一、為使本部個案計畫管制作業有所依循，以落實個案計畫執行，提升管理績效及施政品質，特訂定本注意事項。
二、本注意事項所稱個案計畫，指行政院年度施政計畫所列重要計畫項目、中央政府總預算附屬單位預算所列固定資產建設改良擴充計畫及其他行政院核定之計畫。
三、本部個案計畫應分為行政院管制(以下簡稱政院管制)、由部管制及本部所屬機關(構)自行管制(以下簡稱自行管制)三級，並應透過行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）採網路化作業分級管制，另涉及機密之個案計畫，得不採網路化作業。
四、個案計畫分級管制選項原則如下：
(一)符合下列原則之一，應列為政院管制計畫：
1、報行政院核定之專案計畫，經行政院指定由政院管制者。
2、重要中長程個案計畫須由政院管制者。
3、當前重大政策。
4、跨部會執行之重要計畫。
5、其他經行政院選定之重要計畫。
(二)符合下列原則之一，應列為由部管制計畫：
1、首長指示之重要施政項目。
2、二個以上所屬機關(構)共同執行之計畫。
3、本部內部單位執行之計畫。
4、其他未列為政院管制之重要計畫。
(三)個案計畫未列為政院管制及由部管制者，均應由所屬機關(構)自行管制；但屬例行性、經常性工作者，得不納入管制。
五、個案計畫分級管制選項作業程序如下：
 (一)計畫主辦單位、機關及機構等（以下稱主辦單位）應審提選項管制項目，於每年十月十二日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報分級管制建議項目，屬跨機關執行之計畫應特別予以標明。
(二)本部應於每年十月三十一日前提送本部下年度個案計畫分級管制建議項目。
六、管制分工作業如下：
(一)政院管制計畫，由國家發展委員會（以下簡稱國發會）會同科技部及行政院科技會報辦公室（以下統稱管考機關）管考。其中社會發展類、經濟發展類及公共建設類由國發會管考；科技發展類由科技部及行政院科技會報辦公室管考。
(二)由部管制計畫，由本部綜合規劃司管考。
(三)自行管制計畫，由主辦單位負責管考單位或指定專人管考。
(四)屬跨機關執行之政院管制計畫，主辦機關應負組織、協調、統合及控制之責，協同相關機關推動，並應成立專案小組強化管理。跨機關執行之由部管制或自行管制計畫，得參照跨機關執行之政院管制計畫辦理。
七、本部個案計畫管制、評核作業方式，請依行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點、行政院管考機關之相關規定及本注意事項辦理。
八、擬訂作業計畫程序如下：
(一)政院管制計畫：主辦單位應依行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點及行政院所屬各機關政院管制計畫評核指標及報告格式之規定，於前一年十二月三十一日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成作業計畫，並以電子郵件通知本部綜合規劃司上網審核後，於每年一月十五日前送行政院管考機關核定。
(二)由部管制計畫：主辦單位應於每年一月十日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成作業計畫（評核項目如附表），並以電子郵件通知本部綜合規劃司上網審核後，於每年一月三十一日前審定公告。
(三)自行管制計畫：主辦單位應於每年一月十日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）上網填報作業計畫，並由主辦單位管考人員或指定專人，於每年一月三十一日前審定公告。（格式請依系統所訂格式逕自擇定；另請依主辦單位特性及業務性質自行研訂評核指標，惟預算執行情形應列為評核指標之一）
九、定期檢討作業如下：
(一)政院管制計畫：主辦單位應於管考週期之次月五日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成執行進度及成果，並確保資料正確性，以電子郵件通知本部綜合規劃司上網審核後，於管考週期次月十日前送審。
(二)由部管制計畫：主辦單位應於管考週期之次月五日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成執行進度及成果，並確保資料正確性，以電子郵件通知本部綜合規劃司上網審核後，於管考週期次月十日前審定公告。（格式比照政院管制計畫格式）
(三)自行管制計畫：主辦單位應於管考週期之次月五日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成執行進度及成果，並確保資料正確性，由主辦單位管考人員或指定專人，於管考週期次月十日前審定公告。（格式依系統所訂格式逕自擇定）
(四)前述執行進度須經主辦單位之會計單位會審；管考單位應按管考週期彙整管制計畫執行情形提報主管會議檢討（本部綜合規劃司將彙陳政院管制及由部管制計畫；主辦單位彙報資料應包括各級管制計畫）。
(五)計畫執行進度落後者，應增列落後原因說明及提出具體因應對策，管考單位並提出管考建議。計畫年度進度落後幅度超過五個百分點且持續落後達三個月以上者，計畫主辦單位應成立專案小組切實檢討改進。
十、本部政院管制及由部管制計畫執行過程中，本部得視實際需要及權責，並依據行政院所屬各機關管制考核業務查證實施要點派員實地查證。
實地查證選項標準如下：
（一）個案計畫年累計進度落後幅度超過五個百分點且持續落後達三個月以上者。
（二）個案計畫年累計預算執行率持續三個月未達百分之八十以上者。
實地查證小組：指派本部高階主管或人員擔任召集人，並由業務督導單位、綜合規劃司、人事處及會計處等派員共同組成。
自行管制計畫查證編組及查證選項標準由主辦單位自行辦理實施。
十一、個案計畫主辦單位應依核定之作業計畫貫徹執行。但符合下列得申請調整作業計畫或得申請撤銷管制之條件者，不在此限：
(一)得申請調整作業計畫之條件：
1、主辦單位任務變更、編併或裁撤，影響計畫執行者。
2、制度或法規變更，影響計畫執行者。
3、年度計畫預算(資源)增減，影響計畫執行者。
4、遭遇不可抗力之特殊因素，嚴重影響計畫執行者。
(二)得申請撤銷管制之條件：
1、主辦單位任務變更、編併或裁撤，無法辦理者。
2、政策或情勢變更，應予停止辦理者。
3、原奉核定之資源條件消失，無法辦理者。
4、個案計畫經併案或分案管制者。
前述申請案件，主辦單位應在年度或計畫結束前三個月提出，政院管制計畫主管機關(本部)應在年度或計畫結束前二個月核轉行政院，逾期不得申請。
申請調整作業計畫之幅度，除以原定當年度工作事項為範圍外，應先依行政院所屬各機關中長程個案計畫編審要點修正中長程個案計畫後始得提出申請。
十二、申請調整作業計畫或撤銷管制案件審核權限區分如下：
(一)政院管制計畫各類申請案件由本部初核後，送行政院核定。
(二)由部管制及自行管制計畫申請調整作業計畫案件，比照第八點作業計畫審核權限規定。
(三)由部管制及自行管制計畫申請撤銷管制案件，由本部核定後，送管考機關備查。
十三、年度中新增之個案計畫，應於權責機關核定後十日內依本要點納入管考。
十四、個案計畫屬中央對直轄市、縣(市)政府之計畫型補助事項者，主辦單位應依中央對直轄市及縣(市)政府補助辦法另定補助計畫及預算執行管考規定，協調地方政府加強管制。
十五、本部得運用網路稽核及訪查機制，瞭解主辦單位自行管制作業辦理情形、檢視管制機制建置及運作狀況，並協助落實管考工作。
十六、個案計畫除已依行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點之規定撤銷管制外，均應辦理評核作業，年終評核作業如下：
(一)政院管制計畫：主辦單位應依行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點及行政院所屬各機關政院管制計畫評核指標及報告格式辦理自評，於每年二月十五日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成自評資料，並以電子郵件通知本部綜合規劃司上網辦理初核作業，初核結果將簽陳　部次長核定後，於每年三月二十五日前送請行政院複核。
(二)由部管制計畫：主辦單位應依本注意事項第八點第二款附表評核項目及權重所訂格式於每年二月十五日前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成自評資料，並以電子郵件通知本部綜合規劃司上網辦理評核作業。評核結果將簽陳　部次長核定後，於每年四月十五日前完成評核作業。
(三)自行管制計畫：
1、主辦單位應於每年二月底前運用行政院政府計畫管理資訊網（GPMnet2.0）填報完成自評作業，並由管考人員或指定專人於每年四月十五日前完成評核作業。
2、主辦單位應依行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點，訂定個案計畫評核及獎懲等相關規定，並副知本部。
(四)作業計畫因屬先期前置作業或設計階段、經費凍結冗長等因素，致績效尚未呈現者，主辦單位得於當年度九月底前向本部申請免予評定分數，屬政院管制計畫者，本部應於當年度十月底前核轉行政院，逾期不得申請或核轉；計畫經審核同意免予評定分數者，應於次年二月底前提報執行現況報告。
(五)本部作業計畫評核結果，將納為施政及預算編審之參考，並確實改善執行缺失；主辦單位提報延續性計畫先期作業或概算及預算需求時，應併附相關作業計畫前三年度評核結果及評核意見處理情形，供本部及行政院辦理審議參考。作業計畫評核結果屬應予中止、減縮該計畫規模及預算者，主辦單位應依相關規定辦理該計畫之修正或廢止。
(六)評核作業由本部及主辦單位自行辦理，並得委託學術機構或專業團體等公正之第三者辦理，或視實際需要邀請學者專家參與評核作業，將外部專業評估意見納入評核報告，並得派員實地查證，或請執行機關派員說明。
十七、政院管制計畫評核結果依行政院所屬各機關個案計畫管制評核作業要點規定辦理獎懲，由部管制及自行管制計畫，除同一計畫已依其他規定辦理獎懲者外，應視執行成果依下列原則辦理獎懲：
(一)評核成績分優、甲、乙、丙等。複核分數達九十分以上者為優等，八十分以上未達九十分者為甲等，七十分以上未達八十分者為乙等，未達七十分者為丙等，其獎懲如下：
1、由部管制計畫經評核為優等者，主辦人員記功一次、主辦單位相關主管各嘉獎二次；經評核為甲等者，主辦人員嘉獎二次、相關主管各嘉獎一次。
2、由部管制計畫經評核為丙等者，主辦單位相關主管、主辦人員視實際辦理情形各申誡一次以上。
3、經評核整體平均成績為甲等以上者，負責計畫管考人員嘉獎二次。
4、若計畫主辦人員有多項計畫得予敘獎，其累計最高敘獎額度以記功二次為限；相關主管人員同時主管多項計畫者，以成績最佳計畫之等第辦理敘獎。
5、屬跨機關執行之由部及自行管制計畫，主辦單位得就各共同主辦機關(單位)之執行成效，請各該機關(單位)參照前四目規定辦理獎懲。
(二)主辦單位自行管制計畫請參照由部管制計畫之規定辦理獎懲。