改良土地費用之減除，依土地稅法施行細則第51條第2項規定，應由土地所有權人於土地增值稅繳納期限屆滿前，檢附改良土地費用證明書向主管稽徵機關提出申請。至依企業併購法第34條(編者註:現為第39條)第1項第5款規定核准記存土地增值稅案件，稽徵機關既依上開注意事項（編者註：企業或金融機構因併購移轉土地申請記存土地增值稅案件審查管制注意事項伍、五）規定，於土地再移轉時，重訂原記存稅款繳款書之繳納期間發單，當事人如於重訂繳納期間屆滿前，檢附證明文件提出申請核減改良土地費用，依上開細則規定，稽徵機關應准予辦理。(依105.10.26台財稅字第10504038380號令修正)