1.中華民國99年11月8日經濟部經工字第09904607160號令、財政部台財稅字第09900460850號令會銜訂定發布全文17條；並自99年1月1日施行
2.中華民國100年12月27日經濟部經工字第10004607820號令、財政部台財稅字第10000490810號令會銜修正發布第3、4、6、7、12、17條條文；並自發布日施行
3.中華民國101年5月3日經濟部經工字第10104602830號令、財政部台財稅字第10100091751號令會銜修正發布第12、17條條文；並自101年1月1日施行
4.中華民國103年5月6日經濟部經工字第10304601600號令、財政部台財稅字第10304555260號令會銜修正發布第2、3、4、8、12條條文、增訂第 2-1 條條文；並自發布日施行
5.中華民國103年12月19日經濟部經工字第10304605930號令、財政部台財稅字第10304659780號令會銜修正發布第2-1、17條條文；並自103年6月20日施行
6.中華民國104年12月11日經濟部經工字第10404605810號令、財政部台財稅字第10404691570號令會銜修正發布第2、2-1、6、7、12、17條條文；增訂第5-1條條文；並自104年1月1日施行
7.中華民國105年11月11日經濟部經工字第10504605350號令、財政部台財稅字第10504674430號令會銜修正發布第9、17條條文；並自105年1月1日施行
8.中華民國107年4月23日經濟部經工字第10704601840號令、財政部台財稅字第10704564360號令會銜修正全文；並自106年11月24日施行至108年12月31日止（原名稱：公司研究發展支出適用投資抵減辦法；新名稱：公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法）
9.中華民國108年11月22日經濟部經工字第10804604900號令、財政部台財稅字第10804662760號令會銜修正發布第11、12、19條條文；並自106年11月24日施行至118年12月31日止
10.中華民國109年11月2日經濟部經工字第10904604900號令、財政部台財稅字第10904670180號令會銜修正發布部分條文；並自109年度施行
11.中華民國112年11月16日經濟部經產字第11251038190號令、財政部台財稅字第11204674420號令會銜修正發布第8、19條條文；並自發布日施行至118年12月31日止