一、為辦理本部檢查內部控制實施狀況，並適時提供改善建議，以確保內部控制得以持續有效運作，特訂定本作業注意事項。
二、為執行內部稽核工作，成立本部內部稽核專案小組（以下簡稱專案小組），置召集人一人，由本部次長兼任；副召集人一人，由本部主任秘書兼任；執行秘書一人，由本部綜合規劃司司長兼任；小組委員除召集人、副召集人及執行秘書為當然委員外，其餘委員由本部各單位主管及所屬機關首長擔任，並由本部綜合規劃司擔任幕僚單位。
專案小組原則每年召開會議一次，確認內部稽核整體結果，必要時得召開臨時會議。會議由召集人擔任主席，召集人因故不能出席時，由副召集人代理。
三、專案小組下設稽核評估工作小組(以下簡稱工作小組)，由本部負責施政管考、人事考核、政風查核、政府採購稽核、事務管理工作檢核、資訊安全稽核及內部審核等稽核評估職能機關(單位)之綜合規劃司、人事處、政風處、採購稽核小組、秘書處、財政資訊中心及會計處指派科長級以上同仁擔任工作小組成員，執行部本部內部稽核工作，並視內部稽核項目需要，採取跨組成員或請相關業務機關(單位)派員協助審視部本部內部控制制度，以達稽核有效性。  
四、內部稽核作業主要工作項目如下：
 (一)內部控制制度評估作業：
1、綜整訂定年度自行評估計畫，簽報部長核定。
2、內部控制自行評估每年應至少辦理一次，分整體及作業兩層級進行評估，作業層級由內部控制幕僚單位主政，綜整作業層級自行評估表，作為評估整體層級控制作業要素之參據；整體層級由內部稽核幕僚單位主政。
3、辦理整體層級自行評估：由整體層級評估單位依佐證資料撰寫各判斷項目評估情形，復由主辦單位據以勾選各組成要素評估結果，再由內部稽核幕僚單位連同各評估單位內部控制重大缺失及其改善計畫，及「內部控制制度作業層級自行評估統計表」、「內部控制制度作業層級自行評估未符合項目一覽表」簽陳部長。
4、自行評估作業表件及相關佐證資料，自評估工作結束日起，至少保存五年。
(二)辦理內部稽核工作：擬定稽核計畫、蒐集稽核佐證資料、撰寫稽核紀錄等事項。但各項稽核評估職能已依相關法令規定辦理稽核或評估者，得不重複納入稽核。
1、執行稽核工作前，依以下分類，擬定稽核計畫（參考格式如附件一）：
(1)年度稽核：每年度應至少辦理一次，每年應納入之稽核項目，除審計部中央政府總決算審核報告重要審核意見屬近三年內發生類同事項涉及內部控制缺失部分，次年經審計部列為仍待繼續改善事項之檢討改善情形外，並自內部控制制度中原則擇定至少三分之一作業項目進行稽核，以確認各項控制重點之有效性及合理性。
(2) 專案稽核：針對指定案件、異常事項或其他未及納入年度稽核之事項進行稽核。
2、內部稽核人員執行內部稽核工作，得檢查相關文件、資產，並詢問有關人員，受查單位應全力配合提供稽核所需資料並詳實答覆，內部稽核人員並應就稽核發現與受查單位充分溝通。
3、內部稽核人員應正確且完整記錄稽核情形並檢附佐證資料，作成稽核紀錄。（參考格式如附件二）。
4、年度及專案稽核均應作成內部稽核報告（參考格式如附件三），揭露稽核發現之優點、缺失、改善措施或具體興革建議等，簽報部長核定後送各受查單位，內部稽核報告應於稽核工作結束後二個月內完成。但得視情況調整期程。
5、內部稽核紀錄及相關佐證資料，得整理成冊、編列頁碼及製作封面（參考格式如附件四），連同稽核計畫及報告等相關資料，自稽核工作結束日起，至少保存五年。
(三)內部控制缺失事項及具體興革建議事項追蹤：
1、內部稽核幕僚單位應彙整下列內部控制缺失事項，送相關單位填報改善情形，並至少每半年將該等缺失事項改善情形及追蹤結果，作成追蹤改善表（參考格式如附件五）簽報部長核定。內部控制缺失應追蹤至改善完成為止，以確認相關單位已採取適當之改善措施。
(1)各機關辦理內部控制制度自行評估結果及內部稽核報告所列缺失。
(2)稽核評估職能單位依其主管法令規定辦理之稽核或評估所發現之缺失。
(3)截至當年度止監察院彈劾、糾正（舉）或提出其他調查意見之案件、審計部中央政府總決算審核報告重要審核意見、上級與權責機關督導等所列待改善事項。
(4)上次追蹤尚未改善完成之缺失。
2、內部稽核幕僚單位應彙整下列內部控制具體興革建議，並至少每半年追蹤相關單位之辦理情形(參考格式如附件六)，併同追蹤改善表簽報部長核定。具體興革建議應追蹤至相關單位評估其可行性，以決定是否採納該等建議或採行相關因應作為為止。
(1)各機關辦理內部控制制度自行評估結果及內部稽核報告所列建議。
(2)稽核評估職能單位依其主管法令規定辦理之稽核或評估所提建議。
(3)上次追蹤尚未辦理完成之建議。
五、本部稽核評估職能機關(單位)應對主管業務保持警覺，掌握可能涉有公帑損失、浪費等不法或不當情事，並即時簽報部長。
六、稽核評估結果發現可能有不法或不當情事時，應即簽報部長責請相關稽核評估職能機關(單位)人員進行查處。
七、執行內部稽核評估工作期間，如發現重大違失或機關有受重大損害之虞時，應即簽報部長；稽核資訊涉及隱私、機密、不法或不當行為，不宜揭露予所有報告收受者時，得另作成單獨報告。
八、本部所屬機關得審視業務之重要性及風險性，參照本作業注意事項自行訂定內部稽核作業規定，並將相關之規定、會議紀錄副知本部內部稽核幕僚單位；另內部稽核報告如涉各稽核評估職能事項者，應副知本部各稽核評估職能機關(單位)，各稽核評估職能機關(單位)應加強督導，並視所屬機關執行情形或重大缺失情節提專案小組會議報告。
九、本部財政人員訓練所應適時辦理作業講習，以加強落實執行內部稽核相關措施之觀念與所需知識。
十、本部及所屬機關內部稽核幕僚單位得視各單位主辦人員之辦理績效，研提獎懲建議。