫃原封條完整，得免再開驗，如非原封或非櫃裝貨物仍應查驗；原核定免驗者，得准免驗。
2.海關出口業務單位核對確為退關案件，送經查驗無訛(或經核定准予免驗)後，退由出口業務單位於出口貨物退關/退倉/更改航機(空運)申請書上簽證准予退關，專責人員憑以核對退關出口貨物之標記、箱號、件數及存放位置(如為櫃裝貨物應核對貨櫃標誌、號碼及封條號碼)等無訛後，簽證貨櫃(物)運送單並監視提領出貨棧或貨櫃集散站倉庫後，於申請書簽證及註明出棧(倉)時間；另於出口貨物進倉資料檔註記退關紀錄，退關貨櫃出站時，應傳輸貨櫃動態訊息(AO其他-退關)。如有特別批註事項(如保稅貨物、科學園區保稅貨物、退運貨物、應押運等)，應依批示事項辦理，申請書存查。
(二)退倉貨物申請提領出站(棧)：應持憑海關監管單位簽註「尚未報關」之出口貨物退關/退倉/更改航機(空運)申請書向專責人員辦理出站(棧)領回手續，專責人員應負責核對貨櫃(物)無訛後，監視提領出貨棧或貨櫃集散站倉庫，並在申請書簽證及註明出棧(倉)時間，申請書存查。
二、空運：
(一)退關貨物申請提領出棧：經海關出口業務單位核對確為退關案件，送經查驗無訛(或經核定准予免驗)後，於出口貨物退關/退倉/更改航機(空運)申請書上簽證准予退關，專責人員持憑核對退關貨物之航空標籤號碼、件數及存放位置等無訛後，監視提貨出棧。並於申請書簽證及註明出棧時間；另於出口貨物進倉資料檔註記退關紀錄，申請書存查。
(二)退倉貨物申請提領出棧：應持憑海關監管單位簽註「尚未報關」之出口貨物退關/退倉/更改航機(空運)申請書，向專責人員辦理出棧領回手續，專責人員應負責核對貨物及監視出棧，辦畢後於申請書簽證及註明出棧時間，申請書存查。
(三)數份報單合用一份託運單之部分退關貨物，除按第二點第一款規定辦理外，專責人員應監視更改該批貨物航空標籤號碼後，全卷送回海關業務單位辦理分艙單更正手續並予備查。
(四)保稅貨物之退關，專責人員應憑海關出口業務單位在申請書上之批示，核對貨上標籤號碼、件數等無訛後，依「保稅貨物進出保稅倉庫押運加封作業要點」規定，由海關派員押運或由專責人員加封，退回原儲存保稅倉庫。
(五)科技產業園區、科學園區或臺中關空運出口貨物退關案件，須向科技產業園區、科學園區或臺中關(出口單位)申請核准後，將核准之申請書電傳海關監管單位辦理退關手續，由貨棧專責人員將貨物加封退回科技產業園區、科學園區或臺中關原儲存倉庫。但臺中關空運出口案件，如不運回原貨櫃集散站者，除D5報單(保稅倉貨物出口)所報保稅貨物外，得向該關出口單位申請核准，經臺北關出口單位查驗無訛後，憑海關核准文件放行出棧。
(六)第二點第四款及第五款之退關案件，應於專責人員加封後，繕具貨櫃(物)運送單一式三聯並簽證，一聯按序歸檔，另二聯交司機隨車送交目的地貨站(棧)。
(七)申請於原倉更改航機出口者：託運單主號變更者，應由貨主或報關業者填具出口貨物退關/退倉/更改航機(空運)申請書一式二份，於貨物放行後三十日內提出申請，經海關核准後交專責人員監視更改標籤，作業完成後於申請書簽證及註明作業時間，申請書存查。
三、退關案件，貨物輸出人不提領出站(棧)而申請於原倉重新報關出口，貨站(棧)業者依海關出口單位簽註「准予全部(部分)退關並於原倉重新報關出口」之出口貨物退關/退倉/更改航機(空運)申請書，辦理傳輸貨物進倉訊息，並於申請書簽證及填寫新海關通關號碼(空運免填)後，交貨物輸出人或報關業者送回海關。
協調單位：報關業者、保稅運貨工具所有人、海關
項目：十三、簽證外銷國產空貨櫃進站證明書
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第三款第九目；集散站辦法第二十一條
作業要點：
一、外銷國產空櫃無法立即報運出口者，應按出口貨物辦理進倉手續，將貨櫃運存貨櫃集散站集中存放，不得與其他貨櫃混合，未完成報關驗放手續，不得擅自移動。
二、貨櫃進存貨櫃集散站前，由其買主或代理人填具海運出口貨物進倉證明書，連同貨櫃集散站出具之聯保單交專責人員憑以點驗空貨櫃
進站，點驗無訛後應在海運出口貨物進倉證明書上簽證。
協調單位：報關業者、海關
肆、轉口作業項目
項目：一、轉口貨櫃進儲或轉儲
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第四款第一目；集散站辦法第九條、第十二條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、貨櫃集散站業者應擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單訊息及卸貨准單、特別准單(含貨櫃清單)訊息辦理轉口貨櫃存站手續。
二、轉口貨櫃進儲原碼頭(整裝櫃區)或同區段碼頭港口貨櫃集散站：貨櫃集散站業者應憑卸貨准單、特別准單及貨櫃清單點收貨櫃進站，並傳輸貨櫃動態訊息「FI卸運入站(封條確認)」。
三、轉口貨櫃轉儲他區段港口貨櫃集散站或內陸貨櫃集散站須出碼頭管制站：運輸業者或貨櫃集散站業者應俟貨櫃加封後，列印並立即傳輸或輸入貨櫃(物)運送單至物聯網全時監控服務平臺，貨櫃(物)運送單經專責人員簽證後隨同貨櫃送交貨櫃卸存地之貨櫃集散站業者驗明貨櫃標誌、號碼及封條完整無訛後，憑以點收進站。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：二、轉口貨櫃加裝、分裝、改裝或轉口貨櫃(物)與出口貨櫃(物)併裝
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第四款第二目；集散站辦法第九條、第十六條、第十七條
作業要點：
一、轉口貨櫃加裝、分裝或改裝：運輸業者或承攬業者應事先繕具轉口貨物裝櫃申請書兼計畫表三聯向海關監管單位申請核准後，交專責人員憑以在轉口倉庫(間)或其他經海關核准之場所辦理加裝、分裝或改裝作業，轉口貨物裝櫃申請書兼計畫表一聯於作業完成由專責人員簽署後送交艙單單位憑以更正貨名及櫃號，以供運輸業者或承攬業者以電子資料傳輸申請T2轉運出口。但貨櫃集散站業者及運輸業者，或貨櫃集散站業者及承攬業者為安全認證優質企業，且事先以書面方式聯名向海關報備者，得逕行於貨櫃集散站內之轉口倉庫(間)辦理，必要時，海關得派員查核。
二、轉口貨櫃(物)與出口貨櫃(物)併裝：
(一)出口貨物加裝於轉口貨櫃者：出口貨物應於海關放行後，由運輸業者或承攬業者繕具轉口貨物裝櫃申請書兼計畫表向海關申請核准後，交由專責人員監視移運至同一貨櫃集散站內轉口倉庫(間)加裝於該出口報單申報之同一船隻所裝運轉口貨櫃內並予簽證備查。
(二)轉口貨物加裝於已放行出口貨櫃者：應由運輸業者或承攬業者繕具轉口貨物裝櫃申請書兼計畫表向海關申請核准後，將該出口貨櫃(限CFS條件)拖至轉口倉庫(間)，由專責人員監視裝櫃，加裝轉口貨物之出口貨櫃即視為轉口貨櫃。
三、加裝、分裝或改裝完畢立即加封並將貨櫃拖至轉口櫃專區等候裝船出口；另將封條號碼及相關資料輸入電腦，作業文件應依序留存備查。
四、拆空之貨櫃須於電腦檔作銷案註記。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：三、轉口貨櫃裝船出口
作業單位：貨櫃集散站
法令依據：自主管理辦法第七條第四款第一目；集散站辦法第九條、第十二條、第十七條；運輸工具進出口通關管理辦法第十九條；轉運及轉口貨物通關管理辦法第十四條；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、在原碼頭裝船出口者：
(一)卸船後立即轉船出口者，運輸業者除接獲海關通知待查驗或暫留置外，逕憑轉運准單(N5302)裝船，由運輸業者派員監視裝船並傳輸貨櫃動態訊息(AY裝船結案)。
(二)卸儲貨櫃集散站後轉船出口者，應先辦理貨櫃進儲作業並傳輸貨櫃動態訊息「FI卸運入站(封條確認)」，轉運出口時，依運輸業者或承攬業者以轉運申請書向海關申請核發之轉運准單，或逕依海關指示通知辦理出站及裝船手續。
二、非在原碼頭裝船出口者：
(一)出站作業：出碼頭管制站時，運輸業者或貨櫃集散站業者應俟貨櫃加封後，列印並立即傳輸或輸入貨櫃(物)運送單至物聯網全時監控服務平臺，貨櫃(物)運送單交由大門警衛核對貨櫃標誌、號碼、封條號碼固封無訛、註明出站時間及核章，並傳輸貨櫃動態訊息(AK重櫃出站)。
(二)進站作業：貨櫃集散站大門警衛憑貨櫃(物)運送單核對貨櫃標誌、號碼及封條號碼固封無訛，註明進站時間及核章後准予進站，並傳輸貨櫃動態訊息(FG重櫃進站)。立即裝船出口者，貨櫃交由運輸業者派員監視裝船並傳輸貨櫃動態訊息(AY裝船結案)；等候裝船出口者，轉運出口時，依轉運准單，或依海關指示通知辦理出站及裝船手續。
三、貨櫃(物)運送單交專責人員複核簽證留存備查。
四、貨櫃集散站業者應定期查核轉口貨櫃有無逾轉運及轉口貨物通關管理辦法第十四條所定轉運出口期限，如有逾期限者應列表送海關處理。
協調單位：運輸業者、承攬業者、報關業者、海關
項目：四、轉口貨物進倉、出倉
作業單位：轉口貨棧(倉)
法令依據：自主管理辦法第七條第四款第三目至第五目；貨棧辦法第六條、第十五條、第十八條、第二十二條；轉運及轉口貨物通關管理辦法第十三條、第十四條
作業要點：
一、海運轉口貨物進倉，貨棧業者應擷取運輸業者及承攬業者傳輸分送之進口艙單及卸貨准單、特別准單訊息，憑以卸貨進倉；空運轉口貨物進倉，應由運輸業者憑該班機進口艙單，向海關申請卸貨進倉，並將進口艙單送卸存貨棧，貨棧業者憑以卸貨進倉。但卸存機場管制區外轉口倉，應由運輸業者或承攬業者檢具其與貨棧業者共同簽章具結之空運貨物特別准單申請書，向海關單位請領空運貨物特別准單，貨棧專責人員憑該准單於機場交接區監視裝入貨棧自備之保稅運貨工具，並加封海關封條後始准運至機場管制區外轉口倉儲存。
二、轉口貨物進倉，如有溢卸或短卸情形，貨棧業者應於貨物進倉完畢之翌日起三日內繕具短卸或溢卸報告；如有破損情事應立即繕具損壞變質或損失貨物清單(貨物破損報告)，由專責人員簽證並詳細註明損失、變質或損壞情形，送載運該貨物進口之運輸工具管理貨物人員或承攬業者副署。短卸或溢卸報告及破損報告，一份送海關監管單位查核。
三、轉口貨物進倉，其標籤號碼、件數與艙單所載不符或未列艙單，得由承運之運輸業者提示有關文件、原始提單等申請更正。承運之運輸業者如逾期申請或無法提示有關證明文件，專責人員應報由海關依章處理。
四、轉口貨物出倉，貨棧業者應驗憑海關放行通知、提貨單、轉運准單或其他海關核准文件，核對船名、航次或班機航次與貨物之標記、箱號或航空標籤號碼、件數無訛，並依海關指示通知完成應辦理事項後，准予出倉。但卸存機場管制區外轉口倉者，應由專責人員監視在轉口倉打盤、裝櫃後，裝入保稅運貨工具及加封海關封條始准運至機場交接區，交運輸業者裝機。
五、經海關核准裝運出口之轉口貨物於進儲目的地貨站(棧)後，因故未能出口而須退回原起運地者，運輸業者或承攬業者應先向目的地海關申請退回原起運地及派員押運或核准加封電子封條載運，貨站(棧)業者方准其提領出站(棧)。
六、貨站(棧)業者應定期查核轉口貨物有無逾轉運出口期限，如有逾期者，應列印報表送交海關處理。
七、轉口貨物如經海關責令限期辦理退運，貨主以書面聲明放棄或未在海關規定期限內辦理退運者，貨站(棧)業者應報海關處理。
八、第一點及第四點但書所定加封作業後之貨櫃(物)運送單簽證及追蹤作業，與貳、進口作業項目三、點收進口貨物進倉之作業要點第二點第二款及第三款相同。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：五、轉口貨物拆包、分批及加貼航空(郵)標籤
作業單位：轉口貨棧(倉)
法令依據：自主管理辦法第七條第四款第六目；貨棧辦法第十五條
作業要點：
一、轉口貨物於貨物出倉前須在轉口倉內拆包、分批及加貼航空(郵)標籤(不得變更貨物原產地標示)，應由運輸業者或承攬業者事先向海關申請核准。
二、貨棧專責人員憑經海關核准之申請書監視辦理，監視作業完畢於申請書上簽署相關作業辦理情形後，將申請書一聯存查，一聯送交海關艙單單位更正進口艙單。
三、專責人員如發現為武器、彈藥時，應即通知海關處理。
協調單位：運輸業者、海關
項目：六、海空(空海)聯運轉口貨物打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記
作業單位：轉口貨棧(倉)、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第四款第七目；貨棧辦法第十五條、第二十一條；集散站辦法第九條；T6海空聯運貨物轉口、T7空海聯運貨物轉口一段式自動化通關作業規定
作業要點：
一、經海關核准之海空或空海聯運貨物，其須裝櫃、打盤者，海關得核准直接運往儲存一般出口貨物之貨棧(倉庫)，由專責人員憑轉運准單監視辦理，作業完畢後，應於轉運准單上簽章或於系統上註記。
如因特殊情形無法立即裝櫃或打盤者，應具申請書經海關監管單位核准後，貨棧業者應立即將該轉口貨物與一般出口貨物區隔存放或移儲轉口倉。
二、海進海出之轉口貨物須於進口貨棧內之轉口倉庫(間)或其他經海關核准之場所裝櫃者，運輸或承攬業者應事先以書面向海關申請，經核准後，於專責人員監視下辦理裝櫃；裝櫃完成後應即加封，並申辦移儲至港口貨櫃集散站轉口櫃專區或碼頭專區。但移儲於同一區段碼頭內者，免填貨櫃(物)運送單。
三、海空或空海聯運貨物如須變更貨物包裝及標記箱號(不得變更產地標示)，應由運輸業者或承攬業者填具申請書，向海關監管單位申請核准，交專責人員在轉口倉監視辦理，監視作業完畢後應於申請書上簽章，其中一份申請書移進口艙單單位辦理更正進口艙單。運輸業者、承攬業者或委託之報關業者再辦理海空、空海聯運貨物之轉運出口申報手續。
四、專責人員如發現為武器或彈藥(禁止海空、空海聯運)時，應即通知海關處理。
協調單位：運輸業者、承攬業者、海關
項目：七、海空(空海)聯運或空運轉口貨物以內陸運輸方式轉運出口之轉口貨物出倉、進倉打盤、裝櫃
作業單位：轉口貨棧(倉)、出口貨棧
法令依據：自主管理辦法第七條第四款第五目及第七目；轉運及轉口貨物通關管理辦法第十三條；運輸工具進出口通關管理辦法第七十七條；保稅運貨工具辦法第十四條；T6海空聯運貨物轉口、T7空海聯運貨物轉口一段式自動化通關作業規定；貨櫃(物)動態傳輸作業規定
作業要點：
一、T2轉口作業：
(一)出棧作業：
1.應憑轉運准單(N5302)辦理出棧作業。但屬查驗及押運案件，應憑海關艙單單位列印之書面轉運准單辦理。
2.空運轉口貨物，海關得依規定稽核，轉運出棧時以保稅運貨工具加封為原則。但海關認有必要時亦得派員押運。
3.轉口貨物卸存之貨棧業者依轉運准單(N5302)辦理貨物或整盤(櫃)裝車及加封作業後，專責人員列印貨櫃(物)運送單，核對無訛後准予出棧。
(二)進棧裝機作業：空運轉口貨物於運入出口地機場出口貨棧時，依轉運准單及貨櫃(物)運送單，由專責人員監視點收、打盤裝櫃後，點收後應將進倉資料(N5201)傳送海關，並依出口貨物放行通知(N5204)負責將該批貨物押運(或加封)裝機出口。
(三)退關作業：
轉口貨物如因艙位不足或原訂班機臨時取消或其他原因致須改裝同一家航空公司下一班航次班機或轉裝另一家航空公司之飛機載運出口時，應依運輸工具進出口通關管理辦法有關規定辦理；至於「全部」貨物退關不擬轉機出口時，運輸業者或承攬業者應先向目的地海關申請退回原起運地及派員押運或核准加封電子封條載運，貨棧業者方准其提領出棧；運輸業者或承攬業者須再向原放行地海關，辦理退關註銷轉運申請書手續。
二、T6海空聯運轉口作業：
(一)聯運貨櫃(物)轉運時，專責人員應憑轉運准單(N5302)簽證貨櫃(物)運送單辦理出站(棧)事宜(應押運者由海關辦理)；貨櫃(物)運送單上應註明出站(棧)時間，以利目的地海關控管有無逾時進站情事。
(二)加封或押運之聯運貨物於運入目的地空運貨棧轉口倉(如欲直接運往空運出口貨棧打盤或裝櫃者，應先向海關請准)時，貨棧業者應即時通知海關到場監視，始得辦理收櫃、剪封及拆櫃作業，貨棧業者依貨櫃(物)運送單點收後，由專責人員監視打盤(裝櫃)及加封或由海關押運裝機出口；申請直接運往空運出口貨棧打盤或裝櫃者，如因特殊情形無法立即打盤(裝櫃)裝機出口，經向海關申請核准者，該轉口貨物應與一般出口貨物區隔存放或移儲轉口倉，以利查核及監視作業；另專責人員應即將貨櫃(物)運送單簽證備查。
(三)聯運貨物如有轉機出口時，應依運輸工具進出口通關管理辦法有關規定辦理；至於「全部」貨物退關不擬轉機出口時，空運關區出口通關單位應在電腦上完成有關退關註記作業後電傳起運地進口艙單單位辦理「轉運申請書」註銷(即艙單恢復)手續，專責人員應將該貨物加封或交由海關押運回原卸存之轉口地銷案(註：不受理「部分」貨物退關不擬轉機出口案件)。
(四)進儲機場管制區外之聯運貨物，於打盤、裝櫃後運至機場交接區之作業，與參、項目五、出口貨物裝櫃打盤出倉之作業要點第五點相同。
三、T7空海聯運轉口作業：
(一)空海聯運貨物之進倉作業，與肆、項目四、轉口貨物進倉、出倉之作業要點第一點相同。
(二)聯運貨櫃(物)轉運時，依本項目作業要點第二點第一款規定辦理。
(三)加封或押運之聯運貨物於進入碼頭或內陸貨櫃集散站之出(轉)口倉時，依轉運准單及貨櫃(物)運送單由出(轉)口倉專責人員監視點收裝櫃後，辦理加封或由海關關員押運至碼頭裝船出口。如因特殊情形無法立即併櫃出口且經書面申請核准者，該轉口貨物應與一般出口貨物區隔存放或移儲轉口倉，以利查核及監視作業。
又點收貨物後應將貨櫃(物)運送單簽證備查。
(四)貨物「全部退關」轉船者(不得部分退關)運輸業者或承攬業者應以書面向目的地海關(出口通關單位)辦理T7改裝他船出口事宜，貨物免退回原起運地；貨物不轉船出口時，應先向目的地海關申請退回原起運地及派員押運或核准加封電子封條載運，目的地出口通關單位應於完成退關註記後，回傳起運地貨棧於貨櫃(物)運送單註記後向進口艙單單位辦理轉運申請書註銷作業，貨物加封電子封條或押運回起運地銷案。
(五)起運地空運貨棧業者應負責貨物流之追蹤，並應指派專人於每月五日列印上個月之T7貨物流追蹤清表並查核。
協調單位：運輸業者、承攬業者、保稅運貨工具所有人、海關