1.中華民國95年2月3日財政部台財關字第 09500023110  號令訂定發布全文 16 條；並自發布日施行
2.中華民國96年10月19日財政部台財關字第 09600424290  號令修正發布第 2、4、8、14、16  條條文；並增訂第 4-1、4-2 條條文；除第 4-1、4-2 條條文自96年3月23日施行外；其餘自發布日施行
3.中華民國100年2月24日財政部台財關字第 10005901130  號令修正發布第 2、15 條條文；刪除第 4-2、12 條條文
4.中華民國102年12月18日財政部台財關字第 1021028498 號令修正發布名稱及全文 18 條；並自發布日施行，但第7條條文自102年6月21日施行（原名稱：海關緝私條例第四十五條之一情節輕微認定標準；新名稱：海關緝私案件減免處罰標準)
5.中華民國103年12月23日財政部台財關字第 1031026724 號修正發布部分條文
6.中華民國105年10月6日財政部台財關字第 1051013615 號令修正發布第5條之1、第6條條文
7.中華民國107年9月3日財政部台財關字第 1071019516 號令修正發布部分條文
8.中華民國114年5月29日財政部台財關字第 1141013915 號令修正發布第4條、第11條、第18條條文