一、 本作業規定適用之對象為自由經濟示範區（以下簡稱示範區）第一階段示範事業（自由貿易港區之港區事業及農業科技園區之園區事業）及第二階段第一類示範事業與其受託廠商。
二、 示範事業於貨物之進儲、提領、儲位、加工用料、報廢、加工及庫存數量之登帳、除帳、盤點結算及其他與帳務處理有關作業，應設置電子帳冊。
示範事業之貨物經核准委託課稅區、保稅區、自由貿易港區或示範區辦理加工、檢驗、測試、修理者，該示範事業及其受託廠商應另設置委（受）託運出運回核銷電子帳冊。
三、 示範事業及其受託廠商於貨物、自用機器、設備進出廠（倉）後應即登錄電子帳冊。
示範事業及其受託廠商電子帳冊系統應以電腦連線並提供系統操作說明，供海關遠端稽核；其相關帳表格式經海關核准後，對該帳務系統資料之即時性、正確性及完整性，負有維護之義務。
四、第一階段示範事業電子帳冊應依自由貿易港區貨物通關管理辦法及農業科技園區保稅業務管理辦法有關帳務規定設置帳表格式。
第二階段第一類示範事業電子帳冊應依其作業性質，設置下列相關帳表，並依帳表說明登錄資料：
(一) 「XX示範事業XXX年度自用機器、設備、物料表」（帳表一）。
(二) 「XX示範事業XXX年度營運貨物原料表」（帳表二）。
(三) 「XX示範事業XXX年度營運貨物成品表」（帳表三）。
(四) 「XX示範事業貨物領料／退料單」（帳表四）。
(五) 「XX示範事業貨物存／出倉單」（帳表五）。
(六) 「XX示範事業單位用料清表」（帳表六）。
(七) 「XX示範事業XXX年度第X次廠內／外報廢清冊」（帳表八）。
(八) 「XX示範事業XXX年度廠內／外盤存清冊」（帳表九）。
(九) 「XX示範事業XXX年度盤點廠內、外加工成品、半成品貨物盤點數／內、外銷售數／廢品數折合原料分析清表」（帳表十）。
(十) 「XX示範事業XXX年度自用機器、設備、物料／營運貨物（原料及成品）盤存統計表」（帳表十一）。
(十一) 「XX示範事業XXX年度自用機器、設備、物料／營運貨物結算報告表」（帳表十二）。
(十二) 「XX示範事業XXX年度廠內修理案件紀錄表」（帳表十三）。
(十三) 「XX示範事業XXX年度貨物輸往課稅區按月彙報保證金循環使用紀錄表」（帳表十四）。
第二階段第一類示範事業得經海關核准，自行調整前項電子帳冊帳表格式。但其欄位內容不得少於前項帳表規定。
五、 第一階段示範事業委託辦理貨物之加工、檢驗、測試或修理者，其電子帳冊應依自由貿易港區貨物通關管理辦法及農業科技園區保稅業務管理辦法有關帳務規定設置帳表格式。
第二階段第一類示範事業委託辦理貨物加工、檢驗、測試或修理之電子帳冊，應設置下列帳表，並依帳表說明登錄資料：
(一) 「XX示範事業XXX年度委託運出運回核銷紀錄表」（帳表七）。
(二) 「XX示範事業XXX年度第X次廠內／外報廢清冊」（帳表八）。
受託廠商辦理前項貨物之加工、檢驗、測試或修理之電子帳冊，應設置下列帳表，並依帳表說明登錄相關資料：
(一) 「XXX年度受託廠商運入運出核銷紀錄表」（帳表十五）。
(二) 「XXX年度受託廠商原料（成品）存入領出結存表」（帳表十六）。
第二階段第一類示範事業及其受託廠商得經海關核准，自行調整前二項電子帳冊帳表格式。但其欄位內容不得少於前二項帳表規定。
六、 示範事業及受託廠商應按實際進出廠（倉）資料詳實登載於電子帳冊。
海關應依進（出）口報單資料比對電子帳冊進出廠（倉）資料，稽核有無逾期未登載，或貨物名稱、商標（牌名）、規格、單位及數量等有無登載或核銷不實情形。
七、 示範事業及受託廠商異動電子帳冊資料，應詳細記錄其異動時間、前後內容及原因。
海關應稽核前項帳冊異動之內容是否符合相關規定。
八、 示範事業應依下列原則編訂料號：
(一) 示範事業進儲供營運貨物應編訂料號，其料號編訂方式應具有一貫性，不同批次進儲之相同貨物，應為同一料號。
(二) 前款貨物屬管制貨品或未准許輸入之大陸地區物品者，應編列不同料號控管，並設置專區存放，原型態物料與零組件須全數外銷。
(三) 前二款進儲之貨物經加工、修理、檢驗或測試後，如改變原貨物料號、名稱、規格或型號者，應以變更後之料號登帳。
(四) 進儲自用機器、設備無法編訂料號者，得依報單號碼加項次作為貨物料號控管。
海關應稽核電子帳冊之料號，有無登載或核銷不實情形。
九、 示範事業應依下列原則編製貨物輸往課稅區按月彙報保證金循環使用紀錄表：
(一) 售與課稅區貨物經核准按月彙報者，應提供保證金或擔保，貨物逐批出廠時，並維持足額之擔保狀態。
(二) 依每批出廠貨物之交易價格自行核估完稅價格及稅則稅率，逐筆核計各項稅費，並計算其預估保證金餘額，保證金餘額不足核扣時，應另補足保證金後，再行辦理貨物出廠。
(三) 次月十五日前彙報報單完稅後，並以該彙報月份每批出廠時所預估各項稅費恢復保證金額度。
海關應利用電子帳冊稽核前項保證金計算有無異常或額度不足先行出廠情形。
十、 示範事業應依下列原則編製單位用料清表並送海關備查：
(一) 貨物經加工後，改變原貨物料號、名稱、型號或規格者，應於出口、轉儲或內銷前依成品貨物名稱、商標（牌名）、規格、型號、料號、單位、數量編製，報明成品或半成品使用原料貨物數量，做為折合使用原料貨物依據。
(二) 依使用原料貨物性質或型態，選擇含損耗或不含損耗使用數量編製；其價格、性質及功能相近可相互替代流用之貨物，應予報明，於結算時擇一折合除帳。
(三) 單位應使用國際通用度、量、衡單位，並與進儲之報單所列單位相同或可相互換算。
前項單位用料清表如有變動，應另編製變更單位用料清表送海關備查。
海關應依前二項之單位用料清表稽核電子帳冊所載之各成品所折合用料量有無登載不實。
十一、示範事業因業務需要，經核准委託加工、修理、檢驗、測試應依下列原則辦理：
(一) 詳實記載營運貨物、自用機器、設備運出與運回之貨物名稱、商標（牌名）、規格、型號、料號、單位、數量、加工用料、日期。
(二) 登載委託核准文號、展延核准文號及期限。
受託廠商受託辦理加工、修理、檢驗、測試應依下列原則辦理：
(一) 詳實記載受託貨物運入與運出之貨物名稱、商標（牌名）、規格、型號、料號、單位、數量、加工用料、日期。
(二) 登載委託核准文號、展延核准文號及期限。
海關應稽核前二項貨物之電子帳冊內容，有無逾期未運回貨物情形。
十二、示範事業進儲供修理之貨物，其使用之原料、零組件，因情況特殊，無法編製單位用料清表時，應檢附說明文件於修理前向海關申請依領用數除帳，經核准者，其領用數登載於電子帳冊，拆下零件及零組件亦應列帳，再辦理後續報廢、退運或轉售作業。次月五日前應提供實際領用數清表供海關備查；未依規定申請辦理者，不得依領用數除帳。
海關應稽核前項電子帳冊內容，有無虛報或登載不實情形。
十三、海關應利用通關系統篩選示範事業進儲之管制物品、未准許輸入之大陸地區物品、有簽審規定貨品、關稅配額貨品、洋菸酒、高單價或高稅率物品，並稽核其電子帳冊內容，有無違法運入課稅區或內銷情形。
十四、海關實施示範事業及其受託廠商電子帳冊遠端稽核，依下列作業程序辦理：
(一) 運用海關通關系統篩選示範事業及受託廠商進、出廠（倉）之報單、各相關查核報表等資料，與其電子帳冊系統登帳內容稽核是否相符。
(二) 依稽核結果繕具稽核報告表，檢附帳務稽核資料，並按序編號陳核後列管。
(三) 發現異常或缺失，應填具「稽核不符事項通知單」一式二份，由受查廠商簽認後，一份交受查廠商收執，一份併同稽核報告表陳核。
十五、海關遠端稽核發現疑似違規情形，認有實地查核之必要者，得協調示範區管理機關、所在地稅捐稽徵機關或目的事業主管機關協查或組成專案小組會同查核。
經查核有違章情事者，應依其所適用之法令補徵稅費及處罰。