一、為配合關稅配額實施辦法及相關法令執行，特訂定本作業規定。
二、實施關稅配額之貨物，其配額由財政部委託臺灣銀行股份有限公司核配者，持有該公司核發之關稅配額證明書，始得適用配額內稅率。但國際協定另有規定者，從其規定。
三、進口人進口取得「WTO輸入關稅配額證明書」之貨物，報關時應依海關進口稅則（以下簡稱稅則）第九十八章申報稅則號別並依該章規定辦理；進口依其他國際協定實施關稅配額之貨物，報關時應依稅則第一章至第九十七章申報適用之稅則號別，並依其章別之增註規定辦理。
四、進口人進口取得關稅配額證明書之貨物，報關時應於進口報單「輸出入許可文件號碼」欄位申報關稅配額證明書號碼。
五、申報適用關稅配額之貨物，不得以免審免驗(C1)方式通關。
六、申報適用WTO輸入關稅配額證明書之貨物，其通關作業如下：
(一)進口人傳輸之報關資料，經海關通關系統與核配機關(構)傳輸資料比對不符者，海關收單系統將不受理報關並回復錯單原因（B類，能補正）。
(二)進口人於報關時未填報關稅配額證明書號碼而能補正者，得申報納稅辦法代碼63（配額未決），暫列一般稅則，按配額外稅率計算應納關稅數額繳納保證金，申請先行驗放，並於關稅配額證明書有效期間屆滿前提供進口地海關關稅配額證明書號碼，海關應於通關系統登錄正確關稅配額證明書號碼，並改列稅則第九十八章稅則號別；屆期未補辦者，依關稅法第十八條第三項沒入其保證金。
(三)繳納保證金待補正關稅配額證明書號碼者，如有其他待決事項，海關應立即處理。並於進口人補正關稅配額證明書號碼時儘速結案。
(四)放行後通關資料如有異動，通關單位應立即配合修正電腦檔資料。
(五)旅客攜帶、郵包寄遞貨物持憑關稅配額證明書申請按配額內稅率課徵關稅者，應繕具進口報單並登錄於通關系統，再辦理通關。
(六)依稅則第九十八章課徵關稅之貨物，海關電腦依下列方式將配額證明書核銷資料傳輸予核配機關（構）：
1、每日夜間傳輸當日放行貨物資料及補正關稅配額證明書號碼，經改列稅則第九十八章，並以保證金抵繳結案之案件資料。
2、傳輸前報單資料如有異動，傳輸最後異動資料。
3、傳輸後報單資料如有異動，將異動資料併同當時其他放行案件之核銷資料傳輸。核配機關（構）應自行區辨並據以更正前已接收之核銷資料。
七、申報適用世界貿易組織（WTO）以外之國際協定輸入關稅配額貨物之通關作業如下：
(一)與我國簽署國際協定國家，其適用關稅配額規定，明定於稅則增註。
(二)進口報單「稅則增註」欄應填報相關稅則章別及增註項目，增註項目如有適用不同減稅稅率時，增註項目後加填代號；或「自由貿易協定優惠關稅註記」欄應填報「PT」（優惠關稅待遇Preferential Tariff Treatment, PT），以適用配額內稅率。
(三)進口報單「輸出入許可文件號碼」欄位填報「自由貿易協定輸入關稅配額證明書」號碼（前兩碼為締約國他方國別代號），並檢附原產地證明書。
(四)關稅配額證明書之核銷控管，準用第六點規定。但關稅配額非屬我國核配者，由關員以書面人工核銷。
前項作業，國際協定另有規定者，從其規定。