第一條 本辦法依關稅法第二十六條之一第三項規定訂定之。
第二條 已向海關辦理登記之進出口貨棧、貨櫃集散站、保稅倉庫、物流中心及經海關指定之業者，具備第六條規定條件，得向海關申請或由海關依職權核准實施自主管理。
前項經海關指定之業者，由財政部關務署公告並刊登行政院公報。
第三條 經海關核准實施自主管理之業者，海關得不派員常駐。但於實施初期海關得派員輔導。
經核准實施自主管理之業者，應置二名以上之專責人員（含一名主管）辦理自主管理事項，海關並得定期或不定期實施稽核；專責人員名單應於每年一月底前送海關備查，如有異動時，應自其異動之翌日起七日內向海關報備。
專責人員應具備下列資格：
一、具有國內外高中或高職以上學校畢業之學歷（含同等學 力資格）。
二、通過由海關或由海關審查通過之民間機構舉辦之專業訓練，並取得合格證書。
三、最近五年內無走私違法紀錄。
專責人員每年應接受由海關或由海關審查通過之民間機構舉辦之在職進修講習，全年累積受訓時數不得低於八小時。
第四條 專責人員不符合前條第三項各款資格者，其專責人員職務當然解除。
專責人員未依規定辦理自主管理事項，致貨物有非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少，業者應將其調離專責人員職務。
第五條 各關應設置自主管理業者實施自主管理審查小組，處理業者實施自主管理之審查及廢止等相關業務。
第六條 實施自主管理之業者，應具備下列條件：
一、 已設置電腦及相關連線設備，並以電子資料傳輸方式依關務有關法令處理業務。
二、 制度完善，營運正常及管理良好；對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出站（棧）設有完整之電腦控管作業流程。但儲存大宗或種類單純之裸裝貨物者，不在此限。
三、 大門警衛室設有電腦並採連線控管貨物進出，且可提供海關線上查核。但保稅工廠附設之自用保稅倉庫，不在此限。
四、 大門及依法令應設置監控系統區域，須設置具備二十四小時連續攝錄及供稽核關員線上監看等功能之監控系統，並應維持監控系統正常運作。監控錄影檔案應存檔三十日以上，以供海關查核；必要時，應依海關通知延長存檔至九十日以上。但設立於港口機場管制區內以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。
五、 業者無積欠已確定之稅額及罰鍰或提供相當擔保。
六、 連續滿三年所存儲之貨櫃（物）無私運或嚴重失竊紀錄，且所屬員工無利用職務之便從事走私違法行為者。但有下列情形之一者，得不受三年期間之限制：
(一) 新申請設立登記之自用保稅倉庫、物流中心、免稅商店或專供存儲免稅商店銷售貨物之保稅倉庫。
(二) 具安全認證優質企業資格之倉儲業者新申請設立登記之保稅倉庫。
(三) 港口機場管制區、科技產業園區、農業科技園區或科學園區之倉儲業，設置未滿三年。
進出口貨棧、貨櫃集散站申請或經海關指定自主管理，除應具備前項各款規定之條件外，並應設有獨立之警衛部門，負責執行貨櫃（物）進出站（棧）之查對、門禁管制及貨站（棧）巡邏，警衛人員應著制服，以資識別。但設立於港口機場管制區內之進出口貨棧，不在此限。
第七條 進出口貨棧及貨櫃集散站自主管理事項包括下列各項：
一、 進、出口及轉口共同作業項目：
(一) 巡視貨櫃集散站或進出口貨棧。
(二) 啟閉進出口貨棧門鎖。
(三) 檢查空貨櫃（含航空貨櫃）進站（棧）儲存。
(四) 檢查空貨櫃（含航空貨櫃）放行出站（棧）。
(五) 貨櫃（物）查驗、檢驗（疫）配合作業。
(六) 貨櫃（物）借道通行作業。
(七) 修復、更換實貨櫃作業。
(八) 進、出口及轉口貨物加做或更正標記、箱號。
(九) 進、出口及轉口貨物看樣、取樣與公證及必要之維護。
(十) 更正貨櫃標誌、號碼。
(十一) 報告違章、異常案件。
(十二) 查對、登記扣存或沒入貨物。
(十三) 編製貨櫃堆放動態表。
(十四) 登載存貨簿冊及製作存倉貨物日報表。
(十五) 海上走廊轉運貨櫃裝卸船作業。
(十六) 使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。
(十七) 貨櫃動態電子資料傳輸之查核作業。
(十八) 其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。
二、 進口作業項目：
(一) 進口貨櫃進站儲存。
(二) 進口貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）及貨櫃清單處理作業。
(三) 點驗進口貨物進倉。
(四) 進口貨櫃（物）放行提領出站（棧）。
(五) 退運進口貨櫃（物）放行出站（棧）。
(六) 加封保稅貨櫃（物）放行出站（棧）。
(七) 進口貨櫃（物）移站（棧）轉儲。
(八) 進口貨櫃（物）轉運其他關區作業。
(九) 其他關區轉運進口貨櫃（物）進站（棧）。
(十) 簽證破損貨物報告。
(十一) 簽證短卸、溢卸報告。
(十二) 進口貨物銷毀、破壞作業。
(十三) 進口食品加貼中文標示作業。
(十四) 查對、登記逾期貨物或聲明放棄貨物。
(十五) 查對存站（棧）已列拍賣清單貨物。
(十六) 核對扣押或逾期貨物放行通知單並簽章放行。
(十七) 機場管制區內進口貨物移倉。
三、 出口作業項目：
(一) 出口貨櫃（物）進站（棧）儲存。
(二) 簽證出口貨物進倉證明書並督促傳輸進倉資料至海關。
(三) 簽證保稅貨櫃（物）退運出口進站（棧）。
(四) 簽證退運進口貨櫃（物）進站（棧）。
(五) 已放行出口貨物裝櫃打盤出倉。
(六) 加封已放行出口實貨櫃。
(七) 已放行出口實貨櫃加裝、分裝、改裝出口貨物。
(八) 合裝出口貨物先行裝櫃進站（棧）。
(九) 出口貨物重新包裝、加裝或打件進站（棧）。
(十) 列印放行貨櫃清單辦理出站（棧）。
(十一) 出口貨櫃放行出站作業。
(十二) 出口貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）及貨櫃清單處理作業。
(十三) 查對出口退關（倉）貨物及註銷報關貨物。
(十四) 出口退關（倉）貨物提領出站（棧）。
(十五) 「外銷國產貨櫃」進站並簽發進站證明書。
四、 轉口作業項目：
(一) 轉口貨櫃進儲或轉儲。
(二) 轉口貨櫃加裝、分裝、改裝或轉口貨物加裝於出口貨櫃。
(三) 轉口貨櫃裝船出口。
(四) 境外航運中心貨櫃（物）進儲與裝船出口。
(五) 轉口貨物進倉、出倉、打盤或裝櫃作業。
(六) 轉口貨物拆包、分批或加貼航空（郵）標籤作業。
(七) 海空聯運轉口貨物打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記。
(八) 空海聯運或空運經內陸轉口貨物出倉、進倉、打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記。
第八條 保稅倉庫之自主管理事項包括下列各項：
一、 巡視倉庫。
二、 啟閉倉庫門鎖。
三、 點驗貨物進倉。
四、 查報短卸、溢卸貨物。
五、 短裝、溢裝或破損貨物之填報。
六、 監視加註或更正貨物標記、箱號。
七、 看樣、取樣及公證之監視。
八、 監視保稅貨物辦理重整。
九、 查對、登記扣存或沒入貨物。
十、 查對與登記逾期貨物或聲明放棄貨物。
十一、 已列入拍賣清單貨物之查對。
十二、 保稅貨物出倉。
十三、 使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。
十四、 出倉進口食品加貼中文標示作業。
十五、 保稅貨物銷毀、破壞作業。
十六、 登載存貨簿冊及按月印製替代存貨簿冊之報表。
十七、 各種有關報表文件之編製、核對簽證、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。
十八、 報告違章異常案件。
十九、 倉庫地腳品完稅提領出倉。
二十、 其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。
第九條 物流中心之自主管理事項包括下列各項：
一、 門禁之管控。
二、 貨櫃（物）進儲。
三、 點驗貨物進倉。
四、 短裝、溢裝報告之填報。
五、 貨物看樣、取樣及公證。
六、 貨物重整及簡單加工。
七、 貨物帳之登錄及核銷處理。
八、 自備封條之加封核銷。
九、 貨物委外檢驗、測試。
十、 貨物運往課稅區放行運出。
十一、 貨物運往保稅區加封放行運出。
十二、 出口貨櫃（物）放行運出。
十三、 廢料放行運出。
十四、 空貨櫃進出之檢查。
十五、 貨物盤點。
十六、 違章、異常案件之報告。
十七、 物流中心貨物通關及進出、儲存之電腦作業系統。
第十條 免稅商店之自主管理事項包括下列各項：
一、 免稅商店及免稅商店之市區預售中心之巡視。
二、 免稅商店設有門鎖者之啟閉。
三、 保稅倉庫移倉貨物進儲之點驗。
四、 保稅貨物運回保稅倉庫之加封。
五、 出境旅客預購貨物進儲機場、港口管制區提貨處之加封及啟封作業。
六、 出境旅客預購貨物逾六個月未提領或退貨案件，運回市區免稅商店或免稅商店市區預售中心之加封。
七、 使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。
八、 各種有關報表文件之編製、核對簽章、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。
九、 違章異常案件之報告。
十、 其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。
第十一條 專責人員發現或遇有下列情形之一，應即向海關報告：
一、 進出口貨棧及貨櫃集散站：
(一) 進（轉）口貨櫃（物）屆時未進站（棧）或逾時進站（棧）者。
(二) 貨櫃（物）有失竊或調包者。
(三) 封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）不符或電子封條讀取比對異常者。
(四) 貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）經塗改者。
(五) 貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
(六) 放行進口貨物與提單貨名不符者。
(七) 進（轉）口貨櫃（物）進錯站（棧）者。
(八) 其他異常情形。
二、 保稅倉庫：
(一) 封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）不符或電子封條讀取比對異常者。
(二) 進儲貨物有失竊、夾藏或調包者。
(三) 進倉貨物與申報不符者。
(四) 放行貨物與准單貨名不符者。
(五) 貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）經塗改者。
(六) 依保稅倉庫設立及管理辦法第四條規定不得進儲之貨物者。
(七) 保稅貨物於重整或經許可開箱時有短裝、溢裝者。
(八) 存倉未滿二年之保稅貨物，所有人或倉單持有人以書面聲明放棄者。
(九) 其他異常情形。
三、 物流中心：
(一) 貨櫃（物）失竊或調包者。
(二) 封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）不符或電子封條讀取比對異常者。
(三) 貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）經塗改者。
(四) 貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
(五) 貨櫃（物）屆時未進區或逾時進區者。
(六) 進出倉貨物與原申報之貨名不符者。
(七) 依物流中心貨物通關辦法第四條規定不得進儲之貨物者。
(八) 存倉之保稅貨物，遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。
(九) 其他異常情形。
四、 免稅商店：
(一) 封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，封條號碼與貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）不符或電子封條讀取比對異常者。
(二) 進儲貨物有失竊、夾藏或調包者。
(三) 貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）經塗改者。
(四) 進出貨物與貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）不符者。
(五) 免稅商店或免稅商店之市區預售中心貨物，遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。
(六) 其他異常情形。
第十二條 海關應於每年二月前通知實施自主管理業者該年度稽核要項，自主管理業者應將海關稽核要項納入其內部管理查核機制，每年製作稽核報告並於次年二月底前送海關備查。
第十三條 本辦法實施前，已經海關核准實施部分事項自主管理之業者，得繼續辦理該事項。
第十四條 實施自主管理業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十六條之一規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下部分或全部自主管理事項，或廢止其自主管理之核准：
一、違反第三條第二項至第四項關於專責人員之設置、資格、人數及管理規定。
二、未依第四條第二項規定，將專責人員調離職務。
三、經海關核准實施自主管理後，違反第六條規定之條件。
四、所屬專責人員未依第十一條規定向海關報告。
五、未依第十二條規定製作稽核報告送海關備查。
第十五條 實施自主管理業者未依規定辦理自主管理事項，海關得通知其限期改正，屆期未改正，或無改正之可能者，得廢止全部或部分自主管理。
業者經海關依前條規定廢止自主管理之核准或依前項規定廢止全部或部分之自主管理後，一年內不得重新申請全部或部分項目之自主管理。
第十六條 本辦法自發布日施行。