主旨：有關「具宗教性質之醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之私立慈善救濟事業認定基準」（以下簡稱本基準）發布後，本部98年4月9日台財稅字第09804526600號函及同年6月3日台財稅字第09800222060號函應否停止適用，及具宗教性質之醫療財團法人申報減免房屋稅時限疑義乙案。說明：二、旨揭本部98年2函規定之醫療財團法人醫院，其房屋稅自102年期起應依本基準之規定認定是否屬房屋稅條例（以下簡稱本條例）第15條第1項第2款所稱「業經立案之私立慈善救濟事業」，至其101年期（含）以前房屋稅之徵免，仍依該2函規定辦理，爰該2函暫不宜停止適用。三、查行政院衛生署（編者註：現為衛生福利部）102年2月18日衛署醫字第1020269037號函請具宗教性質之醫療財團法人，於102年3月31日前提報100年度辦理醫療救濟及慈善救濟之具體執行績效報告書送該署審查；如尚未依該署公告之範例變更法人名稱、修訂捐助章程及訂定董事會（與監察人）之組織及議事章則，請於102年5月31日前完成。次查醫療法第34條第2項規定：「醫療法人應於年度終了5個月內，向中央主管機關申報經董事會通過及監察人承認之年度財務報告。」據上，具宗教性質之醫療財團法人房屋稅，102年期係自102年5月31日之次日起、103年期係自103年5月31日之次日起（以後年度依此類推），該法人得以掌握所屬醫院各該年期是否符合本基準規定。爰自102年期起，具宗教性質之醫療財團法人依本條例第15條第3項規定，申報當地主管稽徵機關調查核定其所屬醫院當年期房屋稅按同條第1項第2款規定免徵之時限，為當年6月1日起算30日，即當年6月30日止（以後年度依此類推）；於當年6月30日以前申報，且經當地主管稽徵機關調查核定免徵者，其當年期房屋稅全期免徵。四、為確保納稅義務人權益及便民服務，請通知並加強輔導貴轄區內具宗教性質之醫療財團法人，依上開時限申報減免房屋稅。
(財政部113年6月27日台財稅字第11300568910號令修正本函)