1.中華民國58年1月17日財政部（58）台財關字第 0557號令發布
2.中華民國59年10月29日財政部（59）台財關發字第 19880號令修正發布
3.中華民國62年6月22日財政部（62）台財關字第 16137號函修正發布
4.中華民國63年11月19日財政部（63）台財關字第 21019號令修正發布
5.中華民國65年10月16日財政部（65）台財關字第 21357號函修正發布
6.中華民國67年6月16日財政部（67）台財關字第 16444號令修正發布第 1、2、4、5、13、26 條條文；並增訂第 5-1、5-2、13-1、2、2-1 條條文
7.中華民國70年9月14日財政部（70）台財關字第 21073號令修正發布全文 31 條
8.中華民國73年9月14日財政部（73）台財關字第 21655號令修正發布第 6 條條文
9.中華民國74年6月18日財政部（74）台財關字第 17726號令修正發布
10. 中華民國76年5月5日財政部（76）台財關字第 7642611號令修正發布第 2、4-1、5、10、12、18、21、23、27條條文；並刪除第19、19-1～19-3 條條文
11. 中華民國80年11月8日財政部（80）台財關字第 800427991號令修正發布第 26、29、30、30-1 條條文
12. 中華民國82年11月17日財政部（82）台財關字第 821557062號令修正發布第 4-1、16、26、30-2 條條文
13. 中華民國84年5月5日財政部（84）台財關字第 840194094號令修正發布第 29 條條文；刪除第 16 條條文
14. 中華民國85年2月28日財政部（85）台財關字第 852012048號函修正發布第 6 條條文
15. 中華民國86年11月7日財政部（86）台財關字第 862003810號令修正發布第 3～6、10、12、13、17、20、21、23、25-1、30條條文；並刪除第 24 條條文
16. 中華民國87年5月13日財政部（87）台財關字第 870111061號令修正發布第 6、25-1 條條文
17. 中華民國87年9月8日財政部（87）台財關字第 870518511號令修正發布第 4-1、11、12、13、17、25-1 條條文
18. 中華民國87年9月6日關稅總局（87）台總局徵字第 87107105號函修正發布
19. 中華民國88年12月14日關稅總局（88）台總局徵字第 88108267號函修正發布
20. 中華民國88年12月21日關稅總局（88）台總局徵字第 88108463號函修正發布
21. 中華民國89年1月4日關稅總局（89）台總政徵字第 89600001號函修正發布
22. 中華民國90年4月30日財政部（90）台財關字第 0900550191號函修正發布全文 31 條
23. 中華民國90年12月30日財政部（90）台財關字第 0900550941號令修正發布名稱及全文 32 條（原名稱：海關管理貨櫃辦法）
24. 中華民國92年2月26日財政部台財關字第 0920550136 號函修正發布全文 32 條
25. 中華民國93年2月10日財政部台財關字第 0930550074號令修正發布第 12、14、15、19 條條文
26. 中華民國93年7月16日財政部台財關字第 09305503900號令修正發布全文 32 條；並自發布日施行
27. 中華民國96年1月19日財政部台財關字第 09605500060號令修正發布第 29 條條文；並刪除第 11 條條文
28. 中華民國98年10月19日財政部台財關字第 09805901300號令修正發布第 4、6 條條文
29. 中華民國99年10月6日財政部台財關字第 09905908300號令修正發布第 9、12、24、26、28、30、31 條條文
30. 中華民國100年7月25日財政部台財關字第 10005906400號令修正發布第 4、9 條條文
31. 中華民國102年8月16日財政部台財關字第 1021018443號令修正發布第 7、9、18、19、28 條條文
32. 中華民國103年6月6日財政部台財關字第1031012179號令修正發布第7條條文
33. 中華民國104年6月9日財政部台財關字第1041012594號令修正發布部分條文
34. 中華民國104年12月7日財政部台財關字第1041027471號令修正發布部分條文
35. 中華民國105年10月4日財政部台財關字第1051020597號令修正發布部分條文
36. 中華民國106年5月9日財政部台財關字第1061009398號令修正發布部分條文
37. 中華民國107年11月6日財政部台財關字第1071024589號令修正發布部分條文
38. 中華民國110年1月27日財政部台財關字第1101002321號令修正發布第7條之1
39. 中華民國111年2月9日財政部台財關字第1111003279號令修正部分條文
40. 中華民國112年4月19日財政部台財關字第1121008905號令修正部分條文