一、 為確保免稅商店存倉保稅貨物之安全，海關應對免稅商店施行定期或不定期稽核作業，特訂定本作業規定。
二、 海關稽核免稅商店，除依有關法令規定外，依本作業規定辦理。
三、 稽核關員實施實地稽核，依下列程序辦理：
(一) 關員應配掛職員證或提示足以證明其身分之憑證。
(二) 稽核結果為不符者，應填具「查核不符事項通知單」一式二份，由被稽核人簽認後，一份交被稽核人收執，一份併同查核報告表陳核。
(三) 稽核結束後應繕具查核報告表，依序編號列管。
四、 稽核關員實施實地稽核，應就下列帳冊控管項目予以查核：
(一) 保稅貨物之移倉、銷售、領用、退貨及提貨等進、銷貨有關資料，應逐日逐筆詳細登載，並傳輸至關港貿單一窗口電腦系統，以完成連線稽銷作業。
(二) 免稅商店銷貨時，除依免稅商店設置管理辦法（以下簡稱管理辦法）第四條規定核對購貨人具有旅客身分外，應依第二十一條規定列印售貨單，非設於國際機場、港口管制區內之免稅商店並應詳細登記購貨人相關資料。
(三) 非銷售貨物之作業，除依管理辦法第二十三條規定辦理外，實際領用情形應與免稅商店所填具「非銷售貨物申請領用單」相符。
(四) 免稅商店辦理旅客未提領或已提領銷售貨物之退貨，除原售貨單上應加註註銷或退貨字樣外，並應傳送註銷或退貨資料至關港貿單一窗口電腦系統。
(五) 庫存保稅貨物之抽查：
1、保稅貨物庫存數量應與帳面庫存數量相符，不符時應依規定辦理盤差補稅或盤盈補登。
2、配合免稅商店年度盤點，抽查其保稅貨物，並與業者於盤存後送審之「結算報告表」比對應相符。
五、 稽核關員實施實地稽核，應就下列貨物控管項目予以查核：
(一) 免稅商店之保稅貨物，如需維修、退貨、轉售及退運出口時，應移運至其自用保稅倉庫辦理。
(二) 免稅商店、預售中心、提貨處及其自用保稅倉庫間貨物之移運，應依海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理，並繕具「移倉申請書」，傳輸至關港貿單一窗口電腦系統，經系統回應記錄有案憑以移運；其檢附之「裝箱單」、「移倉申請書」資料，應與進儲（退倉）保稅貨物之件數、品名及數量等相符。
(三) 免稅商店銷貨所需之贈品、試用品、包裝盒、包裝紙袋（材料）等非銷售貨物，應查核下列事項：
1、應於進儲報單申報註明非銷售貨物，並設專帳控管專區存儲，且外包裝上應有明顯標示。
2、贈品贈與旅客時，應開立售貨單並將該贈品資料傳輸至關港貿單一窗口電腦系統。
3、其他非銷售貨物移倉至免稅商店後，應填具「非銷售貨物申請領用單」，並經海關核備之有權領用人員簽署後，始得使用及辦理除帳。
(四) 提貨處存放出境旅客未提領之預購貨物，應於六個月期限屆滿前，依第二款規定辦理移運，並加封退回原市區免稅商店或免稅商店市區預售中心。
(五) 免稅商店之保稅貨物，應依管理辦法第二十條規定，於二年存儲期限屆滿前辦理展延，屆期仍未售出，應退運出口，或自期限屆滿之翌日起三十日內，辦理補稅銷帳。
六、 稽核關員執行稽核之結果，應依下列規定辦理：
(一) 稽核對象若有應補、應退稅費情事者，應依相關規定辦理。
(二) 發現稽核對象違反關稅法、管理辦法或其他法令者，應依法議處。
(三) 發現違反其他法令規定者，應移請有關機關處理。