一、復運進口案件原則上先核銷原出口報單再放行復運進口報單，並依下列方式辦理：
（一）在同一通關單位者，由復運進口分估單位向原出口單位調原出口報單核銷，並於辦理放行後將出口報單送回原出口單位。
（二）在不同通關單位者：
１、復運進口分估單位傳真復運進口報單（上面已註明原出口報單號碼）予原出口單位。
２、原出口單位調出原出口報單依職權審核復運進口報單所載貨品與原出口報單相符後，於原出口報單核銷註記後將原出口報單傳真復運進口分估單位。
３、復運進口分估單位辦理放行後將原出口報單核銷傳真本釘附於進口報單上。

二、下列案件免核銷原出口報單：
（一）保稅工廠、科技產業園區區內事業、科學園區園區事業及農業科技園區園區事業輸往國外之保稅貨物復運進口者，納稅義務人應申報原出口報單號碼、項次。 
（二）關稅法第五十三條、第五十七條規定之復運進口貨物，其完稅價格在新臺幣二千元以下者。

三、復運出口案件，得依貨物輸出人出口申報事項，先予放行；如認有查核原進口報單申報事項必要者，得以電腦調出原進口報單資料比對，再予放行；惟貨物輸出人應申報原進口報單號碼供核銷之用。案件放行後，並依下列方式辦理：
（一）在同一通關單位者，復運出口單位於放行後向原進口單位調原進口報單核銷，並於辦理核銷後將進口報單送回原進口單位辦理後續有關事項（如退稅、退押或解除授信機構保證等）。
（二）在不同通關單位者：
１、復運出口單位傳真復運出口報單（上面已註明原進口報單號碼）予原進口單位。
２、原進口單位調出原進口報單，依職權審核復運出口報單所載貨品與原進口報單相符後，於原進口報單核銷註記，並辦理後續有關事項（如退稅、退押或解除授信機構保證等）。
 

四、下列復運出口案件原則上免核銷原進口報單，惟應申報原進口報單號碼，供必要時查核之用；如涉及配額或高科技產品核發證明書等，應由出口單位於放行後通知原進口單位於原進口報單辦理核銷作業。
（一）復運出口案件(含國貨、外貨)，不涉及申辦沖退稅、退押或解除授信機構、政府有關機關及公營事業單位擔保等事項或非進口機器設備分期繳稅及免稅，經貨物輸出人具結保證如有不法願負一切法律責任者。
（二）保稅工廠、科技產業園區區內事業、科學園區園區事業及農業科技園區園區事業自國外輸入之保稅貨物復運出口者。
（三）依關稅法第五十二條規定進口之貨物復運出口，其完稅價格在新臺幣二千元以下者。
前項第一款貨物如未申報原進口報單號碼且不核銷原進口報單，應按一般出口貨物通關，依出口相關規定辦理，不得免收推廣貿易服務費。

五、復運進口核銷原出口報單作業或復運出口核銷原進口報單作業，得採行電腦核銷。