1.中華民國90年4月17日財政部台財秘字第0901550410號函訂定全文6點
2.中華民國91年11月22日財政部台財秘字第0911551183號函修正全文6點
3.中華民國92年1月20日財政部台財秘字第0921550054號函修正第3點
4.中華民國93年9月3日財政部台財秘字第09315508060號函修正全文6點，自94年度計畫開始實施
5.中華民國94年2月4日財政部台財秘字第09415002050號函修正全文6點，配合94年度施政計畫開始實施
6.中華民國94年5月20日財政部台財秘字第09415504430號函修正全文12點
7.中華民國94年12月26日財政部台財秘字第09415512450號函修正全文15點，自95年度施政計畫開始適用
8.中華民國96年12月12日財政部台財秘字第09615510970號函修正第6點、第7點
9.中華民國97年5月2日財政部台財秘字第09700236400號函修正第8點
10.中華民國97年12月19日財政部台財秘字第09700589570號函修正第10點、第15點；增訂第16點
11.中華民國102年5月10日財政部台財綜字第10215912640號函修正全文16點
12.中華民國103年6月17日財政部台財綜字第10315917350號函修正名稱及修正全文17點(原名稱：財政部年度施政計畫管制作業注意事項；新名稱：財政部個案計畫管制評核作業注意事項)
13.中華民國105年6月15日財政部台財綜字第10515913870號函修正第5點、第6點、第7點、第8點、第10點、第13點、第16點、第17點
14.中華民國105年12月16日財政部台財綜字第10515929800號函修正第8點、第16點、第17點
15.中華民國108年11月19日財政部台財綜字第10815928430號函修正名稱及修正全文16點(原名稱：財政部個案計畫管制評核作業注意事項；新名稱：財政部及所屬機關構個案計畫管制評核作業注意事項)
16.中華民國109年6月5日財政部台財綜字第10915913370號函修正第16點
17.中華民國114年12月22日財政部台財綜字第11415928120號函修正第4點、第7點、第11點，自辦理115年度個案計畫管制評核作業適用