法規內容：
第 一 章 總則
第 一 條
本辦法依離島建設條例第十條之一第六項規定訂定之。
第 二 條
本辦法所稱離島免稅購物商店，指在離島地區，經由當地縣（市）主管機關同意並向海關申請登記，經營銷售貨物予旅客之場所。
前項所稱離島地區，指澎湖、金門、馬祖、蘭嶼、綠島及琉球等地區。
第 三 條
離島免稅購物商店得銷售外國商品及保稅倉庫、物流中心、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、自由貿易港區及課稅區之產品。
第 四 條
離島免稅購物商店輸入供銷售之貨物，應依貿易法、貨品輸入管理辦法、臺灣地區與大陸地區貿易許可辦法及其他相關規定辦理。
第 五 條
離島免稅購物商店以銷售貨物予持有護照、旅行證件或身分證明文件之旅客非供商業使用為限。
第 六 條
離島免稅購物商店應於機場或港口管制區內設置提貨處，其銷售之貨物，應由旅客於該提貨處辦理提貨，監管海關並得隨時派員查核。
第 二 章 設置
第 七 條
申請核准登記為離島免稅購物商店者，應具有下列條件：
一、依公司法登記設立之股份有限公司，實收資本額在新臺幣五千萬元以上。
二、領有海關核發之自用保稅倉庫執照。
三、經當地縣（市）主管機關同意設置。
四、專營銷售旅客商品。
五、具有符合海關管理作業需求之電腦處理帳貨設備及能力，並與海關完成電腦連線作業。
第 八 條
申請登記離島免稅購物商店者，應檢具下列文件，向所在地關稅局辦理：
一、申請書：須載明公司名稱、公司統一編號、所在地、負責人姓名、地址、身分證號碼、電話號碼及離島免稅購物商店暨提貨處之地址與位置圖。
二、公司章程及內部控制制度。
三、自用保稅倉庫執照及其影本各一份。
四、離島免稅購物商店建築物之使用權證件及其影本。
五、當地縣（市）主管機關同意設置證明文件。
六、設置於機場、港口管制區內之離島免稅購物商店，應檢附該管制區主管機關同意文件。
七、機場或港口管制區內設置提貨處，應檢附該管制區主管機關同意文件。
八、二位以上專責人員名單及合格證書。
第 九 條
離島免稅購物商店，由海關發給執照；執照有效期間不得超過當地縣（市）主管機關核發同意文件之有效期限。當地縣（市）主管機關廢止同意時，應通知海關，由海關依相關規定處理。
離島免稅購物商店得於執照有效期間屆滿二個月前，檢具前條規定之文件向海關申請重新發照，其登記事項均未變更者，得以校正代替審核換照。
離島免稅購物商店之名稱、所在地、負責人、營業項目如有變更，應於辦妥變更登記之翌日起十五日內，檢送有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。惟所在地變更，應於變更前先報請監管海關核准。
第 十 條
經核准設置之離島免稅購物商店，其執照之核發、補發及換照，依海關徵收規費規則，徵收證照費。
前項執照之核發，如僅以校正代替換照者，免徵收證照費。
第 十一 條
經核准設置之離島免稅購物商店，如需停業者，應於一個月前報請監管海關備查。
第 三 章 管理
第 十二 條
離島免稅購物商店應指定專責人員二人以上代表處理保稅自主管理業務事項。
前項專責人員應通過海關舉辦或由海關審查通過之民間機構舉辦之專業訓練並取得合格證書。
專責人員變更時，離島免稅購物商店應即通知海關，以供備查。
第 十三 條
離島免稅購物商店應依保稅倉庫設立及管理辦法規定設置自用保稅倉庫，存儲專供銷售之貨物。
第 十四 條
離島免稅購物商店銷售之貨物，應依規定先辦理進儲自用保稅倉庫，其通關手續依關稅法及相關法規辦理。
前項進儲自用保稅倉庫之保稅貨物，經臺灣本島轉運離島地區者，應依海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理。
第 十五 條
離島免稅購物商店由自用保稅倉庫提貨供銷售或離島免稅購物商店相互移運與退回自用保稅倉庫間之移倉，應繕具「移倉申請書」並檢附裝箱單一式三份，一份自用保稅倉庫留存，一份離島免稅購物商店留存，一份供海關查核。
第 十六 條
離島免稅購物商店之保稅貨物存儲期限以二年為限，屆期仍未售出，應退運出口或退回原國內產製廠商，或自期限屆滿之翌日起三十日內，向海關申請補稅銷帳。但經海關核准者，得延長一年，並以一次為限。
前項貨物存儲期間，應自進儲離島免稅購物商店自用保稅倉庫之日起算。
自保稅倉庫轉儲離島免稅購物商店自用保稅倉庫之貨物，其存儲期間，自最初進儲保稅倉庫之日起算；自物流中心轉儲且屬海關公告定有存倉期限之貨物，其存儲期間，自最初進儲物流中心之日起算。
第 十七 條
離島免稅購物商店銷售貨物予旅客，並由其隨身攜出離島地區之免稅品目、數量、金額，其範圍如下：
一、酒類：每人每次一公升（不限瓶數）以下，全年合計數以十二次為上限。
二、菸品：每人每次捲菸二百支以下，或每人每次雪茄二十五支以下，或每人每次菸絲一磅以下，全年合計數以十二次為上限。
三、前二款以外之貨物，銷售金額在新臺幣六萬元以下者。
前項第一款及第二款銷售對象限年滿二十歲之成年旅客。
旅客當次自同一離島各免稅購物商店購買之免稅貨物，其數量及金額應合併計算，並以不超過第一項所定數量及金額為限。
第 十八 條
離島免稅購物商店銷售予旅客之貨物，其金額或數量逾前條所定限額者，離島免稅購物商店應就超額部分，依關稅法、貨物稅條例、菸酒稅法、加值型及非加值型營業稅法規定計算稅額，代向旅客收取，並開立含上列稅款之售貨單交付旅客收執。
離島免稅購物商店依前項規定向旅客收取之稅款，應於次月十五日前向海關彙報並繳納。
第 十九 條
離島免稅購物商店銷貨時，應要求購貨人出示護照、旅行證件或身分證明文件，經核對旅客身分無訛後，始得銷售。
離島免稅購物商店銷貨時，應公開標示銷售價格。
離島免稅購物商店銷貨時，應以電腦列印四聯售貨單，並應經購貨人簽名，第一聯交購貨人收執，作提貨用，第二聯由離島免稅購物商店送提貨處，供旅客提貨核對，並供海關抽核，第三聯交離島免稅購物商店作為向主管稽徵機關申報適用零稅率之證明文件，第四聯由離島免稅購物商店留存，俾供海關事後查核之用。
前項所定售貨單應載明旅客所乘運輸工具名稱或航班、旅客身分證統一編號，非中華民國籍旅客應登錄旅行證件或護照號碼。
第 二十 條
離島免稅購物商店應於貨物銷售及提領時，即時將售貨單及提貨單資料傳送至海關離島免稅商店系統，始得辦理銷售貨物之除帳作業。
第二十一條
離島免稅購物商店依第十四條第一項進儲自用保稅倉庫之貨物因故退貨，應依保稅倉庫設立及管理辦法及相關關務法規辦理。
依前項規定辦理自課稅區廠商購買加工外銷品之退貨，應於進儲之翌日起三個月內提出申請，原供廠商已領有視同出口報單副本者，應予收回註銷或更正；其已辦理沖退稅費者，應繳回已沖退稅費，並通知所屬稅捐稽徵機關。進儲三個月後之退貨案件，其退貨手續按一般貨物進口通關程序辦理，並按該貨進儲時形態課稅。
第二十二條
離島免稅購物商店銷貨所需之贈品、試用品、包裝盒、包裝紙袋（材料）等非銷售貨物之通關、進儲及除帳作業，依下列方式辦理：
一、應於外貨進儲自用保稅倉庫申請書申報註明非銷售貨物，並設專簿控管專區存儲，且外包裝上應有明顯標示。
二、移倉至離島免稅購物商店供銷貨使用時，應填具「非銷售貨物申請領用單」，並經海關核備之有權領用人員簽署後，始得使用及辦理除帳作業。
第二十三條
離島免稅購物商店依本辦法自行設計印製之有關憑證報表及依商業會計法應設置之各項會計簿籍，應以電腦處理，並採永續盤存制存貨制度，逐日逐筆詳細即時建檔登載進、銷貨有關資料，以備海關及主管稽徵機關稽查。
前項進、銷貨有關資料，得經海關核准以電子媒體儲存，並於次月十五日前報請監管海關查核。
第二十四條
離島免稅購物商店業務經營情形、帳冊及庫存，監管海關及稽徵機關得隨時派員前往查核，必要時並予盤存。
第二十五條
離島免稅購物商店及其存儲於自用保稅倉庫之保稅貨物，應每年由海關派員會同辦理一次年度盤存。其盤存得事先申請海關核准委由會計師辦理並簽證，海關得派員會同辦理。
年度盤存之盤存日期，除特殊情形得事先報經監管海關核准提前或延長外，其日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月；海關必要時並得隨時盤存，離島免稅購物商店應配合辦理。
第一項盤存，事後發現錯誤時，得由離島免稅購物商店在該項貨物未動用前向海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存之翌日起算十四日申請者，不予受理。
離島免稅購物商店應於盤存之翌日起算二個月內，根據上年度結算報告表，本年度盤存清冊、帳冊、進出口報單、移倉申請書及其他進出倉紀錄、報廢數等以電腦編製結算報告表一式二份，送交監管海關審核。
離島免稅購物商店年度盤存得申請海關核准實施不停工盤存或非上班時間盤存。申請非上班時間盤存者，海關應依海關徵收規費規則規定徵收盤存特別處理費。
第二十六條
離島免稅購物商店依前條規定辦理盤存結果，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：
一、實際盤存數量少於帳面結存數量者，應敘明理由，並於接獲海關核發之補稅通知日起十日內，繕具報單補繳進口稅費。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量者，應敘明理由，報經監管海關查明原因核實准予更正或依相關規定處理。
第二十七條
離島免稅購物商店之帳冊及報表，應於年度盤存結案後，保存十年；其相關憑證保存五年。
前項相關憑證，離島免稅購物商店得於盤存結案後報經監管海關核准，以電子媒體按序儲存後，依規定年限保存，其原始單證得予銷燬。銷燬後，監管海關查案須列印單證及有關文件時，離島免稅購物商店應負責提供，不得拒絕。
第二十八條
離島免稅購物商店停業者，其保稅貨物依下列規定辦理：
一、所有保稅貨物，應由海關封存或與離島免稅購物商店聯鎖於該商店之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。
二、離島免稅購物商店應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期辦理結束盤存，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，準用第二十六條規定辦理。
三、經盤存之貨物，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅費。未能依前款規定辦理結束盤存者，海關得逕依帳面結存數量課徵各項稅費。
第二十九條
離島免稅購物商店保稅貨物於存儲期間，遭受損失或損壞者，應依關稅法第五十條及同法施行細則第三十九條規定辦理；其於災害事實終止之翌日起算一週內報經海關查明屬實者，得核實除帳。
離島免稅購物商店保稅貨物於存儲期間，因失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明，報經監管海關查明屬實者，應自失竊之翌日起算三個月內，按貨物進儲自用保稅倉庫時之價格與稅率補稅除帳。但失竊貨物尚在追查中者，監管海關得依納稅義務人申請准其繳納保證金，其在失竊之翌日起算六個月內找回者，退還保證金。
第 四 章 罰則
第 三十 條
離島免稅購物商店有下列情事之一者，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止三個月以上，一年以下離島免稅購物商店業務之經營：
一、未依第九條規定辦理換照。
二、未依第十一條規定期限報請海關備查。
三、未依第十二條規定，由專責人員代表處理保稅自主管理業務，或未於專責人員變更時通知海關備查。
四、未依第十四條及第十五條規定辦理保稅貨物進出保稅倉庫之通關作業。
五、未依第十六條規定辦理補稅銷帳。
六、未依第十七條規定辦理銷貨。
七、未依第十八條規定開立售貨單及依期限按月彙報繳納稅額。
八、未依第十九條規定確認旅客身分或標示銷售價格或列印售貨單。
九、未依第二十條規定辦理銷售貨物之除帳作業。
十、未依第二十一條規定辦理退貨。
十一、未依第二十二條規定辦理非銷售貨物之通關、進儲及除帳作業。
十二、未依第二十三條第二項規定期限報請海關查核。
十三、未依第二十四條規定配合海關查核。
十四、未依第二十五條規定辦理盤存。
十五、未依第二十六條規定辦理盤存不符時之補繳進口稅費或報經監管海關核准核實更正等事宜。
十六、未依第二十七條規定保存帳冊、報表或提供海關依法查案時所需單證及有關文件。
第 五 章 附則
第三十一條
本辦法自發布日施行。