稽徵機關依據財稅資料中心產出之「營業人取得虛設行號進項憑證歸戶清單」資料或其他方式，查獲營利事業使用虛設行號開立之統一發票或偽造、變造之統一發票申報扣抵（或退還）營業稅者，除逃漏營業稅部分之漏稅罰、行為罰或刑事罰，應依刑法、營業稅法及稅捐稽徵法之規定辦理外，有關營利事業所得稅部分，並應依左列規定辦理：(一)經查無進貨事實而係虛增成本者，應依所得稅法第110條及稅捐稽徵法第41條之規定辦理。(二)經查有進貨事實者，應依所得稅法第27條規定，按當年度當地該項貨品之最低價格核定其進貨成本。依稅捐稽徵法第44條規定，以未依規定取得憑證論處；其知情者並應依稅捐稽徵法第41條或第43條規定辦理。(三)當年度營利事業所得稅結算申報案件，一律查帳核定。(四)其前3年度申報案件，如係書面審核（查）核定者，得一併調帳查核。(五)其申請使用藍色申報書者，應依營利事業所得稅藍色申報書實施辦法第7條第3款及第5款之規定辦理。(六)不得享受所得稅法第39條有關盈虧互抵之待遇。(七)營利事業若有進貨事實主張不知情者，應就其事實負舉證責任，如經稽徵機關查明屬實者，得免依前項(四)、(五)、(六) 3款之規定辦理。（編者註：依95/02/05施行之行政罰法第26條規定，行政罰與刑事罰競合時應採刑事優先原則。）