一、在我國境內無固定營業場所之外國營利事業委託國內自由港區事業代為從事貨物輸入、製造加工、儲存並交付與國內外客戶所產生之所得，係屬所得稅法第8條第9款在中華民國境內經營工商之盈餘，除符合自由貿易港區設置管理條例第29條第1項規定免徵營利事業所得稅外，自由港區事業核屬該外國營利事業之營業代理人，應就其代理業務範圍內之中華民國來源所得，依同法第21條及第41條規定設置帳簿，並依規定給與、取具及保存相關憑證，核實計算該外國營利事業在我國境內之所得額，並依同法第73條第2項規定代為申報繳納營利事業所得稅。
二、自由港區事業無法提示上開帳簿文據者，依所得稅法第83條規定，稽徵機關得依查得之資料核定該外國營利事業之中華民國來源所得額，或依該外國營利事業適用稅務行業標準代號之同業利潤標準核定境內、外整段交易流程之總利潤，再依發生在我國境內之交易流程對總利潤之貢獻程度，計算其中華民國來源所得；該外國營利事業在我國境內、外之交易流程對總利潤之貢獻程度之成本費用分攤計算困難者，稽徵機關得按下列規定計算在我國境內交易流程對總利潤之貢獻程度：
(一) 在我國境內從事貨物輸入、儲存及交付之交易流程者，貢獻程度為12%。
(二) 在我國境內除從事貨物輸入、儲存及交付外，尚進行製造加工行為者，貢獻程度＝12%＋境內製造加工之成本費用／境內、外製造加工全部成本費用。但貢獻程度以不超過100%為限。
(三) 境內製造加工之成本費用，包括境內購買原物料與委託加工之相關成本費用；境內、外製造加工全部成本費用，以境內製造加工之成本費用及國外貨物之進口報單價格合計數認定之。
(四) 國外貨物進口報單價格如顯較時價為高，有規避或減少納稅義務之情事者，稽徵機關得依查得資料或參考相同或類似進口貨物之進口報單完稅價格核定之。
(財政部107年4月17日台財稅字第10600664060號令廢止本令)