二、修正後促進產業升級條例第11條規定，中華民國國民以自己之創作或發明，依法取得之專利權，提供或出售予中華民國境內公司使用，經目的事業主管機關核准者，其提供該公司使用所得之權利金，或售予該公司使用所得之收入，免予計入綜合所得額課稅之比例，由修正前（第9條）之全部修正為50%，依其修法說明，係因專利權價款難以評定，全部免稅之規定造成公司支付之權利金得列為費用，而個人所得亦免稅，易滋生企業虛增專利權價款而形成逃漏稅之流弊，故修正為權利金所得或收入之50%免予計入綜合所得額課稅，以兼顧租稅公平及對專利權之獎勵。三、個人適用上開條例免稅，須依該條例施行細則第23條及第24條（修正前細則為第24條及第25條）規定辦理，即需先取得目的事業主管機關核發有關被授權使用或購買該專利權之中華民國境內公司確實需用該專利權於生產、研究發展等之證明文件；至其因而取得之收入免予計入綜合所得額課稅乙節，係向戶籍所在地稽徵機關洽辦，由該稽徵機關依法審酌實體要件本其職權據予准駁。四、前揭條例施行細則對於所得人按專利權授權使用年限逐年取得權利金案件，應如何向稽徵機關申請免予計入綜合所得額課稅則未規範，惟配合綜合所得稅採現金收付原則，納稅義務人於授權契約簽訂後即申辦之案件，本部臺灣省南區國稅局係函請申請人俟收入實際取得時再行申請，俾依前揭條例施行細則相關規定本旨，於所得人實際取得收入年度，就被授權使用專利權之公司所營事業與授權使用專利權之內容是否相關、該專利權是否確由被授權公司用以供該公司生產、研究發展或提供勞務所需，或委託其他公司生產使用，以及專利權之價款是否符合客觀公正之市場行情等情形，依個案情形予以審核，俟審核完竣再據以核定納稅義務人免予計入綜合所得額課稅之金額。納稅義務人尚不得以業取得目的事業主管機關核發之證明函為由，逕自主張其申請案已完全符合免稅要件。五、又是類案件之專利權授權契約所定授權使用期間跨越88年促進產業升級條例修正前後者，所得人分期逐年取得之權利金究係全部或僅50%免予計入綜合所得額課稅，係依照所得人於依法取得目的事業主管機關核發之證明文件後首次向稽徵機關申請時之促進產業升級條例規定辦理。