二、實施關稅配額之貨物，其配額由財政部委託臺灣銀行股份有限公司核配者 ，持有該公司核發之關稅配額證明書，始得適用配額內稅率。但國際協定另有規定者，從其規定。

三、進口人進口取得關稅配額證明書之貨物，報關時應依海關進口稅則（以下稱稅則）第九十八章申報稅則號別。但國際協定另有規定者，從其規定。

四、進口人進口取得關稅配額證明書之貨物，報關時應於進口報單「輸入許可 證號碼、項次」欄位申報關稅配額證明書之號碼、項次。

五、申報稅則第九十八章之貨物，不得以免審免驗（C1）方式通關。

六、申報適用WTO輸入關稅配額證明書之貨物，其通關作業如下：

(一)進口人傳輸之報關資料，經海關通關系統與核配機關(構)傳輸資料比對不符者，海關將以收單檔控管列為B類錯單。

(二)進口人應提供關稅配額證明書第二聯正本予海關查核，始得適用配額內稅率。海關查核後應即歸還進口人，無需於該聯背面之「輸入關稅配額通關進口紀錄」欄位核章。

(三)進口人未能即時檢具關稅配額證明書而能補正者，得申報納稅辦法代碼63，暫列一般稅則，按配額外稅率計算應納關稅之數額繳納保證金，申請先行驗放。於證明書有效期間屆滿前補辦手續者，應俟補正後於電腦檔鍵入正確證號、項次，並改列稅則第九十八章稅則號別；屆期未補辦者，依關稅法第十八條第三項沒入其保證金。

(四)繳納保證金待補正關稅配額證明書者，如有其他待決事項，海關應立即處理。並於進口人補正關稅配額證明書時儘速結案。

(五)放行後通關資料如有異動，通關單位應立即配合修正電腦檔資料。

(六)旅客攜帶、郵包寄遞貨物持憑關稅配額證明書申請按配額內稅率課徵關稅者，應繕具進口報單並鍵入電腦檔後，再辦理通關。

(七)依稅則第九十八章課徵關稅之貨物，海關電腦依下列方式將配額證明書核銷資料傳輸予核配機關（構）：

1、每日夜間傳輸當日放行貨物之資料及補正關稅配額證明書，經改列稅則第九十八章，並以保證金抵繳結案之案件資料。

2、傳輸前報單資料如有異動，傳輸最後異動資料。

3、傳輸後報單資料如有異動，將異動資料併同當時其他放行案件之核銷資料傳輸。核配機關（構）應自行區辨並據以更正前已接收之核銷資料。

七、進口人申報適用WTO以外之優惠貿易協定輸入關稅配額貨物之通關作業如下：

(一)與我國簽署優惠貿易協定之國家；其有關關稅配額部分，明定於海關進口稅則增註。

(二)進口報單「輸出入貨品分類號列」欄第二行應填報相關稅則章別與增註項目，增註項目如有適用不同之減稅稅率時，增註項目後加填代號。進口報單「輸入許可證號碼、項次」欄位填報「自由貿易協定輸入關稅配額證明書」號碼（前兩碼為締約國他方國別代號）。

(三)應於進口報單輸出入貨品分類號列附碼填報ＰＴ，並檢附原產地證明書，其號碼填報於進口報單「主管機關指定代號」欄，如不足十四位碼，應於該號碼之前各空格補填「0」，以補足十四位碼之規定，以免造成錯單。

(四)輸入關稅配額證明書之核銷控管，準用第六點規定。惟其關稅配額證明書非屬我國核配者，由關員以書面人工核銷。

    前項作業，國際協定另有規定者，從其規定。