1.中華民國58年3月25日財政部（58）台財關發字第 3251 號令訂定發布
2.中華民國60年11月18日財政部（60）台財關字第 19663  號令修正發布
3.中華民國64年7月30日財政部（64）台財關字第 17529  號令修正發布全文 45 條
4.中華民國65年1月8日財政部（65）台財關字第 10285  號令修正發布第 13、14 條條文
5.中華民國66年9月6日財政部（66）台財關字第 19144  號令修正發布全文 55 條
6.中華民國67年10月12日財政部（67）台財關字第 20965  號令修正發布第 6、17、33、34、53  條條文；並增訂第 37-1 條條文
7.中華民國70年10月6日財政部（70）台財關字第 22149  號令修正發布全文 54 條
8.中華民國71年8月7日財政部（71）台財關字第 20220  號令修正發布第 4、15、29 條條文
9.中華民國72年10月6日財政部（72）台財關字第 25002  號令修正發布第 21、24-1、44、45、51 條條文
10. 中華民國75年7月22日財政部（75）台財關字第 7544678號令修正發布
11. 中華民國75年11月4日財政部（75）台財關字第 7572774  號令修正發布第 7  條條文
12. 中華民國78年3月17日財政部（78）台財關字第 780044561號令修正發布
13. 中華民國81年6月29日財政部（81）台財關字第 811719481號令修正發布
14. 中華民國84年9月25日財政部（84）台財關字第 841727312號令修正發布第 3～7、14、16、17、17-1、18、18-1、18-2、19、24～26、41、43、44、49、50、50-1 條條文
15. 中華民國85年7月11日財政部（85）台財關字第 852015039號令修正發布第 3、4、6-1、8、37 條條文
16. 中華民國90年12月30日財政部（90）台財關字第 0900550935號令修正發布名稱及全文 42 條（原名稱：報關行設置管理辦法）
17. 中華民國93年2月10日財政部台財關字第 0930550081 號令修正發布第 5、12、30、33、34、35、36、39、40  條條文        
18. 中華民國93年7月16日財政部台財關字第 09305503900  號令修正發布第 1、29、34～39 條條文
19. 中華民國95年1月19日財政部台財關字第 09400639400  號令修正發布第 6  條條文
20. 中華民國95年10月31日財政部台財關字第 09505505630  號令修正發布第 15 條條文
21. 中華民國97年6月13日財政部台財關字第 09705503000  號令修正發布第 4、11、17、34  條條文
22. 中華民國98年10月5日財政部台財關字第 09805900900  號令修正發布第 4、11  條條文
23. 中華民國99年8月12日財政部台財關字第 09905906560  號令修正發布第 36 條條文
24. 中華民國100年6月14日財政部台財關字第 10005904870  號令修正發布第 39 條條文
25. 中華民國102年8月16日財政部台財關字第 1021018415 號令修正發布第 3~6、11、15、17、24、25、32、33、35、37 條條文
26. 中華民國104年4月13日財政部台財關字第 1041007558 號令修正發布。
27. 中華民國106年3月10日財政部台財關字第 1061004727 號令修正發布。
28. 中華民國 107 年 8 月 21 日財政部台財關字第 10710185102 號令修正發布
29. 中華民國 107 年 11 月 2 日財政部台財關字第 10710156264 號令修正發布
30. 中華民國 108 年 5 月 8 日財政部台財關字第 10810092903 號令修正發布
31. 中華民國 110 年 3 月 29 日財政部台財關字第10910254243號令修正發布第8條、第21條、第41條
32. 中華民國 110 年 10 月 19 日財政部台財關字第1101027108號令修正發布
33. 中華民國 112 年 5 月 26 日財政部台財關字台財關字第1121012476號令修正發布部分條文；並自發布日施行，但第24條第1項，自發布後一個月施行