一、為健全本關內部控制，提升施政效能、依法行政及展現廉政肅貪之決心，落實自我監督機制，以合理確保內部控制持續有效運作，設置本關「內部控制專案小組」（以下簡稱本小組），並訂定本要點。
二、本小組置召集人一人，由本關關務長指派第一副關務長兼任；副召集人一人，由主任秘書兼任之；除召集人及副召集人為當然委員外，其餘委員，由本關一級主管派兼之。下設內部稽核工作分組，分組組長由召集人指派，分組人員由稽核職能單位股長級以上人員，及主要核心或高風險業務等九等稽核以上人員組成。
三、本小組之組織任務如下：
(一)各委員應於日常管理業務，即時監督相關業務之內部控制各組成要素之存在及持續運作。
(二)研擬及執行年度自行評估計畫。
(三)辦理內部控制及內部稽核作業之宣導與教育訓練。
(四)檢討強化現有內部控制作業。
(五)整合檢討個別性業務內部控制作業，其性質相同者，得為一致之規定，或指定所屬單位統一訂定。
(六)參採各權責機關所訂內部控制制度共通性作業範例，並審視個別性業務之重要性及風險性，督導本關及所屬單位訂定合宜之內部控制制度及內部稽核作業規定，專案備查。
(七)規劃及執行年度稽核計畫，必要時辦理專案稽核，並作成稽核報告。
(八)就內部稽核發現之缺失及改善建議，適時簽報召集人核定，並追蹤其改善情形。
(九)督導本關各單位落實執行內部控制及內部稽核工作，並就內部稽核發現之缺失及改善建議，適時簽報首長核定，並追蹤其改善情形。
(十)其他與內部控制相關事項之審議及執行。
四、本小組得適時召開會議，由召集人召集之；召集人因故不能出席時，由副召集人代理之；委員應親自出席會議，不克出席會議時，得指派代表出席。
五、前項會議，得指定主管單位提報內部控制與內部稽核推動及落實執行情形。本小組得視議題需要，邀請相關機關或學者專家列席。
六、本小組幕僚作業，原則由本關秘書室企劃考核股擔任，但關務長得視業務性質指定適當單位辦理之。各單位應指派職等八等以上人員綜理各項單位內部控制行政工作。
七、本小組委員及工作分組人員，均為無給職。
八、本小組所需經費，由本關年度相關經費勻應。
九、本關對執行本小組任務著有績效人員，從優獎勵。
十、本設置要點經報請關務長核定後實施，修訂時亦同。