一、海關對物流中心自主管理事項定期或不定期實施稽核，除法令另有規定外，依本作業規定辦理。
二、各關定期或不定期稽核及辦理下列事項：
（一）查核物流中心依物流中心貨物通關辦法、貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法、物流中心貨物通關作業規定及物流中心業者實施自主管理作業手冊等相關法令規定所列應辦理事項及其作業程序。
（二）會同業者抽核物流中心進儲、出倉及存倉之物品，並查核其相關帳冊及表報。
（三）查核物流中心是否進儲物流中心貨物通關辦法第四條所列不得進儲之物品。
（四）查核物流中心申請核准事項之辦理情形。
（五）查核其他有關物流中心監管事項。
（六）遠端稽核物流中心貨物進出紀錄及貨物帳。
三、稽核作業程序如下：
（一）稽核關員或直屬主管繕具公差預定表奉核可後赴物流中心稽核，並應將稽核結果繕具物流中心稽核報告表（附件一），陳報上級主管核閱。
（二）稽核單位應依風險管理、分級管理與實際業務需要，並以二人以上關員組成查核小組為原則，赴物流中心稽核。
（三）稽核關員執行稽核作業，如發現異常或缺失，應填具稽核不符事項通知單（附件二）一式三份，由物流中心簽認後，其中二份分別交由物流中心及專責人員收執，應限期改善，並列管追蹤。另一份附於物流中心稽核報告表或工作報告簿。情節重大者，並陳報主管，依相關法令規定論處。
（四）物流中心稽核報告表及稽核不符事項通知單應依序編號歸檔備查。
四、稽核關員應辦理事項如下：
（一）處理專責人員依規定所報事項。
（二）抽核物流中心是否依章報繳應納稅費。
（三）抽核存儲超過二年之貨物。
（四）複核經專責人員簽證之短溢裝報告。
（五）監視保稅貨物銷毀工作。
（六）發現物流中心未於期限內改善之事項或無正當理由拒不改善者，應依物流中心貨物通關辦法第二十四條、第二十五條、第二十七條及第二十七條之一規定處理。
五、稽核關員赴物流中心辦理稽核作業，以海關上班時間為原則。但情況特殊需要，經稽核單位主管核准者不在此限。