學校、機構或團體接受政府機關委託研究計畫，明定研究成果歸屬於政府機關或與政府機關公同共有者，其取得之受託研究費用，應依下列規定核課營業稅：
一、 政府機關委託專業領域研究人員進行研究，以學校、機構或團體名義與政府機關簽訂委託研究契約者：
(一) 學校、機構或團體向政府機關收取之研究報酬，屬代收轉付與研究人員，免列入其銷售額課徵營業稅。另其向政府機關收取之研究訪查費、郵費、印刷費及其他相關費用，如符合修正營業稅法實施注意事項三、(三)規定，亦免列入其銷售額課徵營業稅。至其因負責計畫管理等行政業務而收取之管理費，核屬銷售勞務之收入，除符合加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第8條第1項第5款或第31款規定外，應依法報繳營業稅。
(二) 研究人員透過學校、機構或團體承接政府機關研究計畫，其提供之研究勞務除具專業性外，亦非屬經常性行為，尚不發生課徵營業稅問題。
二、 學校接受政府機關委託研究，而由其受僱人員執行研究，該受僱人員僅支領固定薪資，不因其從事之研究計畫件數或金額多寡而不同者，視同該學校自行承接研究計畫，學校收取之受託研究費用，核符營業稅法第8條第1項第5款規定，免徵營業稅。
三、 機構或團體接受政府機關委託研究，而由其受僱人員執行研究，該受僱人員僅支領固定薪資，不因其從事之研究計畫件數或金額多寡而不同者，視同該機構或團體自行承接研究計畫，機構或團體收取之受託研究費用，除符合營業稅法第8條第1項第5款或第31款規定外，應依法報繳營業稅。
四、 營利事業接受政府機關委託研究，其收取之受託研究費用，應依法報繳營業稅。
五、 本令發布日前屬未核課確定案件，依據稅捐稽徵法第1條之1，適用本令之規定。