一、海關為處理海運快遞貨物通關辦法第二十一條之預繳稅費保證金事宜，特訂定本作業規定。
二、預繳稅費保證金之繳納係向受海關委託之金融機構以電子化作業方式辦理。
三、報關業者或得以貨物持有人名義辦理進口簡易申報通關之海運快遞業者﹝以下均簡稱預繳稅費帳號請領人﹞，應填具「海運應稅快遞貨物預繳稅費線上扣繳申請書」（附件）向海運快遞通關單位申請核給預繳稅費保證金帳號。海運快遞通關單位應將核給預繳稅費帳號請領人之預繳稅費保證金帳號、名稱及統一編號等資料鍵入海關通關系統。
四、預繳稅費帳號請領人應憑海關核給之預繳稅費保證金帳號，以轉帳、匯款或其他受託金融機構提供之繳款方式，繳納保證金。前項保證金由受託金融機構電子化收款系統每日結轉海關保證金專戶。
五、海運快遞通關單位應每日定時至受託金融機構網路銀行下載預繳稅費保證金帳號收款明細電子檔，並以海關開發之轉檔程式轉入海關通關系統自動增加業者預繳稅費保證金帳號額度，俾供通關線上扣繳使用。
六、預繳稅費帳號請領人申報進口低價應稅快遞貨物（X3）及報關業者申報進口高價快遞貨物（X4）時，稅費繳納方式應填報代碼 「2」（預繳稅費帳號請領人帳戶即時扣繳，含預繳稅費保證金），並於「案號」欄填報海關核給之預繳稅費保證金帳號。
七、進口貨物應繳各項稅費，由海關通關系統自業者預繳稅費保證金帳號自動扣繳，登帳放行。
前項扣繳稅費及放行訊息由海關通關系統傳送海運快遞貨物專區工作站。
八、海運快遞貨物專區業者於貨物提領時，隨即列印「海關進口快遞貨物稅費繳納證明」連同貨物交與預繳稅費帳號請領人。
九、海運快遞通關單位每日列印「預繳稅費保證金收入日報表」一式四份，與受託金融機構核對帳目相符後，一份承辦單位存查，三份分別送會計單位、出納單位及進口徵稅單位辦理海關保證金專戶之帳務及出納相關事宜。
十、海運快遞通關單位每日列印「預繳稅費保證金抵繳稅費日報表」一式五份，一份承辦單位存查、四份分別送會計單位、出納單位、進口徵稅單位及受託金融機構辦理抵繳稅費解繳國庫手續及帳務與出納相關事宜。海運快遞通關單位每月並須列印「預繳稅費保證金抵繳稅費月報表」供查核對帳。
十一、預繳稅費帳號請領人可利用海關提供之電腦畫面，查詢兩日以前帳號使用餘額。如有必要，並得向海運快遞通關單位申請列印或檔案輸出方式提供兩日以前之「預繳稅費使用明細表」。海關得寄發對帳單供預繳稅費帳號請領人核對。
十二、進口貨物如有預繳稅費保證金帳號餘額不足時，由海關通關系統回復業者預繳稅費保證金不足之錯單訊息，業者應補足保證金額度，並重新傳輸報單資料續行通關作業。
十三、預繳稅費保證金帳號額度不足時，預繳稅費帳號請領人須重新繳納保證金，始得繼續使用。
預繳稅費帳號請領人已繳納之保證金因帳號停止使用或其他原因須退還餘款者，應向海運快遞通關單位申請。
十四、海運快遞通關單位對於已扣繳保證金放行案件，如有短徵者，以人工辦理補徵；如有溢徵者，以普通退稅方式辦理退稅。
十五、預繳稅費帳號請領人因「海關進口快遞貨物稅費繳納證明」遺失、遺漏或列印有瑕疵等情形，得填具申請書並依規定繳納規費，向海運快遞通關單位申請補發。