一、海關對物流中心自主管理事項定期或不定期實施稽核，除法令另有規定外，依本作業規定辦理。
二、各關定期或不定期稽核及辦理下列事項
(一) 查核物流中心依「物流中心貨物通關辦法」、「貨棧貨櫃集散站保稅倉庫及物流中心業者實施自主管理辦法」、「物流中心貨物通關作業規定」及「物流中心自主管理作業手冊」等相關法令規定所列應辦理事項及其作業程序。
(二) 會同業者抽核物流中心進、出、存倉之物品，並查核其相關帳冊及表報。
(三) 查核物流中心有否進儲「物流中心貨物通關辦法」第四條所列不得進儲之物品。
(四) 查核物流中心申請核准事項之辦理情形。
(五) 查核其他有關物流中心監管事項。
(六) 遠距查核物流中心貨物進出紀錄及貨物帳。
三、稽核作業程序如下：
(一) 稽核關員或直屬主管繕具「公差預定表」奉核可後赴物流中心稽核，並應將稽核結果繕具「物流中心稽核報告表」 (如附件一) ，陳報上級主管核閱。
(二) 稽核單位應依風險管理、分級管理與實際業務需要，並以二人以上關員組成查核小組為原則，赴物流中心稽核。
(三) 稽核關員執行稽核作業，如發現異常或缺失，應填具「稽核不符事項通知單」 (如附件二) 一式三份，由物流中心簽認後，其中二份分別交由物流中心及專責人員收執，應限期改善，並列管追蹤。另一份附於「物流中心稽核報告表」或工作報告簿。情節重大者，並陳報主管，依相關法令規定論處。
(四) 前述「物流中心稽核報告表」及「稽核不符事項通知單」應順序編號歸檔備查。
四、稽核關員應辦理事項如下：
(一) 處理專責人員依規定所報事項。
(二) 抽核物流中心是否依章報繳應納稅費。
(三) 抽核存儲超過兩年之貨物。
(四) 複核經專責人員簽證之短溢裝報告。
(五) 監視保稅貨物銷毀工作。
(六) 發現物流中心未於期限內改善之事項或無正當理由拒不改善者，應依「物流中心貨物通關辦法」第二十四、二十五及二十七條規定處理。
五、稽核關員赴物流中心辦理稽核作業，以海關上班時間為原則，但情況特殊需要，經稽核單位主管核准者不在此限。