一、為紓解擴大實施外銷品沖退原料稅所累積之未結紙本申請案件，並考量全面恢復沖退稅後，紙本申請案件可能激增而加重海關人工審核之負擔，訂定本作業要點。
二、沖退稅紙本申請案件以逐案實質審查為原則，抽審作業屬該等案件完全採行電子化作業前之過渡性措施，其實施應符合第三點之規定，採機動方式不定期辦理。
三、紙本沖退稅申請案件抽審作業之實施，應以個別案件辦結所需時間為基準。依當月之統計資料顯示紙本申請案件平均辦結日數已逾四十日者，沖退稅業務主辦單位方得檢具下列資料，簽請機關首長核准實施抽審作業：
(一)紙本申請案件平均辦結日數已逾四十日之電腦統計數據。
(二)第五點之限制條件。
(三)抽審作業實施日期。
四、紙本沖退稅申請案件之抽審為批次作業，自實施日前已登錄未審核之案件，方納入抽審。
五、高風險廠商之紙本沖退稅申請案件及申請沖退稅金額逾一定數額之案件，均應逐案實質審查，不得參加抽審。沖退稅業務主辦單位於簽請核准實施抽審作業時，應依下列規定一併提報不得適用抽審作業之限制條件：
(一)提報高風險廠商名單：
依電腦統計之前一年期間，經海關刪改之沖退稅金額占申請金額百分比為基準，高於百分之三十者視為高風險廠商；該基準得在正負百分之十範圍內增減之。
(二)設定不得參加抽審案件之金額：
申請沖退稅金額逾一定數額之案件，不得參加抽審；該「一定數額」最高以新臺幣十萬元為限。但同一申請案，其平均每份出口報單申請沖退稅金額未逾新臺幣二萬元，或申請人具安全認證優質企業資格，且其平均每份出口報單申請沖退稅金額未逾新臺幣四萬元者，得不受「一定數額」限制。
六、得參加抽審之紙本沖退稅申請案件，其處理程序如下：
(一)均應為程序審查：
應逐一確認進出口廠商是否相同。屬合作外銷案件者，應確認有無檢附沖退稅同意書或於出口報單或沖退稅申請書上蓋章證明表示同意；未檢附或蓋章證明者，應通知申請廠商補正。
(二)經電腦抽選者應辦理實質審查：
完成程序審查之案件，經電腦抽中應辦理實質審查者，納入應審範圍。該等應審案件應逐案實質審查，且以不低於得參加抽審之全部案件數百分之五為原則。
(三)未抽中實質審查者接受其申請：
完成程序審查，而未經電腦抽中實質審查之案件，其沖退稅額逕依廠商之申請核定之。
七、依本作業要點核定之應沖退稅額，無論係依廠商之申請或依實質審查核定者，均由海關電腦控管，其金額不得超過各該申請案件相關原料進口時已記帳或已繳納之稅款。
八、依第六點規定抽中實質審查之案件，經發現申請沖退稅金額與所核定之應沖退稅額誤差逾第五點第二款「一定數額」之百分之十者，沖退稅業務主辦單位應即調閱自該次抽審作業實施之日起，同一廠商經海關登錄之全部申請案件；如續發現嚴重錯誤情形，應將該廠商列入第五點第一款之高風險廠商名單，並視需要通報通關或查緝單位加強查察。
九、對未抽中實質審查之辦結案件，以電腦抽選百分之一辦理實質審查。