主旨：關於未向經濟部辦理分公司登記之公司分支機構涉有違章，可否由總機構所在地稽徵機關以總公司違章處理乙案，應視其違章稅目而定。說明：二、按所得稅法施行細則第49條第2項前段規定，營利事業之總機構在中華民國境內，並在中華民國境內設有其他固定營業場所者，應由該營利事業之總機構向其申報時登記地之稽徵機關合併辦理申報。據此，公司組織之營利事業結算申報如有涉及短漏報所得額之違章情事，無論其係因總公司、分公司或其他分支機構之行為所致，均應由總機構所在地之主管稽徵機關辦理。三、惟未向經濟部辦理分公司登記之公司分支機構，如涉及營業稅之違章時，依營業稅法第28條及第38條第1項規定，營業人之總機構及其他固定營業場所，應分別向所在地主管稽徵機關申請營業登記，並按期申報銷售額、應納或溢付營業稅額，即營業人之固定營業場所為營業稅法規範之申報納稅主體。另本部75/09/16台財稅第7564122號函規定公司組織之營利事業，在各縣、市設立之營業場所，如未經主管機關核准登記，而有對外營業者，應由主管稽徵機關賦與營利事業統一編號，並設籍課稅。故未向經濟部辦理分公司登記之公司分支機構如涉有營業稅違章時，應以其實際發生違章行為之總機構或分支機構為處罰對象，而非以未辦登記營業人負責人個人為處罰對象。惟該分支機構未辦登記擅自營業之行為，如實際行為人或總公司之一方不承認其為分支機構，且經稽徵機關查獲有關事證，證明該擅自營業行為與總公司無涉者，應以實際行為人為裁罰對象。