一、為配合貨物通關自動化之作業特性，釐清海關與各主管機關間對貨物輸出入管理之作業權責，並使海關進出口通關作業能兼顧便民與防弊，達到快速通關之目的，特訂定本作業規定。
二、貨物運達我國口岸後，需辦理報關、納稅等手續，在處理過程中有可能處分沒入、責令退運或放行等不同情況，其中經海關放行進口者始進入國內市面。在海關放行進口流入國內前，尚在海關控管處理過程中，處於邊界未稅狀態，應由海關依據關稅法規及本作業規定處理。
三、各主管機關進出口貿易管理需由海關配合查核事項，以下列範圍為限：
（一）經經濟部國際貿易局傳輸具有出進口廠商資格之名單。
（二）列入中華民國海關進口稅則（暨）輸出入貨品分類表合訂本（簡稱合訂本）之貨品及輸出入規定：
１、經經濟部國際貿易局公告列入限制輸出（入）貨品表及海關協助查核輸出（入）貨品表合訂本（彙總表）者：
（１）列入限制輸出（入）貨品表應簽發輸出（入）許可證或應另行查核辦理之貨品及輸出入規定。
（２）列入海關協助查核輸出（入）貨品表，免辦簽證但應由海關核憑主管機關文件或應查核辦理後放行之貨品及輸出入規定。
２、不准輸入及經經濟部（國際貿易局）公告列入大陸物品有條件准許輸入項目及輸入管理法規（彙總表）之大陸物品。
３、經通訊傳播主管機關公告列入電信管制射頻器材應經許可之項目之貨品。
４、經衛生福利部公告列入輸入食品及相關產品查驗辦法查驗範圍應向衛生福利部食品藥物管理署申請辦理查驗之貨品。
５、經經濟部（標準檢驗局）公告列入輸出入應施檢驗商品品目之貨品。
６、經行政院農業委員會（動植物防疫檢疫局）公告列入輸出入應施檢疫動植物品目之貨品。
（三）經濟部國際貿局輸出(入)行政規定彙編之相關規定。
（四）經經濟部公告暫停特定國家或地區或特定貨品輸出入或採取必要措施之項目。
前項第二款、第三款、第四款之輸出入規定事項如有變更，主管機關應儘速編印修正或增訂活頁，以供抽換，抑或刊登於網站以供下載。變更之內容如建置有電腦檔，主管機關應於施行日更新。
四、海關配合各主管機關對進出口貨物之管理事項，除第三點第一項第二款第二目、第三款及第四款外，以中華民國輸出入貨品分類號列（簡稱為ＣＣＣ號列）為作業基準，並列入合訂本內規範者為限。
（一）應實施進出口貿易管理貨品之ＣＣＣ號列及輸出入規定，海關係以經濟部國際貿易局、衛生福利部、經濟部標準檢驗局及行政院農業委員會動植物防疫檢疫局等主管機關所傳輸之資料為準。
（二）海關在通關時配合作業如下：
1、應實施進出口貿易管理貨品之ＣＣＣ號列，除主管機關已透過關港貿單一窗口與海關連線並核銷有關文件者，得先行通關放行外，於通關時均由電腦自動列入文件審核通關（C2）或貨物查驗通關（C3）方式。
2、前目先行通關放行案件，其書面之報單及有關文件依下列方式處理：
(1)限量使用之書面有關文件除已透過關港貿單一窗口核銷先行通關放行案件或經主管機關與海關共同決議免檢附者外，報關人應主動在放行之翌日起三日內（如係多次使用，則於最後一次使用時）補送。
(2)其餘非屬前子目應補送者，由報關人依關務法規之規定，自行列管保存。其經海關通知補送資料者，報關人應於接到通知後三日內補送。
（三）同一稅則號別（前八碼）之下，主管機關依照貨物之性質、成分、用途區分其ＣＣＣ號列（十碼），採行不同之貿易管理方式者；或同一ＣＣＣ號列之下，部分列入查核，部分免予查核者，如海關在實務上對該區分條件判定有特殊困難時，得要求主管機關對免予繳驗簽審文件者，一併出具證明函。海關實務上判定有特殊困難之商品號列，另由海關洽商主管機關訂定之。
（四）各主管機關所列ＣＣＣ號列，如與海關所核列不一致時，以海關就實到貨物所核列者為準。惟配合貿易管理部分，經洽商主管機關同意後據以辦理。
五、主管機關公告應實施進出口貿易管理之貨品，如未轉化為ＣＣＣ號列或僅作概括性或宣示性規範而無法列出ＣＣＣ號列者，應由各主管機關責成進出口人或其委託之報關人，於通關時自行報明並檢附規定文件，由海關依其申請，列入文件審核通關（C2）或貨物查驗通關（C3）。未依規定報明者，廠商應自行負法律責任。
六、海關審核文件，除法令另有規定外，以一證不二核為原則。亦即凡屬簽證機關在簽證時應行查核之主管機關之許可或同意文件，通關時海關核憑輸出（入）許可證通關，不得要求查核原主管機關之許可或同意文件。
七、廠商報運進出口貨物，違反主管機關規定，除涉及智慧財產權之案件，另依有關規定辦理外，如有下列情事之一者，海關於處分確定後應通知主管機關。但如另有其他規定或案件將逾時效期間，或情事顯著者，應先行通知。
（一）經海關依據海關緝私條例之規定處分者。
（二）因虛報ＣＣＣ號列而規避輸出（入）規定，但未經依海關緝私條例之規定處分者。
（三）違反第三點貿易管理事項，經洽主管機關列表須通報者。
八、各主管機關要求海關配合事項，應循本作業規定所列途徑，函請經濟部國際貿易局列入輸出入規定後，海關始予配合。