一、為落實科技產業園區區內事業保稅貨品及帳冊之管理，特訂定本作業規定。
二、稽核關員依科技產業園區設置管理條例與其施行細則、科技產業園區保稅業務管理辦法及科技產業園區區內事業之廢品下腳處理辦法等相關法令規定辦理稽核作業，其主要稽核事項如下：
(一)查核保稅原料、物（燃）料、成品、自用機器設備、轉運用貨品帳冊及按月彙報登記簿，是否依規定登載；抽查倉庫之庫存數與帳面結存數是否相符；抽查原料、半成品之領、退料單及成品存、出倉單之進出倉動態紀錄是否依規定辦理。
(二)審核產品單位用料清表、盤存統計表及年度結算報告表。
(三)抽查或複驗區內事業保稅業務人員是否依規定辦理自行點驗進出區（廠）及按月彙報業務。
(四)查核委託加工貨品出進廠紀錄卡之填載情形及加工期限。必要時得赴區外加工廠商之加工處所查核。
(五)查核受託加工、修理、檢驗、測試及展示貨品進出廠紀錄卡填載情形；受託加工、修理、檢驗及測試案件，其有添加保稅原料、物料者，於貨品出區前，是否依規定造具用料清表送海關備查，並繕具報單辦理通關手續。
(六)查核保稅貨品出區（廠）放行單之驗印、序號、填報內容及是否誤列為非保稅貨品案件。
(七)查核運往區外修理、檢驗、測試及展示之保稅貨品出入區(廠）情形，及出區保稅貨品是否移作他用或依限運回。
(八)查核區內事業間保稅借料案件是否依規定於期限內向海關申報，並依限歸還銷案。
(九)會同有關單位監視銷毀，並抽核是否與報廢清冊相符；查核經監毀或免監毀案件，其保稅之廢品及下腳經銷毀後能變價者，是否依規定繕具報單補稅。
(十)查核經濟部未公告准許輸入大陸地區物品是否編列不同料號、區隔存放及單獨設帳，並依規定期限填具使用清表向海關報核。
(十一)查核憑領用數除帳保稅貨品領用紀錄及是否依規定期限保存；未於合理期間使用之貨品是否繳庫登列保稅帳冊；除帳後輸往課稅區時仍屬有利用價值且能變價者，是否按出廠型態繕具報單補稅。
(十二)其他保稅業務。
三、稽核作業程序如下：
(一)稽核單位主管或其指定人員指派稽核關員，並於「科技產業園區區內事業稽核報告表」（如附件一）勾選稽核項目，實地或遠端查核業者是否依有關法令規定辦理，並將查核結果詳實填列於該稽核報告表陳報上級主管核閱。
(二)稽核關員之直屬主管不定期督導考核，並繕具督導報告陳核。
(三)稽核關員執行稽核作業，如發現有異常或缺失情形，應填具「稽核科技產業園區區內事業不符事項通知單」（如附件二）一式三份，由區內事業簽認後，其中二份分別交由區內事業及其保稅業務人員收執，並限期改善及列管追蹤，另一份附於「科技產業園區區內事業稽核報告表」陳核。
(四)原則上各區內事業，每月稽核一次。但與海關簽訂策略聯盟、經海關認證為安全認證優質企業或無保稅貨品之區內事業，得依風險管理機制，視實際業務需要調整。
(五)「科技產業園區區內事業稽核報告表」及「稽核科技產業園區區內事業不符事項通知單」應依海關監管編號依序編號存檔備查。
四、稽核關員發現違反科技產業園區設置管理條例及相關法規規定案件時，應陳報主管，依法論處。
五、稽核關員赴區內事業辦理稽核作業，以海關正常上班時間為原則。但情況特殊經稽核單位主管核准者不在此限。