法院拍賣農業用地，其情形不同於一般買賣，依法申請不課徵土地增值稅相關之程序亦有不同，故本部於89年8月1日以台財稅第0890454858號函釋，對於當事人檢附有效之農業用地作農業使用證明書，在主管稽徵機關依法通知之次日起30日內，仍在有效期間者，仍可適用土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅在案，上述所稱「當事人」，並未排除新所有權人（拍定人），又如拍定人於拍賣並辦竣所有權移轉登記後，始向農業單位申請核發農業用地作農業使用證明書，所核發之證明書上之土地所有權人自應記載為新所有權人（拍定人），其與上函規定並不相違。