1.中華民國96年1月24日經濟部經加字第 09504607300號令、 財政部台財關字第 09605500050號令會銜訂定發布全文 51 條；並自96年1月26日施行
2.中華民國97年5月28日經濟部經加字第 09704602080號令、 財政部台財關字第 09705502310號令會銜修正發布第 2、5、7～9、12、13、18、28、30、32、34、35、51 條條文；並自發布日施行
3.中華民國98年11月23日經濟部經加字第 09804605830號令、財政部台財關字第 09805039520號令會銜修正發布第 5、12、13、15、16、18、34、38  條條文
4.中華民國100年6月29日經濟部經加字第 10004603450號令、財政部台財關字第 10005022890號令會銜修正發布第 1、29、34、39  條條文
5.中華民國104年8月14日經濟部經加字第10404603490號令、財政部台財關字第1041017092號令會銜修正發布第 13、29、38、42
  條條文
6.中華民國110年5月26日經濟部經加字第11004601980號令;財政部台財關字第1101011471號令會銜修正發布名稱及部分條文（原名稱：加工出口區保稅業務管理辦法；新名稱：科技產業園區保稅業務管理辦法）
7.中華民國111年7月6日經濟部經加字第11104602500號;財政部台財關字第1111015585號令會銜修正發布部分條文
8.中華民國112年4月18日經濟部經加字第11255600040號;財政部台財關字第1121006895號令會銜修正發布第29條、增訂第8條之1
9.中華民國112年11月17日經濟部經園字第11255600420號;財政部台財關字第1121026393號令會銜修正發布部分條文