我國兩稅合一制雖自87年1月1日起實施，惟依所得稅法第66條之3規定，應計入營利事業股東可扣抵稅額帳戶之金額，以屬87年度或以後年度營利事業所得稅結算申報應納稅額、核定補徵稅額及未分配盈餘加徵之稅額等為限；同條第3項規定，營利事業繳納屬86年度或以前年度之營利事業所得稅額，不得計入股東可扣抵稅額帳戶。另依同法第3條之1規定，營利事業繳納屬87年度或以後年度營利事業所得稅，始有併同87年度或以後年度之盈餘，分配予股東，扣抵股東應納綜合所得稅之適用。會計年度非採曆年制之營利事業，其於87年但非屬87會計年度期間之營利事業所得稅額，不得計入其股東可扣抵稅額帳戶。
(財政部110年11月8日台財稅字第11004624180號令廢止本函)