一、本稽核作業規定依據海關管理保稅工廠辦法（以下簡稱管理辦法）第二十五條規定訂定之。
二、稽核關員依管理辦法及其相關注意事項、作業要點、監管要點等相關法令規定辦理稽核作業，其主要稽核事項如下：
(一)查核保稅工廠生產情形，原料與成品倉庫之存量，及保稅工廠之帳冊與表報。
(二)稽核保稅工廠產品單位用料清表及年度保稅原料結算報告表。
(三)查核保稅物品出廠放行單之驗印、編號及填報內容項目。
(四)審查廠外加工、出廠測試、檢驗、核樣、修理維護、展列、受託加工及提供維修服務之申請案件，查核貨品進出廠紀錄卡、登記
簿之填載情形及作業期限。
(五)查核未經經濟部公告准許間接輸入之大陸物品。
(六)查核按月彙報案件。
(七)監督銷毀保稅工廠之副產品及經專案核准銷毀之次品或呆料。
(八)辦理接管、年度、結束盤存。
(九)輔導新成立與經營管理欠佳須加強監管之保稅工廠。
(十)稽核逾二年之產品或次品、保稅原料。
(十一)稽核其他有關監督保稅工廠之保稅業務。
三、稽核作業程序如下：
(一)稽核關員或直屬主管填具「公差預定表」經奉保稅單位主管核可後赴廠稽核，並應將稽核結果繕具「保稅工廠稽核報告表」（如附件一），陳報上級主管核閱。
(二)稽核關員之直屬主管不定期赴廠督導考核，並繕具報告陳核。
(三)稽核單位應依風險管理、分級管理與實際業務需要調整稽核時間，派員赴保稅工廠查核。
(四)稽核關員執行稽核作業，如發現異常或缺失，應填具「稽核不符事項通知單」（如附件二）一式三份，由保稅工廠簽認後，其中二份分別交由保稅工廠及專責人員收執，應限期改善，並列管追蹤。另一份附於「保稅工廠稽核報告表」陳核。
(五)「保稅工廠稽核報告表」及「稽核不符事項通知單」應依序編號存檔備查。
(六)稽核關員隨時掌握保稅工廠營運狀況，如發現其他違章異常案件，立即簽報處理。
四、稽核關員發現違反管理辦法及其相關法規規定案件時，應陳報主管，依管理辦法之罰則論處。
五、稽核關員赴保稅工廠辦理稽核作業，以海關上班時間為原則。但情況特殊經稽核單位主管核准者不在此限。