1.中華民國90年12月30日財政部（90）台財關字第 0900550915 號令訂定發布全文 17 條；並自發布日起施行
2.中華民國91年8月20日財政部台財關字第 0910550549 號令修正發布第 6、10、11  條條文
3.中華民國92年11月25日財政部台財關字第 0920550829 號令修正發布第 6、9、10、12 條條文    
4.中華民國94年1月18日財政部台財關字第 09405500030  號令修正發布名稱及全文 13 條；並自發布日施行（原名稱：貨棧貨櫃集散站保稅倉庫及物流中心業者實施自主管理辦法）
5.中華民國94年4月14日財政部台財關字第 09405501720  號令修正發布第 3、6、7、8 條條文
6.中華民國95年4月21日財政部台財關字第 09505501790  號令修正發布第 5  條條文
7.中華民國98年12月17日財政部台財關字第 09800577210  號令修正發布全文 13 條；並自發布日施行
8.中華民國99年9月3日財政部台財關字第 09905907460  號令修正發布第 5  條條文；增訂第 5-1  條條文
9.中華民國101年10月17日財政部台財關字第 10100666610  號令修正發布第 5  條條文
10.中華民國102年2月27日財政部台財關字第 1021004102 號令修正發布第2、4、6、7、9及10條條文
11.中華民國105年10月4日財政部台財關字第 1051020597 號令修正發布第5及6條條文
12.中華民國107年11月6日財政部台財關字第 1071024587 號令修正發布部分條文
13.中華民國110年1月27日財政部台財關字第1101002321號令修正發布第5條
14.中華民國112年4月20日財政部台財關字第1121009112號令修正發布