一、海關對自主管理保稅倉庫之審查，除法令另有規定外，依本作業規定辦理。
二、各關應設置自主管理保稅倉庫審查小組（以下簡稱審查小組），以副關務長為召集人，召集相關單位人員組成，處理自主管理保稅倉庫之審查及廢止等相關業務。
三、保稅倉庫實施自主管理，得由業者向海關監管單位提出申請，或由監管單位依相關規定對業者輔導，經評估認可後並提報審查小組審查合格，報請關務長核定後實施。
四、審查小組受理各監管單位依本作業規定及保稅倉庫業者實施自主管理作業手冊 (以下簡稱自主管理作業手冊) 等規定，初審通過後轉送之自主管理審查案件，由召集人擇期召集審查委員開會，依本作業規定審查業者相關作業書面資料，並實地查核，審查通過後，函告業者實施。對於審查不合格案件，審查小組應函復審查不通過之原因及建議改進意見，全卷退還監管單位繼續輔導改善。
五、監管單位轉送之自主管理審查案件，應檢附本作業規定與貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法(以下簡稱自主管理辦法)、自主管理作業手冊所規定之具備條件、自主管理作業流程說明、報表、電腦操作手冊等文件，轉送審查小組覆核，審查小組須於二星期內予以覆核審查並做成准否之決定。經審查合格准予實施者，前開文件應予驗印三份，一份退還業者收執，一份送監管單位俾供日後稽核，一份存檔。
六、自主管理保稅倉庫應行審查事項：
(一)資本額及保證金須符合保稅倉庫設立及管理辦法之規定。
(二)業者無積欠已確定之稅額及罰鍰或提供相當擔保。
(三)應設置電腦及相關連線設備，相關帳冊、表報、進出倉單據均以電腦處理，並以電子資料傳輸方式依關務有關法令處理業務；貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出倉，設有一套完整之電腦控管作業流程。但儲存大宗或種類單純之祼裝貨物者，不在此限。
(四)制度完善、營運正常及管理良好，且連續滿三年所存儲之貨櫃（物）無私運或嚴重失竊紀錄，其所屬員工無利用職務之便從事走私違法行為。但有下列情形者，得不受三年期間之限制：
1、新申請設立登記之自用保稅倉庫。
2、港口機場管制區、科技產業園區、農業科技園區或科學園區之倉儲業，設置未滿三年。
(五)有完善之安全設施，經海關勘查符合規定者。
(六)於門口警衛室設有電腦並採連線控管貨物進出，海關可在線上隨時查核並設有警衛或專責人員執行貨櫃（物）進出倉之查對、門禁管制、倉庫巡邏。
(七)指派專人啟閉倉庫門鎖、巡視倉間情況，並設置登記簿記錄相關資料。
(八)門口及未經公告准許輸入大陸物品儲放專區，須設置具備二十四小時連續錄影或動態偵測錄影、供稽核關員線上監看等功能之監視系統，並存檔三十日以上，必要時，應依海關通知延長存檔至九十日以上；但設立於港口機場管制區內以儲存大宗或種類單純祼裝貨物之業者，得免設置。
(九)指定專責人員辦理貨物之點驗進倉、加封出倉；存倉貨物看樣、取樣、公證、重整及簡單加工之監視等業務。已核准實施自主管理之業者，應依自主管理辦法指定經海關或海關審查通過之民間機構訓練合格領有證書之員工數，依海關所訂自主管理作業手冊辦理核准實施自主管理事項。指定任用之專責人員任用資格應具有國內外高中或高職以上學校畢業相當之學歷，且任職相關職務五年以上無重大走私違法紀錄。專責人員應設置專用章，檢同各員之簽章及公司章印鑑卡向海關核備；專責人員負責處理自主管理事項及海關聯繫事宜，並接受海關合法指導，如發現違規、違章或其他異常情形，應即向海關報告。
(十)使用網際網路連線方式接收、傳送進出倉資料、放行訊息、貨櫃動態電子資料及列印各類控管報表。
(十一)備有供海關稽核關員線上查核之專用電腦設備及辦公處所。
(十二)電腦設備對於資料之處理，應註記作業處理時間、作業人員姓名。電腦資料不得任意刪除；其更正或刪除前之資料，亦應存檔案，俾供海關稽核查對。
七、保稅倉庫兼營進出口貨棧或貨櫃集散站者，應同時具備符合兩者自主管理之審查條件，始得核准實施自主管理。
八、經核准自主管理之保稅倉庫，應於門首懸掛銅製名牌，其名稱為「財政部關務署○○關監管○○公司自主管理保稅倉庫」，其長度不得小於一百二十公分，寬度不得小於二十五公分。
九、自主管理保稅倉庫業者及專責人員，應確實依照自主管理作業手冊所訂定之自主管理事項及作業要點等，辦理相關自主管理工作。