1.中華民國95年2月3日財政部台財關字第09500023110號令訂定發布全文 16 條；並自發布日施行
2.中華民國96年10月19日財政部台財關字第09600424290號令修正發布第2、4、8、14、16條條文；並增訂第4-1、4-2條條文；除第4-1、4-2條條文自96年3月23日施行外；其餘自發布日施行
3.中華民國100年2月24日財政部台財關字第10005901130號令修正發布第2、15條條文；刪除第4-2、12條條文
4.中華民國102年12月18日財政部台財關字第1021028498號令修正發布名稱及全文18條；並自發布日施行，但第7條條文自102年6月21日施行（原名稱：海關緝私條例第四十五條之一情節輕微認定標準；新名稱：海關緝私案件減免處罰標準)
5.中華民國103年12月23日財政部台財關字第1031026724號修正發布第4～6、16條條文
6.中華民國105年10月6日財政部台財關字第1051013615號令修正發布第6條條文；並增訂第5-1條條文
7.中華民國107年9月3日財政部台財關字第1071019516號令修正發布第 2、4～6、15、16、18條條文；刪除第7、17條條文
8.中華民國114年5月29日財政部台財關字第1141013915號令修正發布第4條、第11條、第18條條文
9.中華民國115年9月22日財政部台財關字第1151025414號令修正發布第4條條文