一、 在中華民國境內無固定營業場所而有代理人之外國國際運輸事業，其所屬船舶載運進口貨物來臺卸貨，由船務代理業者代其支付港灣、棧埠等費用，取得以該代理業者名義之進項稅額憑證，並按本部96年1月17日台財稅字第09604504340號函規定申報扣抵銷項稅額者，該代理業者申報上開進項稅額扣抵而產生之溢付稅額，准依加值型及非加值型營業稅法第39條第2項但書規定，由主管稽徵機關查明後核實退還。
二、為簡化手續，此類案件授權主管稽徵機關查明辦理，毋須逐案報經本部核准。