一、運輸業者及承攬業者應將其進口貨物艙單先以電子交換（XML）訊息透過通關網路傳輸至海關，並由通關網路分送至各卸存貨棧、貨櫃集散站或轉運他關區貨櫃集散站、科技產業園區、科學園區、農業科技園區、自由貿易港區；運輸業者及承攬業者亦得以書面艙單遞交海關並分送至前述各卸存地點，經由海關建檔後，始得核發卸貨准單或特別准單。
二、下列情形應事先申請特別准單：
（一）於海關辦公時間外起卸貨物者。
（二）船邊免驗提貨、船邊驗放作業者。
（三）卸存貨物於貨棧、貨櫃集散站或轉運他關區貨櫃集散站、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、自由貿易港區者。
（四）船舶裝載危險物品或因航行上之阻礙須停泊外港卸貨或其他正當理由，須將所裝貨物全部或一部卸入駁船或卸下碼頭或翻艙者。
（五）其他應由海關特別派員押運及監視辦理者。
三、卸貨准單核發及特別准單申領程序
（一）連線運輸業者依第一點申報進口貨物艙單資料，透過通關網路傳送海關，經邏輯檢查通過後，電腦自動將卸貨准單或特別准單（含進口貨櫃清單）訊息通知運輸業者，並一併通知相關之連線貨棧、貨櫃集散站或轉運他關區貨櫃集散站、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、自由貿易港區。
（二）未連線運輸業者依第一點申報進口貨物艙單資料，應以書面申請書向稽查或倉棧單位申領卸貨准單或特別准單，經審核文件無訛後，將卸貨准單申請書及特別准單申請書有關資料(不含進口貨櫃清單)先由經辦關員代為鍵入。其餘核發手續與第一款規定同。
（三）稽查或倉棧單位得應運輸業者申請，列印卸貨准單或特別准單含進口貨櫃清單，經註明「押運」或相關事項由關員簽章後，交由運輸業者簽領，憑以辦理卸船進儲作業。
四、凡因卸船進儲、轉運他關區及船邊免驗提貨、船邊驗放作業以外情形申請特別准單者，運輸業者或貨主應將書面特別准單申請書與特別准單一次套打送海關申請，經有權人員審核文件無訛後，簽發特別准單，准單簽發後如須更改電腦檔案者，應由經辦關員予以更正。
五、准單核發後如更正貨櫃號碼或卸存地點，應以人工處理，並於艙單檔註記。