一、 公司適用廢止前促進產業升級條例第8條或第9條規定新興重要策略性產業租稅優惠，依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第2條及第3條或新興重要策略性產業屬於農業部分獎勵辦法第2條規定，以研究與發展支出金額或研究與發展支出占投資計畫實收資本額之比率為適用要件者，於99年1月1日以後，適用新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第4條第2項或新興重要策略性產業屬於農業部分獎勵辦法第3條第2項規定時，其研究與發展支出，仍應以稅捐稽徵機關依廢止前促進產業升級條例第6條第4項訂定公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法核定之研究與發展支出金額為準；其選擇適用廢止前促進產業升級條例第9條規定免徵營利事業所得稅租稅獎勵者，於99年1月1日以後，適用新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第8點及第17點規定免稅所得計算公式時，其研究與發展支出，亦同。

二、 公司依廢止前促進產業升級條例第6條規定以98年度及以前年度營利事業所得稅結算申報經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之該條第1項及第2項規定支出投資抵減稅額及依產業創新條例第10條規定之研究發展支出投資抵減稅額，抵減99年度及以後年度之營利事業所得稅額時，應先依產業創新條例第10條規定抵減當年度研究發展支出投資抵減稅額，如仍有應納稅額尚未抵減，再依廢止前促進產業升級條例第6條規定抵減前開經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之投資抵減稅額。前開抵減總金額以當年度應納營利事業所得稅額之50%為限，但廢止前促進產業升級條例第6條規定之最後年度抵減稅額，不在此限。

三、 公司採特殊會計年度，於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時，應就屬於98年及99年之支出分別適用廢止前促進產業升級條例第6條及公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法暨產業創新條例第10條及公司研究發展支出適用投資抵減辦法規定，其抵減限額，應以當年度應納營利事業所得稅額按50%及30%分別依公司適用廢止前促進產業升級條例及產業創新條例之期間占全年度之比例加權平均計算之。