綜合所得稅納稅義務人已辦理結算申報而有短漏報所得，或未依法辦理結算申報、或與其配偶分開申報，惟不符合「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」規定之案件，其漏稅額計算公式如下：
一、納稅義務人已辦理結算申報而有短漏報所得案件
(一) 核定補（退）稅後查獲者：
１、(１) 核定按合併計稅時：
｛〔核定所得總額－（免稅額＋扣除額）〕×稅率－累進差額｝－抵稅額＝全部應納稅額
(２) 核定按薪資所得分開計稅時：
｛〔核定薪資分開計稅者之薪資所得額－（薪資分開計稅者之免稅額＋薪資分開計稅者之薪資所得特別扣除額）〕×稅率－累進差額｝＋｛〔核定不含薪資分開計稅者之所得總額－（不含薪資分開計稅者之免稅額＋不含薪資分開計稅者薪資所得特別扣除額之各項扣除額）〕×稅率－累進差額｝－抵稅額＝全部應納稅額
(３) 核定按各類所得分開計稅時：
｛〔核定各類所得分開計稅者之所得額－（各類所得分開計稅者之免稅額＋各類所得分開計稅者之財產交易損失特別扣除額＋各類所得分開計稅者之薪資所得特別扣除額＋各類所得分開計稅者之儲蓄投資特別扣除額＋各類所得分開計稅者之身心障礙特別扣除額）〕×稅率－累進差額｝＋｛〔核定不含各類所得分開計稅者之所得總額－（不含各類所得分開計稅者之免稅額＋不含各類所得分開計稅者已減除之各項扣除額）〕×稅率－累進差額｝－抵稅額＝全部應納稅額
２、(１) 申報採合併計稅時：
｛〔申報所得額＋核定應稅免罰所得額－（免稅額＋扣除額）〕×稅率－累進差額｝－抵稅額＝申報及核定應稅免罰部分應納稅額
(２) 申報採薪資所得分開計稅時：
｛〔申報薪資分開計稅者之薪資所得額－（薪資分開計稅者之免稅額＋薪資分開計稅者之薪資所得特別扣除額）〕×稅率－累進差額｝＋｛〔申報不含薪資分開計稅者之所得總額＋核定應稅免罰所得額－（不含薪資分開計稅者之免稅額＋不含薪資分開計稅者薪資所得特別扣除額之各項扣除額）〕×稅率－累進差額｝－抵稅額＝申報及核定應稅免罰部分應納稅額
(３) 申報採各類所得分開計稅時：
｛〔申報各類所得分開計稅者之所得額－（各類所得分開計稅者之免稅額＋各類所得分開計稅者之財產交易損失特別扣除額＋各類所得分開計稅者之薪資所得特別扣除額＋各類所得分開計稅者之儲蓄投資特別扣除額＋各類所得分開計稅者之身心障礙特別扣除額）〕×稅率－累進差額｝＋｛〔申報不含各類所得分開計稅者之所得總額＋核定應稅免罰所得額－（不含各類所得分開計稅者之免稅額＋不含各類所得分開計稅者已減除之各項扣除額）〕×稅率－累進差額｝－抵稅額＝申報及核定應稅免罰部分應納稅額
３、全部應納稅額－申報及核定應稅免罰部分應納稅額－短漏報所得額之扣繳稅額及可扣抵稅額－申報部分經核定之退稅款（不分已否退還）＝漏稅額
(二) 核定補（退）稅前查獲者：
１、全部應納稅額之計算公式與一(一)１、相同。
２、申報及核定應稅免罰部分應納稅額之計算公式與(一)２、相同。
３、(１) 申報及核定應稅免罰部分應納稅額＞（全部扣繳稅額及可扣抵稅額＋結算自繳稅額）時：
全部應納稅額－申報及核定應稅免罰部分應納稅額＝漏稅額
(２) 申報及核定應稅免罰部分應納稅額＜（全部扣繳稅額及可扣抵稅額＋結算自繳稅額）時：
全部應納稅額－（全部扣繳稅額及可扣抵稅額＋結算自繳稅額）＝漏稅額
二、未依法辦理結算申報案件
１、全部應納稅額之計算公式與一(一)１、相同。
２、｛〔核定應稅免罰所得額－(免稅額＋扣除額）〕×稅率－累進差額｝－抵稅額＝核定應稅免罰部分應納稅額
３、全部應納稅額－核定應稅免罰部分應納稅額－全部扣繳稅額及可扣抵稅額＝漏稅額
三、納稅義務人與其配偶分開申報案件
１、全部應納稅額之計算公式與一(一)１、相同。
２、全部應納稅額－納稅義務人申報部分應納稅額－配偶申報部分應納稅額－申報部分經核定之退稅款（不分已否退還）＝漏稅額
(財政部110年3月9日台財稅字第11004533000號令廢止本函)