一、為落實科學園區園區事業保稅貨品及帳冊之管理，特訂定本作業規定。
二、稽核關員依科學園區設置管理條例及其施行細則、科學園區保稅業務管理辦法等相關法令規定辦理稽核作業，其主要稽核事項如下：
(一)查核保稅機器、設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及其所產生之廢品、下腳、產製之成品、半製品與供貿易用之成品帳冊及按月彙報登記簿，是否依規定登載；抽查倉庫之庫存數與帳面結存數是否相符；抽查原料、半成品之領、退料單及成品存、出倉單之進出倉動態紀錄是否依規定辦理。
(二)審核產品單位用料清表、盤存統計表及年度結算報告表。
(三)抽查或複驗園區事業保稅業務人員是否依規定辦理自行點驗進出區及按月彙報業務。
(四)查核委外加工貨品進出廠（區）紀錄卡之填載情形及加工期限。必要時得赴區外加工廠商之加工處所查核。
(五)查核受託加工貨品進出廠（區）紀錄，其有添加保稅原料者，於加工品出區前，是否依規定造具產品單位用料清表送海關備查，並繕具報單辦理通關手續。
(六)查核保稅貨品出區放行單之驗印、序號、填報內容及是否誤列為非保稅貨品案件。
(七)查核運往區外修理、檢驗、測試及展示之保稅貨品出入廠（區）情形，及出區保稅貨品是否移作他用或依限運回。
(八)查核科學園區事業間保稅借料案件是否依規定向海關申報或於期限內核備，並依限歸還銷案登帳。
(九)會同有關單位監視銷毀案件，並查核副產品、廢品、下腳及次品報廢後有利用價值者，是否依規定繕具報單補稅或以預估報廢數量先行報關。
(十)查核經濟部未公告准許輸入大陸地區物品是否編列不同料號、區隔存放及單獨設帳，並依規定期限填具上月份使用清表報請海關備查。
(十一)查核憑領用數除帳保稅貨品領用紀錄及是否依規定期限保存；未使用之貨品是否繳庫登列保稅帳冊；除帳後輸往課稅區時仍屬有利用價值且能變價者，是否按出廠型態繕具報單補稅。
(十二)查核受託維修產品是否設置專用帳冊、專區存放；使用保稅原料維修者，是否於出口（廠）前，向海關申報裝卸之保稅原料、零組件對照清表備查。
(十三)其他保稅業務。
三、稽核作業程序如下：
(一)稽核單位主管或稽核關員依稽核預定表，填具「科學園區園區事業稽核報告表」（如附件一），並勾選稽核項目，實地或遠端查核業者是否依有關法令規定辦理，並將查核結果詳實填列於該稽核報告表陳報上級主管核閱。
(二)稽核關員之直屬主管不定期督導考核，並繕具督導報告陳核。
(三)稽核關員執行稽核作業，如發現有異常或缺失情形，應填具「稽核科學園區園區事業不符事項通知單」（如附件二）一式三份，由園區事業簽認後，其中二份分別交由園區事業及其保稅業務人員（專職人員）收執，並限期改善及列管追蹤，另一份附於「科學園區園區事業稽核報告表」陳核。
(四)原則上各園區事業，每二個月稽核一次。但與海關簽訂策略聯盟、經海關認證為安全認證優質企業、研發及無營運狀態之園區事業，得依風險管理，視實際業務需要調整之。
(五)「科學園區園區事業稽核報告表」及「稽核科學園區園區事業不符事項通知單」應依海關監管編號依序編號存檔備查。
四、稽核關員發現違反科學園區設置管理條例及相關法規規定案件時，應陳報主管，依法論處。
五、稽核關員赴園區事業辦理稽核作業，以海關正常上班時間為原則。但情況特殊經稽核單位主管核准者不在此限。