1.中華民國90年12月30日財政部（90）台財關字第0900550915號令訂定發布全文17條；並自發布日起施行
2.中華民國91年8月20日財政部台財關字第0910550549號令修正發布第6、10、11條條文
3.中華民國92年11月25日財政部台財關字第0920550829號令修正發布第6、9、10、12條條文    
4.中華民國94年1月18日財政部台財關字第09405500030號令修正發布名稱及全文13條；並自發布日施行（原名稱：貨棧貨櫃集散站保稅倉庫及物流中心業者實施自主管理辦法）
5.中華民國94年4月14日財政部台財關字第09405501720號令修正發布第3、6、7、8條條文
6.中華民國95年4月21日財政部台財關字第09505501790號令修正發布第5條條文
7.中華民國98年12月17日財政部台財關字第09800577210號令修正發布全文13條；並自發布日施行
8.中華民國99年9月3日財政部台財關字第09905907460號令修正發布第5條條文；增訂第5-1條條文
9.中華民國101年10月17日財政部台財關字第10100666610號令修正發布第5條條文
10.中華民國102年2月27日財政部台財關字第1021004102號令修正發布第2、4、6、7、9及10條條文
11.中華民國105年10月4日財政部台財關字第1051020597號令修正發布第5及6條條文
12.中華民國107年11月6日財政部台財關字第1071024587號令修正發布部分條文
13.中華民國110年1月27日財政部台財關字第1101002321號令修正發布第5條
14.中華民國112年4月20日財政部台財關字第1121009112號令修正發布
15.中華民國113年5月28日財政部台財關字第1131014559號令修正發布