一、為落實海關複驗作業，以提升查驗品質，發揮內部稽核功能，特訂定本作業要點。
二、各關機動稽核（儀檢）組機動巡查課應本於職權執行複驗作業，並通知各關政風室視人力狀況派員配合辦理。
三、各關機動稽核（儀檢）組機動巡查課應不定期利用海關電腦系統篩選特定貨櫃貨物辦理複驗。但必要時主管人員亦得參酌情資或財政部關務署於海關電腦系統建置相關資料，指定特定貨櫃貨物，辦理複驗。
四、各關機動稽核（儀檢）組機動巡查課應通知原查驗單位，並會同納稅義務人或報關業者至貨櫃貨物卸存處所辦理複驗；必要時機動稽核（儀檢）組機動巡查課得指定其他適當處所進行複驗。
船（機）邊驗放之貨櫃貨物，或依貨物屬性、運輸或保存方式而認不宜重複開驗之貨櫃貨物，得由各關機動稽核（儀檢）組機動巡查課及驗貨關員辦理會驗，以代複驗。
五、複驗作業應先就派驗報單主管或其指定人員批示查驗重點及開箱件數進行抽驗，確認驗貨關員是否依規定辦理查驗，再就派驗報單主管或其指定人員批示查驗範圍以外部分進行抽驗。
執行複驗發現驗貨關員有查驗不實情形時，應就其所查驗部分全部開驗。
六、複驗發現實到貨物與報單申報不符時，應依複驗結果更正報單，並由在場會同查驗納稅義務人或報關業者簽署承認查驗結果後，移送原通關單位核處。
七、複驗作業過程應詳實記錄或拍照、錄影存證，作為釐清驗貨關員責任依據。