一、公司變更會計年度，其營利事業所得稅結算申報研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減稅額之計算，依修正發布之「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」第5條第2項及第6條第2項規定，所稱前2年度（即前連續2課稅年度）研發（或人才培訓）經費平均數，係指申報抵減年度前連續24個月，經稅捐稽徵機關核定准予適用投資抵減之研究與發展（或人才培訓）支出金額之平均數。茲舉例說明，甲公司會計年度原採4月制，88年4月變更為曆年制，該公司於辦理89年度營利事業所得稅結算申報時，其研究發展（或人才培訓）支出前2年度經費平均數之計算，應以86年度（至計12個月）核定數，乘以月份期間（3個月）比例占全年（12個月）比例（即4分之1），加上87年度（至計12個月）核定數及88年度（至同年計9個月）核定數之合計數，再除以2得之。二、至公司88會計年度採特殊會計年度（會計期間跨越88年及89年），申報當（88）年度研究與發展或人才培訓支出適用投資抵減時，因涉及前開89年修正前後投資抵減辦法適用期間，其適用投資抵減之門檻金額（其中研究發展部分，非以達營利事業收入淨額2%以上之方式計算者）及抵減稅額之計算，應依下列方式辦理：（一）當年度適用投資抵減之門檻金額，應以88年及89年各該年適用之投資抵減辦法規定之門檻金額，分別乘以所屬月份占全年度比例之合計金額為準。（二）當年度投資抵減稅額，應以全年度核定支出金額乘以各該年適用之抵減率及所屬月份占全年比例之合計數，作為核算基礎。如當年度支出核定數超過前2年度核定准予適用投資抵減之支出平均數者，其超過部分另應乘以25%抵減率及89年所屬月份占全年之比例，併同上述合計數，核算其投資抵減稅額。