營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務者，應依法課徵營業稅。又依同法第3條第2項但書及同法施行細則第6條規定，藥師（藥劑生）提供之專業性勞務非屬營業稅課稅範圍。有關藥師、藥劑生親自主持之藥局，其營業稅之徵免規定：（一）藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，免辦營業登記，免課徵營業稅；惟應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。（二）藥局除經營藥品調劑、供應業務外，如兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理營業登記，其屬經營藥品調劑、供應業務之收入，應核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅；其屬銷售藥品或其他貨物之收入，應依法課徵營業稅及營利事業所得稅。（三）藥局專營或兼營藥品調劑、供應業務，依前開規定免徵營業稅者，應保存醫師處方箋及帳載等相關證明文件與資料，以供稽徵機關查核，否則，仍應依法課徵營業稅及營利事業所得稅。