1.中華民國84年10月23日財政部關稅總局台總局保字第84108041號函訂定(中華民國84年10月10日財政部台財關第841728130號函准)
2.中華民國86年8月2日財政部關稅總局台總局保字第86106162號函修正(中華民國86年7月26日財政部台財關字第860392070號函准予備查)
3.中華民國91年6月3日財政部關稅總局台總政保字第91600719號函修正全文16點，名稱並修正為「保稅工廠輸入供加工外銷之大陸地區原物料與零組件、及供重整後全數外銷之大陸地區物品監管事項」（原名稱：保稅工廠專案許可間接輸入未公告開放大陸地區原料零組件監管要點）
4.中華民國93年4月13日財政部關稅總局台總局保字第0931005882號令修正第4、6、9點規定；並增訂第4-1點規定；並自93年5月3日起實施
5.中華民國94年6月24日財政部關稅總局台總局保字第09410127141號令修正第4點規定；並自94年6月24日起施行
6.中華民國96年11月23日財政部關稅總局台總局保字第0961022411號令修正第4、4-1、9點規定；並自即日生效
7.中華民國111年11月28日財政部關務署台關稽字第1111026186號令修正，名稱並修正為「保稅工廠輸入供加工外銷之大陸地區原物料與零組件及供重整後全數外銷之大陸地區物品監管事項」(原名稱：保稅工廠輸入供加工外銷之大陸地區原物料與零組件、及供重整後全數外銷之大陸地區物品監管事項)，並自即日生效
8.中華民國113年9月6日財政部關務署台關稽字第1131024287號令修正發布第3點、第4點及第17點規定，並自即日生效