一、海關對保稅倉庫自主管理事項定期或不定期實施稽核，除法令另有規定外，依本作業規定辦理。
二、本作業規定之稽核對象為經海關核可實施自主管理之保稅倉庫業者。
三、本作業規定之執行，由各關稽核單位辦理。
四、稽核關員定期或不定期稽核或辦理下列事項：
(一)查核業者、專責人員依貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法(以下簡稱自主管理辦法)、「自主管理保稅倉庫審查作業規定」(以下簡稱審查作業規定)、「保稅倉庫業者實施自主管理作業手冊」(以下簡稱自主管理作業手冊)及相關法令規定所列應辦理事項及其作業程序。
(二)會同業者盤查或抽核進、出、存倉之物品，並稽核其相關簿冊及表報。
(三)辦理自主管理作業手冊所列稽核關員應辦理事項：
1、稽核准單核准事項辦理情形。
2、受理並處理一般報備案件。
3、處理專責人員報告違章、異常案件：
(1)保稅貨物逾時進倉、逾時未進倉者。
(2)保稅貨物失竊、調包者。
(3)封條有遺失、破損、斷失、偽造變造之嫌疑及封條號碼或車號與貨櫃（物）運送單不符或封條讀取比對異常者。
(4)貨櫃（物）運送單經塗改者。
(5)發現貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
(6)保稅貨物進錯倉者。
(7)放行貨物與准單貨名不符者。
(8)發現保稅倉庫設立及管理辦法第四條規定不得進儲之貨物者。
(9)其他異常情形者。
4、覆核專責人員簽證之短溢卸報告及破損貨物報告。
5、覆核業者派員監視保稅貨物銷毀、破壞作業。
6、稽核業者有關海關封條之領用、登錄加封作業、控管使用及規費核銷情形。
(四)輔導業者實施自主管理。
(五)稽核其他有關保稅倉庫監管事項。
(六)遠距查核保稅倉庫貨物進出紀錄、貨物帳及存倉將屆二年之貨物。
五、稽核關員應辦理稽核作業程序如下：
(一)稽核關員或直屬主管繕具「公差預定表」奉核可後赴保稅倉庫查核，並應將稽核結果繕具「自主管理保稅倉庫稽核報告表」（如附件一），陳報上級主管核閱。
(二)稽核關員應主動辦理自主管理作業手冊所列海關稽核關員應辦理事項及稽核其他有關監管事項，並將辦理情形繕具工作報告陳核。
(三)稽核單位應依風險管理與實際業務需要，派員赴保稅倉庫稽核。
(四)稽核關員執行第一款及第二款作業，如發現有異常或缺失，應填具「稽核不符事項通知單」（如附件二）一式三份，由業者簽認並限期改正，其中二份分別交業者及專責人員，另一份隨附於「自主管理保稅倉庫稽核報告表」或工作報告陳報主管。
(五)稽核關員對於業者或專責人員應改善事項，應予列管追蹤。
(六)前列「自主管理保稅倉庫稽核報告表」及「稽核不符事項通知單」應順序編號控管歸檔備核。
六、稽核關員發現違反自主管理應具備之條件或作業相關規定案件之處理原則如下：
(一)專責人員未於期限內改正之事項，稽核單位應通知業者督促立即改正。
(二)業者未於期限內改正，且無正當理由拒不改正者，則依自主管理辦法第十二條處理。