南部科學工業園區管理局為隸屬行政院國家科學委員會之行政機關，編列單位預算，所書立應負納稅義務之各種憑證，可依印花稅法第6條第1款規定免納印花稅。惟依據行政院81年8月4日台（81）忠授六字第8766號函規定：「各機關所屬非營業循環基金辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，應依印花稅法第7條規定貼用印花稅票。」經查預算法民國87年10月29日修正前原條文第4條第2款第4目規定之「非營業循環基金」與現行預算法第4條第1項第2款第4目規定之「作業基金」，同指「凡經付出仍可收回，而非用於營業者。」故現行各機關所屬作業基金之性質與上開函釋規定之非營業循環基金相同，其有辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，仍應依規定貼用印花稅票。至如有書立其他印花稅應稅憑證，亦應援例辦理。