主旨：科學工業新投資創立或增資擴展，可否同時依科學工業園區設置管理條例（以下簡稱科管條例）第15條及促進產業升級條例（以下簡稱產升條例）第8條規定，適用免徵營利事業所得稅及股東投資抵減之優惠乙案，請依說明之原則辦理。說明：一、本案前經本部參酌行政院經濟建設委員會、法務部、經濟部等有關部會意見，並就該二項規定之立法意旨等審慎考量結果，認為科學工業僅能就科管條例第15條與產升條例第8條擇一適用，該項結論並經本部陳報行政院轉立法院有案，有關科學工業租稅優惠，當依上述結論辦理，亦即促進產業升級條例於84年1月29日修正生效前，科學園區內之科學工業經依該條例第8條規定核准為重要科技事業者，可就科學園區設置管理條例第15條（5、4年免稅）及促進產業升級條例第8條（股東投資抵減）同時併用；修正生效後，則僅能擇一適用。二、產升條例修正生效前後過渡期間新投資創立或增資擴展之案件，基於法律信賴原則及中央法規標準法第18條從優從新原則考量，原則上以向科學園區管理局申請認定為重要科技事業之申請日期為準，凡科學工業新投資創立或增資擴展，於產升條例修正生效前，已向事業主管機關申請認定為重要科技事業者，均得同時適用科管條例第15條及產升條例第8條之優惠，但上開已於產升條例修正生效前，向事業主管機關申請認定為重要科技事業，如已依行政院84年5月18日台84經17635號函規定，選擇適用免徵營利事業所得稅之優惠者，為避免重複享受獎勵，仍不得同時適用產升條例第8條之租稅優惠。三、科學工業新投資創立或增資擴展計畫，已於84年1月29日產升條例修正生效前，申請認定為重要科技事業，因投資計畫龐大，採分期實施，致部分計畫在上開條例修正生效後實施者，該跨期實施部分，基於法律信賴考量及避免影響大部分既已核准為重要科技事業之科學工業之權益，可同時適用上開二項租稅優惠。