進口貨物違反海關緝私條例之規定，該貨物收貨人或持有人，其營業稅之徵免與處罰依左列原則辦理：（一）依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第9條規定進口免徵營業稅之貨物，於進口時依法既可免徵營業稅，不論有否涉嫌違反海關緝私條例，並不發生補徵營業稅與處罰之問題。（二）進口不屬營業稅法第9條規定免徵營業稅之貨物，經查獲涉嫌違反海關緝私條例者，依下列事實分別認定處分之：1.依照海關緝私條例第36條第3項、第37條、第38條、第39條及第43條之規定，處分沒入貨物或處以罰鍰併沒入貨物之案件，其貨物既予沒入，無須依營業稅法第51條規定補稅處罰。2.依照海關緝私條例第37條、第39條第2項及第43條規定，未經沒入僅處以漏稅罰鍰之案件，應按營業稅法第51條第1項第7款規定，追繳稅款並按所漏稅額處5倍以下罰鍰。3.進口免徵關稅之貨物，除關稅法第49條規定者外，其應課徵營業稅者，如有短漏報而發生逃漏營業稅情事，應依營業稅法第51條第1項第7款規定補稅處罰。(財政部110年10月26日台財稅字第11004647130號令修正本令，增列海關緝私條例第39條之1文字)